索引

_

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（Bio.Blast.HSP 方法） __str__() （Bio.Blast.NCBIXML.Alignment 方法） __str__() （Bio.Blast.NCBIXML.Description 方法） __str__() （Bio.Blast.NCBIXML.DescriptionExtItem 方法） __str__() （Bio.Blast.NCBIXML.HSP 方法） __str__() （Bio.Blast.NotXMLError 方法） __str__() （Bio.Blast.Record 方法） __str__() （Bio.Blast.Records 方法） __str__() （Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment 方法） __str__() （Bio.Data.CodonTable.CodonTable 方法） __str__() （Bio.Emboss.PrimerSearch.InputRecord 方法） __str__() （Bio.Entrez.Parser.CorruptedXMLError 方法） __str__() （Bio.Entrez.Parser.NotXMLError 方法） __str__() （Bio.Entrez.Parser.ValidationError 方法） __str__() （Bio.ExPASy.cellosaurus.Record 方法） __str__() （Bio.ExPASy.Enzyme.Record 方法） __str__() （Bio.GenBank.Record.Feature 方法） __str__() （Bio.GenBank.Record.Qualifier 方法） __str__() （Bio.GenBank.Record.Record 方法） __str__() （Bio.GenBank.Record.Reference 方法） __str__() （Bio.Geo.Record.Record 方法） __str__() （Bio.KEGG.Compound.Record 方法） __str__() （Bio.KEGG.Enzyme.Record 方法） __str__() （Bio.KEGG.Gene.Record 方法） __str__() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 方法） __str__() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） __str__() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 方法） __str__() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation 方法） __str__() （Bio.motifs.clusterbuster.Record 方法） __str__() （Bio.motifs.Instances 方法） __str__() （Bio.motifs.jaspar.db.JASPAR5 方法） __str__() （Bio.motifs.jaspar.Motif 方法） __str__() （Bio.motifs.jaspar.Record 方法） __str__() （Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 方法） __str__() （Bio.motifs.Motif 方法） __str__() （Bio.motifs.pfm.Record 方法） __str__() （Bio.motifs.transfac.Record 方法） __str__() （Bio.motifs.xms.Record 方法） __str__() （Bio.Nexus.StandardData.StandardData 方法） __str__() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） __str__() （Bio.Pathway.Interaction 方法） __str__() （Bio.Pathway.Network 方法） __str__() （Bio.Pathway.Reaction 方法） __str__() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） __str__() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） __str__() （Bio.Pathway.System 方法） __str__() （Bio.phenotype.phen_micro.PlateRecord 方法） __str__() （Bio.phenotype.phen_micro.WellRecord 方法） __str__() （Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor 方法） __str__() （Bio.Phylo.BaseTree.Clade 方法） __str__() （Bio.Phylo.BaseTree.Tree 方法） __str__() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeElement 方法） __str__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Accession 方法） __str__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Date 方法） __str__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Id 方法） __str__() （Bio.Phylo.PhyloXML.MolSeq 方法） __str__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Phyloxml 方法） __str__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Polygon 方法） __str__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Taxonomy 方法） __str__() （Bio.Phylo.PhyloXML.Uri 方法） __str__() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） __str__() （Bio.PopGen.GenePop.Record 方法） __str__() （Bio.SCOP.Cla.Record 方法） __str__() （Bio.SCOP.Des.Record 方法） __str__() （Bio.SCOP.Dom.Record 方法） __str__() （Bio.SCOP.Domain 方法） __str__() （Bio.SCOP.Hie.Record 方法） __str__() （Bio.SCOP.Node 方法） __str__() （Bio.SCOP.Residues.Residues 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.AfterPosition 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.BeforePosition 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.BetweenPosition 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.CompoundLocation 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.ExactPosition 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.OneOfPosition 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.Reference 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.SeqFeature 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.SimpleLocation 方法） __str__() （Bio.SeqFeature.WithinPosition 方法） __str__() （Bio.SeqIO.QualityIO.InvalidCharError 方法） __str__() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） __str__() （Bio.SeqUtils.CodonAdaptationIndex 方法） __sub__() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） __sub__() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） __sub__() （Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment 方法） __sub__() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） __sub__() （Bio.phenotype.phen_micro.PlateRecord 方法） __sub__() （Bio.phenotype.phen_micro.WellRecord 方法） __sub__() （Bio.SeqFeature.SimpleLocation 方法） __truediv__() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法）

A

AAsiz（Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 属性） AbiIterator（Bio.SeqIO.AbiIO 中的类） AbstractAtomPropertyMap（Bio.PDB.AbstractPropertyMap 中的类） AbstractDPAlgorithms（Bio.HMM.DynamicProgramming 中的类） AbstractPropertyMap（Bio.PDB.AbstractPropertyMap 中的类） AbstractResiduePropertyMap（Bio.PDB.AbstractPropertyMap 中的类） AbstractTrainer（Bio.HMM.Trainer 中的类） accept_atom() （Bio.PDB.Dice.ChainSelector 方法） accept_atom() （Bio.PDB.PDBIO.Select 方法） accept_atoms（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） accept_backbone（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） accept_chain() （Bio.PDB.Dice.ChainSelector 方法） accept_chain() （Bio.PDB.PDBIO.Select 方法） accept_deuteriums（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） accept_hydrogens（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） accept_mainchain（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） accept_model() （Bio.PDB.Dice.ChainSelector 方法） accept_model() （Bio.PDB.PDBIO.Select 方法） accept_residue() （Bio.PDB.Dice.ChainSelector 方法） accept_residue() （Bio.PDB.PDBIO.Select 方法） accept_resnames（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） accept_sidechain（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） accession() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） accession() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Accession（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） ACEFileRecord（Bio.Sequencing.Ace 中的类） AceIterator（Bio.SeqIO.AceIO 中的类） adam_consensus()（在 Bio.Phylo.Consensus 模块中） Adaptor（BioSQL.BioSeqDatabase 中的类） add() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） add() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） add() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） add() （Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue 方法） add() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） add_annotation() （Bio.Phylo.NeXMLIO.Parser 方法） add_component() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 方法） add_edge() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） add_edge() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） add_entry() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） add_graphics() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 方法） add_interaction() （Bio.Pathway.Network 方法） add_node() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） add_node() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） add_primer_set() （Bio.Emboss.PrimerSearch.InputRecord 方法） add_product() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 方法） add_reaction() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） add_reaction() （Bio.Pathway.System 方法） add_relation() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） add_residue() （Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment 方法） add_sequence() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） add_species() （Bio.Pathway.Network 方法） add_substrate() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 方法） add_succ() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） affine_penalty（Bio.pairwise2 中的类） AfterPosition（Bio.SeqFeature 中的类） af（Bio.Sequencing.Ace 中的类） align() （Bio.Align.CodonAligner 方法） align() （Bio.Align.PairwiseAligner 方法） align() （Bio.PDB.cealign.CEAligner 方法） aligned（Bio.Align.Alignment 属性） AlignmentCounts（Bio.Align 中的类） AlignmentHasDifferentLengthsError AlignmentIterator（Bio.Align.a2m 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.bed 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.bigbed 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.bigmaf 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.bigpsl 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.chain 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.clustal 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.emboss 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.exonerate 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.fasta 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.hhr 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.interfaces 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.maf 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.mauve 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.msf 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.nexus 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.phylip 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.psl 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.sam 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.stockholm 中的类） AlignmentIterator（Bio.Align.tabular 中的类） AlignmentIterator（Bio.AlignIO.Interfaces 中的类） AlignmentsAbstractBaseClass（Bio.Align 中的类） Alignments（Bio.Align 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.a2m 中的类）

AlignmentWriter（Bio.Align.bed 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.bigbed 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.bigmaf 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.bigpsl 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.chain 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.clustal 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.exonerate 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.fasta 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.interfaces 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.maf 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.mauve 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.nexus 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.phylip 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.psl 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.sam 中的类） AlignmentWriter（Bio.Align.stockholm 中的类） AlignmentWriter（Bio.AlignIO.Interfaces 中的类） Alignment（Bio.Align 中的类） alignment（Bio.Align.MultipleSeqAlignment 属性） Alignment（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） Alignment（Bio.pairwise2 中的类） alignment（Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 属性） all_ids() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） allow_all_transitions() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） allow_transition() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） alphabet（Bio.Align.substitution_matrices.Array 属性） alt() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） altloc_match() （Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 方法） AmbiguousCodonTable（Bio.Data.CodonTable 中的类） AmbiguousForwardTable（Bio.Data.CodonTable 中的类） amino_acids_percent（Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 属性） Amplifier（Bio.Emboss.PrimerSearch 中的类） angle() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） angle_avg()（Bio.PDB.internal_coords.Dihedron 静态方法） angle_dif()（Bio.PDB.internal_coords.Dihedron 静态方法） angle_pop_sd()（Bio.PDB.internal_coords.Dihedron 静态方法） angle（Bio.PDB.internal_coords.Dihedron 属性） angle（Bio.PDB.internal_coords.Hedron 属性） annotate()（在 Bio.PDB.PSEA 模块中） annotation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） annotation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） annotations（Bio.SeqRecord.SeqRecord 属性） annotations（BioSQL.BioSeq.DBSeqRecord 属性） Annotation（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） anticonsensus（Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 属性） anticonsensus（Bio.motifs.Motif 属性） append() （Bio.Align.MultipleSeqAlignment 方法） append() （Bio.SCOP.Raf.SeqMap 方法） append() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） append_item() （Bio.Blast.NCBIXML.DescriptionExt 方法） append_sets() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） apply() （Bio.PDB.qcprot.QCPSuperimposer 方法） apply() （Bio.PDB.Superimposer.Superimposer 方法） applyMtx() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） aromaticity() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） Array（Bio.Align.substitution_matrices 中的类） as_fasta()（在 Bio.SeqIO.FastaIO 模块中） as_fasta_2line()（在 Bio.SeqIO.FastaIO 模块中） as_fastq()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模块中） as_fastq_illumina()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模块中） as_fastq_solexa()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模块中） as_handle()（在 Bio.File 模块中） as_phyloxml() （Bio.Phylo.BaseTree.Tree 方法） as_phyloxml() （Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 方法） as_qual()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模块中） as_tab()（在 Bio.SeqIO.TabIO 模块中） as_type（Bio.Align.bigbed.Field 属性） assemble() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） assemble_residues() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） assemble_residues_ser() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） Astral（Bio.SCOP 中的类） atm() （Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 方法） atom_chain（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） atom_re（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 属性） atom_sernum（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） atom_to_internal_coordinates() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） atom_to_internal_coordinates() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） atom_to_internal_coordinates() （Bio.PDB.Model.Model 方法） atom_to_internal_coordinates() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） atomArray（Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 属性） AtomIterator()（在 Bio.SeqIO.PdbIO 模块中） AtomKey（Bio.PDB.internal_coords 中的类） Atom（Bio.PDB.Atom 中的类） autocommit() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） autocommit() （BioSQL.DBUtils.Generic_dbutils 方法） autocommit() （BioSQL.DBUtils.Pgdb_dbutils 方法） autocommit() （BioSQL.DBUtils.Psycopg2_dbutils 方法） AutoSQLTable（Bio.Align.bigbed 中的类）

B

back_table（Bio.Data.CodonTable.CodonTable 属性） back_transcribe()（在 Bio.Seq 模块中） background（Bio.motifs.Motif 属性） backward_algorithm() （Bio.HMM.DynamicProgramming.AbstractDPAlgorithms 方法） BASE_FEATURE_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） BASE_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） base_id（Bio.motifs.jaspar.Motif 属性） BasemlError Baseml（Bio.Phylo.PAML.baseml 中的类） BaumWelchTrainer（Bio.HMM.Trainer 中的类） bc() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） BeforePosition（Bio.SeqFeature 中的类） BetweenPosition（Bio.SeqFeature 中的类） bf_search()（在 Bio.Pathway.Rep.MultiGraph 模块中） bgcolor（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 属性） BgzfBlocks()（在 Bio.bgzf 模块中） BgzfReader（Bio.bgzf 中的类） BgzfWriter（Bio.bgzf 中的类） binary_characters() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） binary_characters() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） BinaryCharacters（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） Bio module Bio.Affy module Bio.Affy.CelFile module Bio.Align module Bio.Align.a2m module Bio.Align.AlignInfo module Bio.Align.analysis module Bio.Align.bed module Bio.Align.bigbed module Bio.Align.bigmaf module Bio.Align.bigpsl module Bio.Align.chain module Bio.Align.clustal module Bio.Align.emboss module Bio.Align.exonerate module Bio.Align.fasta module Bio.Align.hhr module Bio.Align.interfaces module Bio.Align.maf module Bio.Align.mauve module Bio.Align.msf module Bio.Align.nexus module Bio.Align.phylip module Bio.Align.psl module Bio.Align.sam module Bio.Align.stockholm module Bio.Align.substitution_matrices module Bio.Align.tabular module Bio.AlignIO module Bio.AlignIO.ClustalIO module Bio.AlignIO.EmbossIO module Bio.AlignIO.FastaIO module Bio.AlignIO.Interfaces module Bio.AlignIO.MafIO module Bio.AlignIO.MauveIO module Bio.AlignIO.MsfIO module Bio.AlignIO.NexusIO module Bio.AlignIO.PhylipIO module Bio.AlignIO.StockholmIO module Bio.bgzf module Bio.Blast module Bio.Blast.NCBIWWW module Bio.Blast.NCBIXML module Bio.CAPS module Bio.Cluster module Bio.codonalign module Bio.codonalign.codonalignment module Bio.codonalign.codonseq module Bio.Compass module Bio.Data module Bio.Data.CodonTable module Bio.Data.IUPACData module Bio.Data.PDBData module Bio.Emboss module Bio.Emboss.Primer3 module Bio.Emboss.PrimerSearch module Bio.Entrez module Bio.Entrez.Parser module Bio.ExPASy module Bio.ExPASy.cellosaurus module Bio.ExPASy.Enzyme module Bio.ExPASy.Prodoc module Bio.ExPASy.Prosite module Bio.ExPASy.ScanProsite module Bio.File module Bio.GenBank module Bio.GenBank.Record module Bio.GenBank.Scanner module Bio.GenBank.utils module Bio.Geo module Bio.Geo.Record module Bio.HMM module Bio.HMM.DynamicProgramming module Bio.HMM.MarkovModel module Bio.HMM.Trainer module Bio.HMM.Utilities module Bio.KEGG module Bio.KEGG.Compound module Bio.KEGG.Enzyme module Bio.KEGG.Gene module Bio.KEGG.KGML module Bio.KEGG.KGML.KGML_parser module Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway module Bio.KEGG.Map module Bio.KEGG.REST module Bio.Medline module Bio.motifs module Bio.motifs.alignace module Bio.motifs.clusterbuster module Bio.motifs.jaspar module Bio.motifs.jaspar.db module Bio.motifs.mast module Bio.motifs.matrix module Bio.motifs.meme module Bio.motifs.minimal module Bio.motifs.pfm module Bio.motifs.thresholds module Bio.motifs.transfac module Bio.motifs.xms module Bio.Nexus module Bio.Nexus.Nexus module Bio.Nexus.Nodes module Bio.Nexus.StandardData module Bio.Nexus.Trees module Bio.NMR module Bio.NMR.NOEtools module Bio.NMR.xpktools module Bio.pairwise2 module Bio.Pathway module Bio.Pathway.Rep module Bio.Pathway.Rep.Graph module Bio.Pathway.Rep.MultiGraph module Bio.PDB module Bio.PDB.AbstractPropertyMap module Bio.PDB.alphafold_db module Bio.PDB.Atom module Bio.PDB.cealign module Bio.PDB.Chain module Bio.PDB.Dice module Bio.PDB.DSSP module Bio.PDB.Entity module Bio.PDB.FragmentMapper module Bio.PDB.HSExposure module Bio.PDB.ic_data module Bio.PDB.ic_rebuild module Bio.PDB.internal_coords module Bio.PDB.MMCIF2Dict module Bio.PDB.mmcifio module Bio.PDB.MMCIFParser module Bio.PDB.Model module Bio.PDB.NACCESS module

Bio.PDB.NeighborSearch module Bio.PDB.parse_pdb_header module Bio.PDB.PDBExceptions module Bio.PDB.PDBIO module Bio.PDB.PDBList module Bio.PDB.PDBMLParser module Bio.PDB.PDBParser module Bio.PDB.PICIO module Bio.PDB.Polypeptide module Bio.PDB.PSEA module Bio.PDB.qcprot module Bio.PDB.Residue module Bio.PDB.ResidueDepth module Bio.PDB.SASA module Bio.PDB.SCADIO module Bio.PDB.Selection module Bio.PDB.Structure module Bio.PDB.StructureAlignment module Bio.PDB.StructureBuilder module Bio.PDB.Superimposer module Bio.PDB.vectors module Bio.phenotype module Bio.phenotype.phen_micro module Bio.phenotype.pm_fitting module Bio.Phylo module Bio.Phylo.BaseTree module Bio.Phylo.CDAO module Bio.Phylo.Consensus module Bio.Phylo.Newick module Bio.Phylo.NewickIO module Bio.Phylo.NeXML module Bio.Phylo.NeXMLIO module Bio.Phylo.NexusIO module Bio.Phylo.PAML module Bio.Phylo.PAML.baseml module Bio.Phylo.PAML.chi2 module Bio.Phylo.PAML.codeml module Bio.Phylo.PAML.yn00 module Bio.Phylo.PhyloXML module Bio.Phylo.PhyloXMLIO module Bio.Phylo.TreeConstruction module Bio.PopGen module Bio.PopGen.GenePop module Bio.PopGen.GenePop.FileParser module Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser module Bio.Restriction module Bio.Restriction.PrintFormat module Bio.Restriction.Restriction_Dictionary module Bio.SCOP module Bio.SCOP.Cla module Bio.SCOP.Des module Bio.SCOP.Dom module Bio.SCOP.Hie module Bio.SCOP.Raf module Bio.SCOP.Residues module Bio.SearchIO module Bio.SearchIO.BlastIO module Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab module Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml module Bio.SearchIO.BlatIO module Bio.SearchIO.ExonerateIO module Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar module Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text module Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar module Bio.SearchIO.FastaIO module Bio.SearchIO.HHsuiteIO module Bio.SearchIO.HHsuiteIO.hhsuite2_text module Bio.SearchIO.HmmerIO module Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text module Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab module Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab module Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text module Bio.SearchIO.InterproscanIO module Bio.SearchIO.InterproscanIO.interproscan_xml module Bio.Seq module Bio.SeqFeature module Bio.SeqIO module Bio.SeqIO.AbiIO module Bio.SeqIO.AceIO module Bio.SeqIO.FastaIO module Bio.SeqIO.GckIO module Bio.SeqIO.GfaIO module Bio.SeqIO.IgIO module Bio.SeqIO.InsdcIO module Bio.SeqIO.Interfaces module Bio.SeqIO.NibIO module Bio.SeqIO.PdbIO module Bio.SeqIO.PhdIO module Bio.SeqIO.PirIO module Bio.SeqIO.QualityIO module Bio.SeqIO.SeqXmlIO module Bio.SeqIO.SffIO module Bio.SeqIO.SnapGeneIO module Bio.SeqIO.SwissIO module Bio.SeqIO.TabIO module Bio.SeqIO.TwoBitIO module Bio.SeqIO.UniprotIO module Bio.SeqIO.XdnaIO module Bio.SeqRecord module Bio.Sequencing module Bio.Sequencing.Ace module Bio.Sequencing.Phd module Bio.SeqUtils module Bio.SeqUtils.CheckSum module Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint module Bio.SeqUtils.lcc module Bio.SeqUtils.MeltingTemp module Bio.SeqUtils.ProtParam module Bio.SeqUtils.ProtParamData module Bio.SVDSuperimposer module Bio.SwissProt module Bio.SwissProt.KeyWList module Bio.TogoWS module Bio.UniGene module Bio.UniProt module Bio.UniProt.GOA module BiopythonDeprecationWarning BiopythonExperimentalWarning BiopythonParserWarning BiopythonWarning BioSeqDatabase（BioSQL.BioSeqDatabase 中的类） BioSQL module BioSQL.BioSeq module BioSQL.BioSeqDatabase module BioSQL.DBUtils module BioSQL.Loader module bits() （Bio.PDB.internal_coords.Dihedron 方法） BlastParser（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） BlastTabIndexer（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab 中的类） BlastTabParser（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab 中的类） BlastTabWriter（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab 中的类） BlastXmlIndexer（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml 中的类） BlastXmlParser（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml 中的类） BlastXmlWriter（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml 中的类） Blast（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） BlatPslIndexer（Bio.SearchIO.BlatIO 中的类） BlatPslParser（Bio.SearchIO.BlatIO 中的类） BlatPslWriter（Bio.SearchIO.BlatIO 中的类） block_size（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer 属性） BLOCKS_PER_LINE（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 属性） Block（Bio.Nexus.Nexus 中的类） BLOCK（Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlIterator 属性） blue() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） bond_rotate() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） bond_set() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） bootstrap() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） bootstrap()（在 Bio.Phylo.Consensus 模块中） bootstrap_consensus()（在 Bio.Phylo.Consensus 模块中） bootstrap_trees()（在 Bio.Phylo.Consensus 模块中） bounds（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 属性） bounds（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 属性） bounds（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 属性） branch_length() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） BranchColor（Bio.Phylo.BaseTree 中的类） BranchColor（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） branchlength2support() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） bs（Bio.Sequencing.Ace 中的类） build()（在 Bio.codonalign 模块中） build_atomArray() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） build_edraArrays() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） build_tree() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceTreeConstructor 方法） build_tree() （Bio.Phylo.TreeConstruction.ParsimonyTreeConstructor 方法） build_tree() （Bio.Phylo.TreeConstruction.TreeConstructor 方法）

C

ca_depth()（在 Bio.PDB.ResidueDepth 模块中） cal_dn_ds()（在 Bio.codonalign.codonseq 模块中） calc_affine_penalty()（在 Bio.pairwise2 模块中） calc_angle()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） calc_dihedral()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） calculate() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） calculate() （Bio.SeqUtils.CodonAdaptationIndex 方法） calculate_consensus() （Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 方法） calculate_dn_ds()（在 Bio.Align.analysis 模块中） calculate_dn_ds_matrix()（在 Bio.Align.analysis 模块中） calculate_pseudocounts()（在 Bio.motifs.jaspar 模块中） CaPPBuilder（Bio.PDB.Polypeptide 中的类） CAPSMap（Bio.CAPS 中的类） cdao_to_obo()（在 Bio.Phylo.NeXMLIO 模块中） cdf_chi2()（在 Bio.Phylo.PAML.chi2 模块中） CEAligner（Bio.PDB.cealign 中的类） center_of_mass() （Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom 方法） center_of_mass() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） centre（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 属性） ChainException ChainSelector（Bio.PDB.Dice 中的类） Chain（Bio.Nexus.Nodes 中的类） Chain（Bio.PDB.Chain 中的类） characterDataHandlerEscape() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） characterDataHandlerRaw() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） characters() （Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler 方法） characters() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） CharBuffer（Bio.Nexus.Nexus 中的类） charge_at_pH() （Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint.IsoelectricPoint 方法） charge_at_pH() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） chem_correction()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模块中） child_dict（Bio.PDB.Entity.Entity 属性） child_edges() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） child_edges() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） child_list（Bio.PDB.Entity.Entity 属性） children() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） children() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） CifAtomIterator（Bio.SeqIO.PdbIO 中的类） CifSeqresIterator（Bio.SeqIO.PdbIO 中的类） clade() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） clade_relation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） clade_relation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） CladeRelation（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） Clade（Bio.Phylo.BaseTree 中的类） clade（Bio.Phylo.BaseTree.Tree 属性） Clade（Bio.Phylo.CDAO 中的类） Clade（Bio.Phylo.Newick 中的类） Clade（Bio.Phylo.NeXML 中的类） Clade（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） clean() （Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentWriter 方法） clean() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter 方法） clean_value() （Bio.GenBank.utils.FeatureValueCleaner 方法） clear_ic() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） clear_transforms() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） close() （Bio.AlignIO.MafIO.MafIndex 方法） close() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） close() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） close() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） close() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） ClustalIterator（Bio.AlignIO.ClustalIO 中的类） ClustalWriter（Bio.AlignIO.ClustalIO 中的类） clustercentroids() （Bio.Cluster.Record 方法） clustercentroids()（在 Bio.Cluster 模块中） clusterdistance() （Bio.Cluster.Record 方法） clusterdistance()（在 Bio.Cluster 模块中） Cmodulo（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 属性） cmp_sccs()（在 Bio.SCOP 模块中） code() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） CodemlError Codeml（Bio.Phylo.PAML.codeml 中的类）

CodonAdaptationIndex（Bio.SeqUtils 中的类） CodonAligner（Bio.Align 中的类） CodonAlignment（Bio.codonalign.codonalignment 中的类） CodonSeq（Bio.codonalign.codonseq 中的类） CodonTable（Bio.Data.CodonTable 中的类） collapse() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） collapse() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） collapse_all() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） collapse_genera() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） color() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） color() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） color_names（Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor 属性） color（Bio.Phylo.BaseTree.Clade 属性） column_annotations（Bio.Align.MultipleSeqAlignment 属性） combine()（在 Bio.Nexus.Nexus 模块中） Commandline（Bio.Nexus.Nexus 中的类） comment（Bio.Align.bigbed.Field 属性） commit() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） commit() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） common_ancestor() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） common_ancestor() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） common_name() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） compare_residues()（在 Bio.PDB.ic_rebuild 模块中） complement()（在 Bio.Seq 模块中） complement_rna()（在 Bio.Seq 模块中） Component（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的类） CompoundLocation（Bio.SeqFeature 中的类） compounds（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 属性） compute() （Bio.PDB.SASA.ShrakeRupley 方法） confidence() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） confidence() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Confidence（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） confidence（Bio.Phylo.PhyloXML.Clade 属性） confidence（Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 属性） consensus()（在 Bio.Nexus.Trees 模块中） consensus（Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 属性） consensus（Bio.motifs.Motif 属性） ConsoleWidth（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 属性） constant() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） ContentHandler（Bio.ExPASy.ScanProsite 中的类） ContentHandler（Bio.SeqIO.SeqXmlIO 中的类） Contig（Bio.Sequencing.Ace 中的类） convert()（在 Bio.AlignIO 模块中） convert()（在 Bio.SearchIO 模块中） convert()（在 Bio.SeqIO 模块中） convert()（在 Bio.TogoWS 模块中） convert_absolute_support() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） coord_space()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） coords（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 属性） copy() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） copy() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） copy() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） copy() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） copy_initNCaCs() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） CorruptedXMLError, [1] count() （Bio.motifs.Instances 方法） count() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） count() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） count_amino_acids() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） count_terminals() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） count_terminals() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） counts() （Bio.Align.Alignment 方法） cr_class() （Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 方法） crc32()（在 Bio.SeqUtils.CheckSum 模块中） crc64()（在 Bio.SeqUtils.CheckSum 模块中） create()（在 Bio.motifs 模块中） crop_matrix() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） cstatus() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） CsvIterator()（在 Bio.phenotype.phen_micro 模块中） ct（Bio.Sequencing.Ace 中的类） cut() （Bio.Cluster.Tree 方法）

D

d2h（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 属性） data_generator() （Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser.Record 方法） data_table()（在 Bio.NMR.xpktools 模块中） DatabaseLoader（BioSQL.Loader 中的类） DatabaseRemover（BioSQL.Loader 中的类） DatabaseReport（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） DataHandlerMeta（Bio.Entrez.Parser 中的类） DataHandler（Bio.Entrez.Parser 中的类） data（Bio.Blast.Records 属性） date() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） date() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Date（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） DBSeqRecord（BioSQL.BioSeq 中的类） DBServer（BioSQL.BioSeqDatabase 中的类） dbxrefs（Bio.SeqRecord.SeqRecord 属性） dbxrefs（BioSQL.BioSeq.DBSeqRecord 属性） dCoordSpace（Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 属性） dcsValid（Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 属性） decode() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） DEFAULT_PSEUDO（Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 属性） default（Bio.Align.bigbed.AutoSQLTable 属性） defined_ranges（Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 属性） defined（Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 属性） degenerate_consensus（Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 属性） degenerate_consensus（Bio.motifs.Motif 属性） depths() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） desc() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） description() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） DescriptionExtItem（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） DescriptionExt（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） Description（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） destroy_transition() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） detach_child() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） detach_parent() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） detach_parent() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） detach_parent() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） details（Bio.SeqIO.QualityIO.InvalidCharError 属性） df_search()（在 Bio.Pathway.Rep.MultiGraph 模块中） dictionary_match（Bio.pairwise2 中的类） DictionaryElement（Bio.Entrez.Parser 中的类） difference() （Bio.PDB.internal_coords.Dihedron 方法） DifferentialCutsite（Bio.CAPS 中的类） dihedral_signs() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） Dihedron（Bio.PDB.internal_coords 中的类） directory（Bio.Entrez.Parser.DataHandlerMeta 属性） disordered_add() （Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom 方法） disordered_add() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_add() （Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue 方法）

disordered_get() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_get_id_list() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_get_list() （Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom 方法） disordered_get_list() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_has_id() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_remove() （Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom 方法） disordered_remove() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） disordered_remove() （Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue 方法） disordered_select() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） DisorderedAtom（Bio.PDB.Atom 中的类） DisorderedEntityWrapper（Bio.PDB.Entity 中的类） DisorderedResidue（Bio.PDB.Residue 中的类） display() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） dist_pearson() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） dist_pearson_at() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） distance() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） distance() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） distance_plot() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） distance_to_internal_coordinates() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） DistanceCalculator（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的类） distancematrix() （Bio.Cluster.Record 方法） distancematrix()（在 Bio.Cluster 模块中） DistanceMatrix（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的类） DistanceTreeConstructor（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的类） distplot_to_dh_arrays() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） distribution() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） distribution() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） distribution() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Distribution（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） dna_models（Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceCalculator 属性） domain() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） domain() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） domain_architecture() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） domain_architecture() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） DomainArchitecture（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） domainsClusteredByEv() （Bio.SCOP.Astral 方法） domainsClusteredById() （Bio.SCOP.Astral 方法） Domain（Bio.SCOP 中的类） download_all_assemblies() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） download_cif_for()（在 Bio.PDB.alphafold_db 模块中） download_entire_pdb() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） download_obsolete_entries() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） download_pdb_files() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） dssp_dict_from_pdb_file()（在 Bio.PDB.DSSP 模块中） DSSP（Bio.PDB.DSSP 中的类） ds（Bio.Sequencing.Ace 中的类） dumb_consensus() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） duplications() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法）

E

ecitmatch()（在 Bio.Entrez 模块中） edges() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） edges() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） edron_re（Bio.PDB.internal_coords.Edron 属性） Edron（Bio.PDB.internal_coords 中的类） efetch()（在 Bio.Entrez 模块中） egquery()（在 Bio.Entrez 模块中） einfo()（在 Bio.Entrez 模块中） elementDecl() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Component 属性） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 属性） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 属性） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 属性） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 属性） element（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation 属性） elink()（在 Bio.Entrez 模块中） EMBL_INDENT（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 属性） EMBL_SPACER（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 属性） EmblCdsFeatureIterator（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的类） EmblIterator（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的类） EmblScanner（Bio.GenBank.Scanner 中的类） EmblWriter（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的类） EmbossIterator（Bio.AlignIO.EmbossIO 中的类） empty_status_characters（Bio.Align.maf.AlignmentIterator 属性） endDBRefElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endDescriptionElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endElement() （Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler 方法） endElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endEntryElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endErrorElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endIntegerElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endNamespaceDeclHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endPropertyElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endRawElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endSequenceElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endSeqXMLElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endSkipElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endSpeciesElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） endStringElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） endswith() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） end（Bio.pairwise2.Alignment 属性） end（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 属性） end（Bio.SeqFeature.SimpleLocation 属性） Entity（Bio.PDB.Entity 中的类）

entry()（在 Bio.TogoWS 模块中） entry1（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation 属性） entry2（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation 属性） Entry（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的类） entry（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 属性） enumerate_atoms()（在 Bio.PDB.PICIO 模块中） epost()（在 Bio.Entrez 模块中） ErrorElement（Bio.Entrez.Parser 中的类） esearch()（在 Bio.Entrez 模块中） espell()（在 Bio.Entrez 模块中） estimate_params() （Bio.HMM.Trainer.AbstractTrainer 方法） esummary()（在 Bio.Entrez 模块中） events() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） events() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Events（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） ExactPosition（Bio.SeqFeature 中的类） execute() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） execute() （BioSQL.DBUtils.Generic_dbutils 方法） execute() （BioSQL.DBUtils.Sqlite_dbutils 方法） execute_and_fetch_col0() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） execute_and_fetch_col0() （BioSQL.BioSeqDatabase.MysqlConnectorAdaptor 方法） execute_and_fetchall() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） execute_and_fetchall() （BioSQL.BioSeqDatabase.MysqlConnectorAdaptor 方法） execute_one() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） execute_one() （BioSQL.BioSeqDatabase.MysqlConnectorAdaptor 方法） executemany() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） executemany() （BioSQL.DBUtils.Generic_dbutils 方法） executemany() （BioSQL.DBUtils.Sqlite_dbutils 方法） ExonerateCigarIndexer（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar 中的类） ExonerateCigarParser（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar 中的类） ExonerateTextIndexer（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text 中的类） ExonerateTextParser（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text 中的类） ExonerateVulgarIndexer（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar 中的类） ExonerateVulgarParser（Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar 中的类） export_fasta() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） export_phylip() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） ExposureCN（Bio.PDB.HSExposure 中的类） extend() （Bio.Align.MultipleSeqAlignment 方法） extend() （Bio.SCOP.Raf.SeqMap 方法） extend() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） externalEntityRefHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） extract() （Bio.SeqFeature.CompoundLocation 方法） extract() （Bio.SeqFeature.SeqFeature 方法） extract() （Bio.SeqFeature.SimpleLocation 方法） extract()（在 Bio.PDB.Dice 模块中）

F

FastaBlastIterator（Bio.SeqIO.FastaIO 中的类） FastaIterator（Bio.SeqIO.FastaIO 中的类） FastaM10Indexer（Bio.SearchIO.FastaIO 中的类） FastaM10Iterator()（在 Bio.AlignIO.FastaIO 模块中） FastaM10Parser（Bio.SearchIO.FastaIO 中的类） FastaPearsonIterator（Bio.SeqIO.FastaIO 中的类） FastaTwoLineIterator（Bio.SeqIO.FastaIO 中的类） FastaTwoLineParser()（在 Bio.SeqIO.FastaIO 模块中） FastaTwoLineWriter（Bio.SeqIO.FastaIO 中的类） FastaWriter（Bio.SeqIO.FastaIO 中的类） FastMMCIFParser（Bio.PDB.MMCIFParser 中的类） FastqGeneralIterator()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模块中） FastqIlluminaIterator（Bio.SeqIO.QualityIO 中的类） FastqIlluminaWriter（Bio.SeqIO.QualityIO 中的类） FastqIteratorAbstractBaseClass（Bio.SeqIO.QualityIO 中的类） FastqPhredIterator（Bio.SeqIO.QualityIO 中的类） FastqPhredWriter（Bio.SeqIO.QualityIO 中的类） FastqSolexaIterator（Bio.SeqIO.QualityIO 中的类） FastqSolexaWriter（Bio.SeqIO.QualityIO 中的类） FEATURE_END_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 属性） FEATURE_END_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） FEATURE_END_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 属性） FEATURE_HEADER（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 属性） FEATURE_HEADER（Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter 属性） FEATURE_QUALIFIER_INDENT（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 属性） FEATURE_QUALIFIER_INDENT（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） FEATURE_QUALIFIER_INDENT（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 属性） FEATURE_QUALIFIER_SPACER（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 属性） FEATURE_QUALIFIER_SPACER（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） FEATURE_QUALIFIER_SPACER（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 属性） FEATURE_START_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 属性） FEATURE_START_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） FEATURE_START_MARKERS（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 属性） FeatureLocation()（在 Bio.SeqFeature 模块中） FeatureParser（Bio.GenBank 中的类） features（BioSQL.BioSeq.DBSeqRecord 属性） FeatureTable（Bio.SwissProt 中的类） FeatureValueCleaner（Bio.GenBank.utils 中的类） Feature（Bio.GenBank.Record 中的类） feed() （Bio.ExPASy.ScanProsite.Parser 方法） feed() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） fetch_dbid_by_dbname() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fetch_motif_by_id() （Bio.motifs.jaspar.db.JASPAR5 方法） fetch_motifs() （Bio.motifs.jaspar.db.JASPAR5 方法） fetch_motifs_by_name() （Bio.motifs.jaspar.db.JASPAR5 方法） fetch_seqid_by_accession() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fetch_seqid_by_display_id() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fetch_seqid_by_identifier() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fetch_seqid_by_version() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fetch_seqids_by_accession() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） fgcolor（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 属性） fieldNames（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 属性） fields（Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 属性） Field（Bio.Align.bigbed 中的类） fileno() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） fileno() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） FileRecord（Bio.PopGen.GenePop.FileParser 中的类） find() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） find_any() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） find_clades() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） find_elements() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） find_start() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） fit() （Bio.phenotype.phen_micro.WellRecord 方法） fit()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模块中） flag_disorder() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） flag_disordered() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） flexibility() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） flush() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） fmt_()（在 Bio.Blast.NCBIXML 模块中） fmt（Bio.Align.a2m.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.a2m.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.bed.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.bigbed.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.bigbed.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.bigmaf.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.bigmaf.AlignmentWriter 属性）

fmt（Bio.Align.bigpsl.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.bigpsl.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.chain.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.chain.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.clustal.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.clustal.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.emboss.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.exonerate.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.exonerate.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.fasta.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.fasta.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.hhr.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.interfaces.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.interfaces.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.maf.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.maf.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.mauve.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.mauve.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.msf.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.nexus.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.nexus.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.phylip.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.phylip.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.psl.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.psl.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.sam.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.sam.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.stockholm.AlignmentIterator 属性） fmt（Bio.Align.stockholm.AlignmentWriter 属性） fmt（Bio.Align.tabular.AlignmentIterator 属性） format() （Bio.Align.Alignment 方法） format() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） format() （Bio.motifs.Motif 方法） format() （Bio.Phylo.BaseTree.Tree 方法） format() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） format_alignment() （Bio.Align.a2m.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.bed.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.chain.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.clustal.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.fasta.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.interfaces.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.maf.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.mauve.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.nexus.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.phylip.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.psl.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.sam.AlignmentWriter 方法） format_alignment() （Bio.Align.stockholm.AlignmentWriter 方法） format_alignment()（在 Bio.pairwise2 模块中） format_output() （Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 方法） format_phylip() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceMatrix 方法） forward_algorithm() （Bio.HMM.DynamicProgramming.AbstractDPAlgorithms 方法） forward_table（Bio.Data.CodonTable.CodonTable 属性） FragmentMapper（Bio.PDB.FragmentMapper 中的类） Fragment（Bio.PDB.FragmentMapper 中的类） frequencies（Bio.Align.Alignment 属性） FrequencyPositionMatrix（Bio.motifs.matrix 中的类） from_bytes()（Bio.Align.bigbed.AutoSQLTable 类方法） from_clade()（Bio.Phylo.BaseTree.Tree 类方法） from_clade()（Bio.Phylo.PhyloXML.Clade 类方法） from_clade()（Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 类方法） from_hex()（Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor 类方法） from_msa()（Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment 类方法） from_name()（Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor 类方法） from_seq()（Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 类方法） from_seqfeature()（Bio.Phylo.PhyloXML.ProteinDomain 类方法） from_seqrecord()（Bio.Phylo.PhyloXML.Sequence 类方法） from_string()（Bio.Align.bigbed.AutoSQLTable 类方法） from_string()（Bio.Phylo.NewickIO.Parser 类方法） from_string()（Bio.Phylo.NeXMLIO.Parser 类方法） from_tree()（Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 类方法） fromstring() （Bio.SeqFeature.Location 方法） fromstring()（Bio.SeqFeature.Position 静态方法） fromstring()（Bio.SeqFeature.SimpleLocation 静态方法） full_string（Bio.SeqIO.QualityIO.InvalidCharError 属性） full_translate() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法）

G

gafbyproteiniterator()（在 Bio.UniProt.GOA 模块中） gafiterator()（在 Bio.UniProt.GOA 模块中） gap_consensus() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） gaponly() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） gaps（Bio.Align.AlignmentCounts 属性） GB_BASE_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） GB_FEATURE_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） GB_FEATURE_INTERNAL_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） GB_INTERNAL_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） GB_LINE_LENGTH（Bio.GenBank.Record.Record 属性） GB_OTHER_INTERNAL_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） GB_SEQUENCE_INDENT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） GC123()（在 Bio.SeqUtils 模块中） gc_content（Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 属性） gc_content（Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 属性） gc_fraction()（在 Bio.SeqUtils 模块中） gc_mapping（Bio.Align.stockholm.AlignmentIterator 属性） gc_mapping（Bio.Align.stockholm.AlignmentWriter 属性） GC_skew()（在 Bio.SeqUtils 模块中） gcg()（在 Bio.SeqUtils.CheckSum 模块中） GckIterator（Bio.SeqIO.GckIO 中的类） gen_key()（Bio.PDB.internal_coords.Edron 静态方法） gen_tuple()（Bio.PDB.internal_coords.Edron 静态方法） GENBANK_INDENT（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） GENBANK_SPACER（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） GenBankCdsFeatureIterator（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的类） GenBankIterator（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的类） GenBankScanner（Bio.GenBank.Scanner 中的类） GenBankWriter（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的类） Generic_dbutils（BioSQL.DBUtils 中的类） GenericPositionMatrix（Bio.motifs.matrix 中的类） genes（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 属性） get() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） get() （Bio.Data.CodonTable.AmbiguousForwardTable 方法） get_acgt() （Bio.motifs.xms.XMSScanner 方法） get_alignment_length() （Bio.Align.MultipleSeqAlignment 方法） get_all_assemblies() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） get_all_entries() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） get_all_obsolete() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） get_aln_length() （Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment 方法） get_altloc() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_amino_acids_percent() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） get_angle() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） get_anisou() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_area()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模块中） get_array() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） get_atoms() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） get_atoms() （Bio.PDB.Model.Model 方法） get_atoms() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） get_atoms() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） get_bfactor() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_blank_emissions() （Bio.HMM.MarkovModel.HiddenMarkovModel 方法） get_blank_transitions() （Bio.HMM.MarkovModel.HiddenMarkovModel 方法） get_ca_list() （Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide 方法） get_chains() （Bio.PDB.Model.Model 方法） get_chains() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） get_charge() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_codon() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） get_codon_num() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） get_column() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） get_column() （Bio.phenotype.phen_micro.PlateRecord 方法） get_coord() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_coords() （Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment 方法） get_data() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） get_dbutils()（在 BioSQL.DBUtils 模块中） get_distance() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceCalculator 方法） get_dn_ds_matrix() （Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment 方法） get_dn_ds_tree() （Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment 方法） get_full_id() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_full_id() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_full_rf_table() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） get_fullname() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_guide_coord_from_structure() （Bio.PDB.cealign.CEAligner 方法） get_header() （Bio.PDB.PDBParser.PDBParser 方法） get_id() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） get_id() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_id() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） get_id() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_id() （Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment 方法） get_indiv()（在 Bio.PopGen.GenePop 模块中） get_indiv()（在 Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser 模块中） get_individual() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） get_init_rms() （Bio.PDB.qcprot.QCPSuperimposer 方法） get_init_rms() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） get_iterator() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_iterator() （Bio.PDB.StructureAlignment.StructureAlignment 方法） get_KGML() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） get_length() （Bio.PDB.internal_coords.Hedron 方法） get_length() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） get_level() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_level() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_list() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_maps() （Bio.PDB.StructureAlignment.StructureAlignment 方法） get_markov_model() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） get_models() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） get_name() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_nonterminals() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） get_occupancy() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_parent() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_parent() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） get_parent() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） get_path() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） get_phi_psi_list() （Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide 方法） get_predictions()（在 Bio.PDB.alphafold_db 模块中） get_prev() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） get_prodoc_entry()（在 Bio.ExPASy 模块中）

get_property_value() （Bio.motifs.xms.XMSScanner 方法） get_prosite_entry()（在 Bio.ExPASy 模块中） get_prosite_raw()（在 Bio.ExPASy 模块中） get_qresult_id() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar.ExonerateCigarIndexer 方法） get_qresult_id() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text.ExonerateTextIndexer 方法） get_qresult_id() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarIndexer 方法） get_radius() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_raw() （Bio.phenotype.phen_micro.WellRecord 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabIndexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.BlatIO.BlatPslIndexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text.ExonerateTextIndexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarIndexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.FastaIO.FastaM10Indexer 方法） get_raw() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabIndexer 方法） get_recent_changes() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） get_residue() （Bio.Align.AlignInfo.PSSM 方法） get_residues() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） get_residues() （Bio.PDB.Model.Model 方法） get_residues() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） get_resname() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） get_resname_list() （Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment 方法） get_rms() （Bio.PDB.qcprot.QCPSuperimposer 方法） get_rms() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） get_rotran() （Bio.PDB.qcprot.QCPSuperimposer 方法） get_rotran() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） get_row() （Bio.phenotype.phen_micro.PlateRecord 方法） get_score() （Bio.Phylo.TreeConstruction.ParsimonyScorer 方法） get_score() （Bio.Phylo.TreeConstruction.Scorer 方法） get_segid() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） get_seq() （Bio.PDB.PSEA.PSEA 方法） get_Seq_by_acc() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） get_Seq_by_id() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） get_Seq_by_ver() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） get_seqres_file() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） get_Seqs_by_acc() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） get_sequence() （Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide 方法） get_serial_number() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_sigatm() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_signals() （Bio.phenotype.phen_micro.WellRecord 方法） get_siguij() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） get_spherical_coordinates()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） get_spliced() （Bio.AlignIO.MafIO.MafIndex 方法） get_sprot_raw()（在 Bio.ExPASy 模块中） get_start_end()（在 Bio.Nexus.Nexus 模块中） get_status_list()（Bio.PDB.PDBList.PDBList 静态方法） get_structural_models_for()（在 Bio.PDB.alphafold_db 模块中） get_structure() （Bio.PDB.MMCIFParser.FastMMCIFParser 方法） get_structure() （Bio.PDB.MMCIFParser.MMCIFParser 方法） get_structure() （Bio.PDB.PDBMLParser.PDBMLParser 方法） get_structure() （Bio.PDB.PDBParser.PDBParser 方法） get_structure() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） get_subseq_as_string() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） get_succ() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） get_support()（在 Bio.Phylo.Consensus 模块中） get_surface()（在 Bio.PDB.ResidueDepth 模块中） get_tau_list() （Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide 方法） get_taxa() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） get_terminals() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） get_terminals() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） get_text() （Bio.motifs.xms.XMSScanner 方法） get_theta_list() （Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide 方法） get_times() （Bio.phenotype.phen_micro.WellRecord 方法） get_trailer() （Bio.PDB.PDBParser.PDBParser 方法） get_transformed() （Bio.PDB.qcprot.QCPSuperimposer 方法） get_transformed() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） get_unique_parents()（在 Bio.PDB.Selection 模块中） get_unpacked_list() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） get_unpacked_list() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） get_vector() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） getAscendent() （Bio.SCOP.Node 方法） getAscendentFromSQL() （Bio.SCOP.Scop 方法） getAstralDomainsFromFile() （Bio.SCOP.Astral 方法） getAstralDomainsFromSQL() （Bio.SCOP.Astral 方法） getAtoms() （Bio.SCOP.Raf.SeqMap 方法） getChildren() （Bio.SCOP.Node 方法） getDescendents() （Bio.SCOP.Node 方法） getDescendentsFromSQL() （Bio.SCOP.Scop 方法） getDomainBySid() （Bio.SCOP.Scop 方法） getDomainFromSQL() （Bio.SCOP.Scop 方法） getDomains() （Bio.SCOP.Scop 方法） getNodeBySunid() （Bio.SCOP.Scop 方法） getParent() （Bio.SCOP.Node 方法） getRoot() （Bio.SCOP.Scop 方法） getSeq() （Bio.SCOP.Astral 方法） getSeqBySid() （Bio.SCOP.Astral 方法） getSeqMap() （Bio.SCOP.Raf.SeqMapIndex 方法） gf_mapping（Bio.Align.stockholm.AlignmentIterator 属性） gf_mapping（Bio.Align.stockholm.AlignmentWriter 属性） Gfa1Iterator（Bio.SeqIO.GfaIO 中的类） Gfa2Iterator（Bio.SeqIO.GfaIO 中的类） global_dtd_dir（Bio.Entrez.Parser.DataHandler 属性） global_xsd_dir（Bio.Entrez.Parser.DataHandler 属性） gly_Cbeta（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） gompertz()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模块中） gpa_iterator()（在 Bio.UniProt.GOA 模块中） gpi_iterator()（在 Bio.UniProt.GOA 模块中） gr_mapping（Bio.Align.stockholm.AlignmentIterator 属性） gr_mapping（Bio.Align.stockholm.AlignmentWriter 属性） Graphics（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的类） Graph（Bio.Pathway.Rep.Graph 中的类） gravy() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） green() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） gs_mapping（Bio.Align.stockholm.AlignmentIterator 属性） gs_mapping（Bio.Align.stockholm.AlignmentWriter 属性） guess_lag()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模块中） guess_plateau()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模块中）

H

handle_motif() （Bio.motifs.xms.XMSScanner 方法） handleMissingDocumentDefinition() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） has_id() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） has_id() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） has_support() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） hashedDomainsByEv() （Bio.SCOP.Astral 方法） hashedDomainsById() （Bio.SCOP.Astral 方法） HEADER_WIDTH（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 属性） HEADER_WIDTH（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） HEADER_WIDTH（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 属性） HEADER_WIDTH（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 属性） HEADER_WIDTH（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 属性） HEADER_WIDTH（Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter 属性） Header（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） HedronMatchError Hedron（Bio.PDB.internal_coords 中的类） height（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 属性） Hhsuite2TextParser（Bio.SearchIO.HHsuiteIO.hhsuite2_text 中的类） HiddenMarkovModel（Bio.HMM.MarkovModel 中的类） hit_coverage() （Bio.Compass.Record 方法） Hit（Bio.Blast 中的类） hmm_as_hit（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitParser 属性）

hmm_as_hit（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitWriter 属性） hmm_as_hit（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryParser 属性） hmm_as_hit（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryWriter 属性） Hmmer2TextIndexer（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text 中的类） Hmmer2TextParser（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text 中的类） Hmmer3DomtabHmmhitIndexer（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的类） Hmmer3DomtabHmmhitParser（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的类） Hmmer3DomtabHmmhitWriter（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的类） Hmmer3DomtabHmmqueryIndexer（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的类） Hmmer3DomtabHmmqueryParser（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的类） Hmmer3DomtabHmmqueryWriter（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab 中的类） Hmmer3TabIndexer（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab 中的类） Hmmer3TabParser（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab 中的类） Hmmer3TabWriter（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab 中的类） Hmmer3TextIndexer（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text 中的类） Hmmer3TextParser（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text 中的类） homog_rot_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） homog_scale_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） homog_trans_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） HSExposureCA（Bio.PDB.HSExposure 中的类） HSExposureCB（Bio.PDB.HSExposure 中的类） HSP（Bio.Blast 中的类） HSP（Bio.Blast.NCBIXML 中的类）

I

IC_Chain（Bio.PDB.internal_coords 中的类） IC_duplicate()（在 Bio.PDB.ic_rebuild 模块中） IC_Residue（Bio.PDB.internal_coords 中的类） id() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） id() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） id_width（Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipIterator 属性） identities（Bio.Align.AlignmentCounts 属性） identity_match（Bio.pairwise2 中的类） id（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Component 属性） id（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 属性） id（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 属性） id（Bio.PDB.Entity.Entity 属性） Id（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） IgIterator（Bio.SeqIO.IgIO 中的类） ImgtIterator（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的类） ImgtWriter（Bio.SeqIO.InsdcIO 中的类） Indent（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 属性） index() （Bio.Blast.Record 方法） index() （Bio.SCOP.Raf.SeqMap 方法） index() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） index()（在 Bio.SearchIO 模块中） index()（在 Bio.SeqIO 模块中） index_db()（在 Bio.SearchIO 模块中） index_db()（在 Bio.SeqIO 模块中） index_to_one()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模块中） index_to_three()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模块中） Index（Bio.SCOP.Cla 中的类） index（Bio.SeqIO.QualityIO.InvalidCharError 属性） indices（Bio.Align.Alignment 属性） infer_coordinates()（Bio.Align.Alignment 类方法） information_content() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） init_atom() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） init_atom_coords() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） init_chain() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） init_edra() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） init_model() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） init_residue() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） init_seg() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） init_structure() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） InputRecord（Bio.Emboss.PrimerSearch 中的类） InsdcScanner（Bio.GenBank.Scanner 中的类） insert() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） insert() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） insert_gap() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） instability_index() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） Instances（Bio.motifs 中的类） instances（Bio.motifs.Motif 属性） Instance（Bio.motifs.meme 中的类） IntegerElement（Bio.Entrez.Parser 中的类）

integers（Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler 属性） interactions() （Bio.Pathway.Network 方法） Interaction（Bio.Pathway 中的类） INTERNAL_FEATURE_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） INTERNAL_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） internal_to_atom_coordinates() （Bio.PDB.Chain.Chain 方法） internal_to_atom_coordinates() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） internal_to_atom_coordinates() （Bio.PDB.Model.Model 方法） internal_to_atom_coordinates() （Bio.PDB.Structure.Structure 方法） InterproscanXmlParser（Bio.SearchIO.InterproscanIO.interproscan_xml 中的类） InvalidCharError inverse_indices（Bio.Align.Alignment 属性） invert() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） is_aa()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模块中） is_backbone() （Bio.PDB.internal_coords.AtomKey 方法） is_backbone() （Bio.PDB.internal_coords.Edron 方法） is_bifurcating() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_bifurcating() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） is_compatible() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_disordered() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） is_disordered() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） is_disordered() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） is_identical() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_internal() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_monophyletic() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_monophyletic() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） is_nucleic()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模块中） is_parent_of() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） is_parent_of() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） is_preterminal() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_preterminal() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） is_reactant（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 属性） is_terminal() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） is_terminal() （Bio.Phylo.BaseTree.Clade 方法） is_terminal() （Bio.Phylo.BaseTree.Tree 方法） isatty() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） isatty() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） isDomainInEv() （Bio.SCOP.Astral 方法） isDomainInId() （Bio.SCOP.Astral 方法） islower() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） islower() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） isoelectric_point() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） IsoelectricPoint（Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint 中的类） isupper() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） isupper() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） items() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） items() （Bio.Phylo.PhyloXML.Events 方法） items() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） items() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） Iterator（Bio.GenBank 中的类）

J

JASPAR5（Bio.motifs.jaspar.db 中的类）

JsonIterator()（在 Bio.phenotype.phen_micro 模块中） JsonWriter（Bio.phenotype.phen_micro 中的类）

K

kcluster() （Bio.Cluster.Record 方法） kcluster()（在 Bio.Cluster 模块中） kegg_conv()（在 Bio.KEGG.REST 模块中） kegg_find()（在 Bio.KEGG.REST 模块中） kegg_get()（在 Bio.KEGG.REST 模块中） kegg_info()（在 Bio.KEGG.REST 模块中） kegg_link()（在 Bio.KEGG.REST 模块中） kegg_list()（在 Bio.KEGG.REST 模块中） keys() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） keys() （Bio.Blast.Record 方法） keys() （Bio.PDB.AbstractPropertyMap.AbstractPropertyMap 方法）

keys() （Bio.Phylo.PhyloXML.Events 方法） keys() （Bio.SeqIO.TwoBitIO.TwoBitIterator 方法） keys() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） keys() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） keys_to_process（Bio.GenBank.utils.FeatureValueCleaner 属性） keyword（Bio.Align.stockholm.AlignmentIterator 属性） key（Bio.Align.stockholm.AlignmentIterator 属性） KGMLParser（Bio.KEGG.KGML.KGML_parser 中的类） kill() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） kmedoids()（在 Bio.Cluster 模块中） KnownStateTrainer（Bio.HMM.Trainer 中的类）

L

labels() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） labels() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） ladderize() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） last_id() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） last_id() （BioSQL.DBUtils.Generic_dbutils 方法） last_id() （BioSQL.DBUtils.Mysql_dbutils 方法） lat() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） lcc_mult()（在 Bio.SeqUtils.lcc 模块中） lcc_simp()（在 Bio.SeqUtils.lcc 模块中） left_multiply() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） len12（Bio.PDB.internal_coords.Hedron 属性） len23（Bio.PDB.internal_coords.Hedron 属性） length（Bio.Align.Alignment 属性） letter_annotations（Bio.SeqRecord.SeqRecord 属性） LETTERS_PER_BLOCK（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 属性） LETTERS_PER_LINE（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 属性） LETTERS_PER_LINE（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 属性） level（Bio.PDB.Entity.Entity 属性） linesize（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 属性） link() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） list_ambiguous_codons()（在 Bio.Data.CodonTable 模块中） list_any_ids() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） list_biodatabase_names() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法）

list_bioentry_display_ids() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） list_bioentry_ids() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） list_possible_proteins()（在 Bio.Data.CodonTable 模块中） ListElement（Bio.Entrez.Parser 中的类） load() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） load()（在 Bio.Align.substitution_matrices 模块中） load_database_sql() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） load_seqrecord() （BioSQL.Loader.DatabaseLoader 方法） local_dtd_dir（Bio.Entrez.Parser.DataHandler 属性） local_xsd_dir（Bio.Entrez.Parser.DataHandler 属性） location() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） LocationParserError Location（Bio.SeqFeature 中的类） log_likelihood() （Bio.HMM.Trainer.AbstractTrainer 方法） log_odds() （Bio.motifs.matrix.PositionWeightMatrix 方法） LogDPAlgorithms（Bio.HMM.DynamicProgramming 中的类） logistic()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模块中） long() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） lookup() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） losses() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） lower() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） lower() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） lstrip() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法）

M

m2rotaxis()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） MafIndex（Bio.AlignIO.MafIO 中的类） MafIterator()（在 Bio.AlignIO.MafIO 模块中） MafWriter（Bio.AlignIO.MafIO 中的类） majority_consensus()（在 Bio.Phylo.Consensus 模块中） make_back_table()（在 Bio.Data.CodonTable 模块中） make_dssp_dict()（在 Bio.PDB.DSSP 模块中） make_extended() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） make_format() （Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 方法） make_table()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模块中） make_virtual_offset()（在 Bio.bgzf 模块中） map() （Bio.Align.Alignment 方法） mapall() （Bio.Align.Alignment 方法） maps（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 属性） MarkovModelBuilder（Bio.HMM.MarkovModel 中的类） mask（Bio.motifs.Motif 属性） matches()（在 Bio.Phylo.NeXMLIO 模块中） MATCH（Bio.Align.tabular.State 属性） MauveIterator（Bio.AlignIO.MauveIO 中的类） MauveWriter（Bio.AlignIO.MauveIO 中的类） maximum() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） MaxPeptideBond（Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 属性） MaxSize（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 属性） max（Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 属性） mean() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） merge_with_support() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） methods（Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceTreeConstructor 属性） min_dist()（在 Bio.PDB.ResidueDepth 模块中） minimum() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） min（Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 属性） mismatches（Bio.Align.AlignmentCounts 属性） MissingAtomError MissingExternalDependencyError MissingPythonDependencyError mktest()（在 Bio.Align.analysis 模块中） mktest()（在 Bio.codonalign.codonalignment 模块中） ml_estimator() （Bio.HMM.Trainer.AbstractTrainer 方法） MMCIF2Dict（Bio.PDB.MMCIF2Dict 中的类） MMCIFIO（Bio.PDB.mmcifio 中的类） MMCIFParser（Bio.PDB.MMCIFParser 中的类） models（Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceCalculator 属性） Model（Bio.PDB.Model 中的类） modes（Bio.SeqIO.AbiIO.AbiIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.AceIO.AceIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.FastaIO.FastaBlastIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.FastaIO.FastaIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.FastaIO.FastaPearsonIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.FastaIO.FastaTwoLineIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.FastaIO.FastaWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.GckIO.GckIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.GfaIO.Gfa1Iterator 属性） modes（Bio.SeqIO.GfaIO.Gfa2Iterator 属性） modes（Bio.SeqIO.IgIO.IgIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblCdsFeatureIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankCdsFeatureIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.NibIO.NibIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.NibIO.NibWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.PdbIO.CifAtomIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.PdbIO.CifSeqresIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.PdbIO.PdbAtomIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.PdbIO.PdbSeqresIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.PhdIO.PhdIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.PhdIO.PhdWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.PirIO.PirIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.PirIO.PirWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqIlluminaWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqIteratorAbstractBaseClass 属性） modes（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqPhredWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqSolexaWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.QualityIO.QualPhredIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.QualityIO.QualPhredWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.SffIO.SffIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.SffIO.SffWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.SnapGeneIO.SnapGeneIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.SwissIO.SwissIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.TabIO.TabIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.TabIO.TabWriter 属性） modes（Bio.SeqIO.TwoBitIO.TwoBitIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.UniprotIO.UniprotIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.XdnaIO.XdnaIterator 属性） modes（Bio.SeqIO.XdnaIO.XdnaWriter 属性） mode（Bio.Align.bigbed.AlignmentIterator 属性） mode（Bio.Align.bigbed.AlignmentWriter 属性） mode（Bio.Align.bigmaf.AlignmentIterator 属性） mode（Bio.Align.interfaces.AlignmentIterator 属性） mode（Bio.Align.interfaces.AlignmentWriter 属性） modify() （Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution 方法） module Bio Bio.Affy Bio.Affy.CelFile Bio.Align Bio.Align.a2m Bio.Align.AlignInfo Bio.Align.analysis Bio.Align.bed Bio.Align.bigbed Bio.Align.bigmaf Bio.Align.bigpsl Bio.Align.chain Bio.Align.clustal Bio.Align.emboss Bio.Align.exonerate Bio.Align.fasta Bio.Align.hhr Bio.Align.interfaces Bio.Align.maf Bio.Align.mauve Bio.Align.msf Bio.Align.nexus Bio.Align.phylip Bio.Align.psl Bio.Align.sam Bio.Align.stockholm Bio.Align.substitution_matrices Bio.Align.tabular Bio.AlignIO Bio.AlignIO.ClustalIO Bio.AlignIO.EmbossIO Bio.AlignIO.FastaIO Bio.AlignIO.Interfaces Bio.AlignIO.MafIO Bio.AlignIO.MauveIO Bio.AlignIO.MsfIO Bio.AlignIO.NexusIO Bio.AlignIO.PhylipIO Bio.AlignIO.StockholmIO Bio.bgzf Bio.Blast Bio.Blast.NCBIWWW Bio.Blast.NCBIXML Bio.CAPS Bio.Cluster Bio.codonalign Bio.codonalign.codonalignment Bio.codonalign.codonseq Bio.Compass Bio.Data Bio.Data.CodonTable Bio.Data.IUPACData Bio.Data.PDBData Bio.Emboss Bio.Emboss.Primer3 Bio.Emboss.PrimerSearch Bio.Entrez Bio.Entrez.Parser Bio.ExPASy Bio.ExPASy.cellosaurus Bio.ExPASy.Enzyme Bio.ExPASy.Prodoc Bio.ExPASy.Prosite Bio.ExPASy.ScanProsite Bio.File Bio.GenBank Bio.GenBank.Record Bio.GenBank.Scanner Bio.GenBank.utils Bio.Geo Bio.Geo.Record Bio.HMM Bio.HMM.DynamicProgramming Bio.HMM.MarkovModel Bio.HMM.Trainer Bio.HMM.Utilities Bio.KEGG Bio.KEGG.Compound Bio.KEGG.Enzyme Bio.KEGG.Gene Bio.KEGG.KGML Bio.KEGG.KGML.KGML_parser Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway Bio.KEGG.Map Bio.KEGG.REST Bio.Medline Bio.motifs Bio.motifs.alignace Bio.motifs.clusterbuster Bio.motifs.jaspar Bio.motifs.jaspar.db Bio.motifs.mast Bio.motifs.matrix Bio.motifs.meme Bio.motifs.minimal Bio.motifs.pfm Bio.motifs.thresholds Bio.motifs.transfac Bio.motifs.xms Bio.Nexus Bio.Nexus.Nexus Bio.Nexus.Nodes Bio.Nexus.StandardData Bio.Nexus.Trees Bio.NMR Bio.NMR.NOEtools Bio.NMR.xpktools Bio.pairwise2 Bio.Pathway Bio.Pathway.Rep Bio.Pathway.Rep.Graph Bio.Pathway.Rep.MultiGraph Bio.PDB Bio.PDB.AbstractPropertyMap Bio.PDB.alphafold_db Bio.PDB.Atom Bio.PDB.cealign Bio.PDB.Chain Bio.PDB.Dice Bio.PDB.DSSP Bio.PDB.Entity Bio.PDB.FragmentMapper Bio.PDB.HSExposure Bio.PDB.ic_data Bio.PDB.ic_rebuild Bio.PDB.internal_coords Bio.PDB.MMCIF2Dict Bio.PDB.mmcifio Bio.PDB.MMCIFParser Bio.PDB.Model Bio.PDB.NACCESS Bio.PDB.NeighborSearch Bio.PDB.parse_pdb_header Bio.PDB.PDBExceptions Bio.PDB.PDBIO Bio.PDB.PDBList Bio.PDB.PDBMLParser Bio.PDB.PDBParser Bio.PDB.PICIO Bio.PDB.Polypeptide Bio.PDB.PSEA Bio.PDB.qcprot Bio.PDB.Residue Bio.PDB.ResidueDepth Bio.PDB.SASA Bio.PDB.SCADIO Bio.PDB.Selection Bio.PDB.Structure Bio.PDB.StructureAlignment Bio.PDB.StructureBuilder Bio.PDB.Superimposer Bio.PDB.vectors Bio.phenotype Bio.phenotype.phen_micro Bio.phenotype.pm_fitting Bio.Phylo Bio.Phylo.BaseTree Bio.Phylo.CDAO Bio.Phylo.Consensus Bio.Phylo.Newick Bio.Phylo.NewickIO Bio.Phylo.NeXML Bio.Phylo.NeXMLIO Bio.Phylo.NexusIO Bio.Phylo.PAML Bio.Phylo.PAML.baseml Bio.Phylo.PAML.chi2 Bio.Phylo.PAML.codeml Bio.Phylo.PAML.yn00 Bio.Phylo.PhyloXML Bio.Phylo.PhyloXMLIO Bio.Phylo.TreeConstruction Bio.PopGen Bio.PopGen.GenePop Bio.PopGen.GenePop.FileParser Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser Bio.Restriction Bio.Restriction.PrintFormat Bio.Restriction.Restriction_Dictionary Bio.SCOP Bio.SCOP.Cla Bio.SCOP.Des Bio.SCOP.Dom Bio.SCOP.Hie Bio.SCOP.Raf Bio.SCOP.Residues Bio.SearchIO Bio.SearchIO.BlastIO Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml Bio.SearchIO.BlatIO Bio.SearchIO.ExonerateIO Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar Bio.SearchIO.FastaIO Bio.SearchIO.HHsuiteIO Bio.SearchIO.HHsuiteIO.hhsuite2_text Bio.SearchIO.HmmerIO Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text Bio.SearchIO.InterproscanIO Bio.SearchIO.InterproscanIO.interproscan_xml Bio.Seq Bio.SeqFeature Bio.SeqIO Bio.SeqIO.AbiIO Bio.SeqIO.AceIO Bio.SeqIO.FastaIO Bio.SeqIO.GckIO Bio.SeqIO.GfaIO Bio.SeqIO.IgIO Bio.SeqIO.InsdcIO Bio.SeqIO.Interfaces Bio.SeqIO.NibIO Bio.SeqIO.PdbIO Bio.SeqIO.PhdIO Bio.SeqIO.PirIO Bio.SeqIO.QualityIO Bio.SeqIO.SeqXmlIO Bio.SeqIO.SffIO Bio.SeqIO.SnapGeneIO Bio.SeqIO.SwissIO Bio.SeqIO.TabIO Bio.SeqIO.TwoBitIO Bio.SeqIO.UniprotIO Bio.SeqIO.XdnaIO Bio.SeqRecord Bio.Sequencing Bio.Sequencing.Ace Bio.Sequencing.Phd Bio.SeqUtils Bio.SeqUtils.CheckSum Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint Bio.SeqUtils.lcc Bio.SeqUtils.MeltingTemp Bio.SeqUtils.ProtParam Bio.SeqUtils.ProtParamData Bio.SVDSuperimposer Bio.SwissProt Bio.SwissProt.KeyWList Bio.TogoWS Bio.UniGene Bio.UniProt Bio.UniProt.GOA BioSQL BioSQL.BioSeq BioSQL.BioSeqDatabase BioSQL.DBUtils BioSQL.Loader

mol_seq() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） mol_seq() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） molar_extinction_coefficient() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） molecular_weight() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） molecular_weight()（在 Bio.SeqUtils 模块中） MolSeq（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） Motif（Bio.motifs 中的类） Motif（Bio.motifs.jaspar 中的类） Motif（Bio.motifs.meme 中的类） Motif（Bio.motifs.transfac 中的类） MsfIterator（Bio.AlignIO.MsfIO 中的类） multi_coord_space()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） multi_rot_Y()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） multi_rot_Z()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） MultiGraph（Bio.Pathway.Rep.MultiGraph 中的类） multiple_value_keys（Bio.motifs.transfac.Motif 属性） MultipleAlignment（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） MultipleSeqAlignment（Bio.Align 中的类） MutableSeq（Bio.Seq 中的类） Mysql_dbutils（BioSQL.DBUtils 中的类） MysqlConnectorAdaptor（BioSQL.BioSeqDatabase 中的类）

N

NACCESS_atomic（Bio.PDB.NACCESS 中的类） NACCESS（Bio.PDB.NACCESS 中的类） name() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） NameWidth（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 属性） name（Bio.Align.bigbed.Field 属性） name（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 属性） name（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 属性） name（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 属性） NCBICodonTableDNA（Bio.Data.CodonTable 中的类） NCBICodonTableRNA（Bio.Data.CodonTable 中的类） NCBICodonTable（Bio.Data.CodonTable 中的类） NeighborSearch（Bio.PDB.NeighborSearch 中的类） Network（Bio.Pathway 中的类） new_clade() （Bio.Phylo.NewickIO.Parser 方法） new_database() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） new_label() （Bio.Phylo.NeXMLIO.Writer 方法） NewickError NeXMLError next_nonwhitespace() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） next_until() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） next_word() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） NexusError, [1] NexusIterator()（在 Bio.AlignIO.NexusIO 模块中） NexusWriter（Bio.AlignIO.NexusIO 中的类） Nexus（Bio.Nexus.Nexus 中的类） NibIterator（Bio.SeqIO.NibIO 中的类）

NibWriter（Bio.SeqIO.NibIO 中的类） nj() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceTreeConstructor 方法） NNITreeSearcher（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的类） no_altloc（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） node() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） node_id() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） NodeData（Bio.Nexus.Trees 中的类） NodeException nodes() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） nodes() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） Node（Bio.Cluster 中的类） Node（Bio.Nexus.Nodes 中的类） Node（Bio.SCOP 中的类） NoneElement（Bio.Entrez.Parser 中的类） NONE（Bio.Align.tabular.State 属性） norm() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） normalize() （Bio.motifs.matrix.FrequencyPositionMatrix 方法） normalize() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） normalize_letters()（在 Bio.SCOP.Raf 模块中） normalized() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） normsq() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） NotXMLError, [1] nt_search()（在 Bio.SeqUtils 模块中） nucleotide_alphabet（Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTable 属性） nucleotide_alphabet（Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTableDNA 属性） nucleotide_alphabet（Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTableRNA 属性） number（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 属性）

O

ok_applies_to（Bio.Phylo.PhyloXML.Property 属性） ok_datatype（Bio.Phylo.PhyloXML.Property 属性） ok_rank（Bio.Phylo.PhyloXML.Taxonomy 属性） ok_type（Bio.Phylo.PhyloXML.Events 属性） ok_type（Bio.Phylo.PhyloXML.SequenceRelation 属性） one_to_index()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模块中） OneOfPosition（Bio.SeqFeature 中的类） open()（在 Bio.bgzf 模块中） open_database()（在 BioSQL.BioSeqDatabase 模块中） open_dtd_file() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法）

open_xsd_file() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） optimize() （Bio.SeqUtils.CodonAdaptationIndex 方法） OrderedListElement（Bio.Entrez.Parser 中的类） orthologs（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 属性） other() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） other() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） OTHER_INTERNAL_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） Other（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） out_block()（在 Bio.Geo.Record 模块中） OutputRecord（Bio.Emboss.PrimerSearch 中的类）

P

PairedFastaQualIterator()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模块中） PairwiseAligner（Bio.Align 中的类） PairwiseAlignments（Bio.Align 中的类） ParallelAssembleResidues（Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 属性） Parameters（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） parent_edges() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） parent_edges() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） parents() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） parents() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） parent（Bio.PDB.Entity.Entity 属性） parse() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） parse() （Bio.GenBank.FeatureParser 方法） parse() （Bio.GenBank.RecordParser 方法） parse() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse() （Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.KGMLParser 方法） parse() （Bio.Phylo.NewickIO.Parser 方法） parse() （Bio.Phylo.NeXMLIO.Parser 方法） parse() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） parse()（在 Bio.Align 模块中） parse()（在 Bio.AlignIO 模块中） parse()（在 Bio.Blast 模块中） parse()（在 Bio.Blast.NCBIXML 模块中） parse()（在 Bio.Compass 模块中） parse()（在 Bio.Emboss.Primer3 模块中） parse()（在 Bio.Entrez 模块中） parse()（在 Bio.ExPASy.cellosaurus 模块中） parse()（在 Bio.ExPASy.Enzyme 模块中） parse()（在 Bio.ExPASy.Prodoc 模块中） parse()（在 Bio.ExPASy.Prosite 模块中） parse()（在 Bio.GenBank 模块中） parse()（在 Bio.Geo 模块中） parse()（在 Bio.KEGG.Compound 模块中） parse()（在 Bio.KEGG.Enzyme 模块中） parse()（在 Bio.KEGG.Gene 模块中） parse()（在 Bio.KEGG.KGML.KGML_parser 模块中） parse()（在 Bio.KEGG.Map 模块中） parse()（在 Bio.Medline 模块中） parse()（在 Bio.motifs 模块中） parse()（在 Bio.phenotype 模块中） parse()（在 Bio.Phylo.NewickIO 模块中） parse()（在 Bio.Phylo.NeXMLIO 模块中） parse()（在 Bio.Phylo.NexusIO 模块中） parse()（在 Bio.Phylo.PhyloXMLIO 模块中） parse()（在 Bio.SCOP.Cla 模块中） parse()（在 Bio.SCOP.Des 模块中） parse()（在 Bio.SCOP.Dom 模块中） parse()（在 Bio.SCOP.Hie 模块中） parse()（在 Bio.SCOP.Raf 模块中） parse()（在 Bio.SearchIO 模块中） parse()（在 Bio.SeqIO 模块中） parse()（在 Bio.Sequencing.Ace 模块中） parse()（在 Bio.Sequencing.Phd 模块中） parse()（在 Bio.SwissProt 模块中） parse()（在 Bio.SwissProt.KeyWList 模块中） parse()（在 Bio.UniGene 模块中） parse_alignment_block() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_cigar.ExonerateCigarParser 方法） parse_alignment_block() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text.ExonerateTextParser 方法） parse_alignment_block() （Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarParser 方法） parse_btop() （Bio.Align.tabular.AlignmentIterator 方法） parse_cds_features() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_cigar() （Bio.Align.tabular.AlignmentIterator 方法） parse_domain()（在 Bio.SCOP 模块中） parse_feature() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_features() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_footer() （Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 方法） parse_footer() （Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 方法） parse_footer() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_header() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_hits() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_hsp_alignments() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_hsps() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_key_value() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_pdb_header()（在 Bio.PDB.parse_pdb_header 模块中） parse_preamble() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_printed_alignment()（Bio.Align.Alignment 类方法） parse_qresult() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） parse_records() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） parse_xsd() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） ParserError ParserFailureError Parser（Bio.ExPASy.ScanProsite 中的类） Parser（Bio.Phylo.NewickIO 中的类） Parser（Bio.Phylo.NeXMLIO 中的类） Parser（Bio.Phylo.PhyloXMLIO 中的类） ParsimonyScorer（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的类） ParsimonyTreeConstructor（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的类） parts（Bio.SeqFeature.SimpleLocation 属性） Pathway（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的类） pca()（在 Bio.Cluster 模块中） pcb_vectors_pymol() （Bio.PDB.HSExposure.HSExposureCA 方法） pdb_date()（在 Bio.PDB.PICIO 模块中） PDB_REF（Bio.PDB.PDBList.PDBList 属性） pdb_residue_string() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法）

PdbAtomIterator（Bio.SeqIO.PdbIO 中的类） PDBConstructionException PDBConstructionWarning PDBException PDBIOException PDBIO（Bio.PDB.PDBIO 中的类） PDBList（Bio.PDB.PDBList 中的类） PDBMLParser（Bio.PDB.PDBMLParser 中的类） PDBParser（Bio.PDB.PDBParser 中的类） PdbSeqresIterator（Bio.SeqIO.PdbIO 中的类） Peaklist（Bio.NMR.xpktools 中的类） peek() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） peek_nonwhitespace() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） peek_word() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） pfam_gc_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmIterator 属性） pfam_gc_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmWriter 属性） pfam_gr_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmIterator 属性） pfam_gr_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmWriter 属性） pfam_gs_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmIterator 属性） pfam_gs_mapping（Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmWriter 属性） Pgdb_dbutils（BioSQL.DBUtils 中的类） PhdIterator（Bio.SeqIO.PhdIO 中的类） PhdWriter（Bio.SeqIO.PhdIO 中的类） phred_quality_from_solexa()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模块中） PhylipIterator（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的类） PhylipWriter（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的类） PhyloElement（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） phylogeny() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Phylogeny（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） phyloxml() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） PhyloXMLError PhyloXMLWarning Phyloxml（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） pi() （Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint.IsoelectricPoint 方法） pic_accuracy（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） pic_flags（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） picFlagsDefault（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） picFlagsDict（Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 属性） pick_angle() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） pick_length() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） PirIterator（Bio.SeqIO.PirIO 中的类） PirWriter（Bio.SeqIO.PirIO 中的类） PlateRecord（Bio.phenotype.phen_micro 中的类） point() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） point() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Point（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） polygon() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） polygon() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Polygon（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） Polypeptide（Bio.PDB.Polypeptide 中的类） pop() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） pos_specific_score_matrix() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） POSITION_PADDING（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 属性） PositionSpecificScoringMatrix（Bio.motifs.matrix 中的类） PositionWeightMatrix（Bio.motifs.matrix 中的类） Position（Bio.SeqFeature 中的类） PPBuilder（Bio.PDB.Polypeptide 中的类） predictNOE()（在 Bio.NMR.NOEtools 模块中） PrefWidth（Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 属性） pretty_print_prediction()（在 Bio.HMM.Utilities 模块中） pretty_str() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） Primers（Bio.Emboss.Primer3 中的类） print_as() （Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 方法） print_info_content()（在 Bio.Align.AlignInfo 模块中） print_matrix()（在 Bio.pairwise2 模块中） print_options() （Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml 方法） print_that() （Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat 方法） PrintFormat（Bio.Restriction.PrintFormat 中的类） process_asa_data()（在 Bio.PDB.NACCESS 模块中） process_clade() （Bio.Phylo.NewickIO.Parser 方法） process_rsa_data()（在 Bio.PDB.NACCESS 模块中） products（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 属性） propagate_changes() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） property() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） property() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Property（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） protein_alphabet（Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTable 属性） protein_models（Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceCalculator 属性） protein_scale() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） ProteinAnalysis（Bio.SeqUtils.ProtParam 中的类） ProteinDomain（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） ProtsimLine（Bio.UniGene 中的类） prune() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） prune() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） psea()（在 Bio.PDB.PSEA 模块中） psea2HEC()（在 Bio.PDB.PSEA 模块中） PSEA（Bio.PDB.PSEA 中的类） pseudocounts（Bio.motifs.Motif 属性） PSIBlast（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） PSSM（Bio.Align.AlignInfo 中的类） pssm（Bio.motifs.Motif 属性） Psycopg2_dbutils（BioSQL.DBUtils 中的类） push_back() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） pwm（Bio.motifs.Motif 属性）

Q

q_key（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqIlluminaIterator 属性） q_key（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqIteratorAbstractBaseClass 属性） q_key（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqPhredIterator 属性） q_key（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqSolexaIterator 属性） q_mapping（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqIlluminaIterator 属性） q_mapping（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqIteratorAbstractBaseClass 属性） q_mapping（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqPhredIterator 属性） q_mapping（Bio.SeqIO.QualityIO.FastqSolexaIterator 属性） qa（Bio.Sequencing.Ace 中的类） qblast()（在 Bio.Blast 模块中） qblast()（在 Bio.Blast.NCBIWWW 模块中） qcp()（在 Bio.PDB.qcprot 模块中） QCPSuperimposer（Bio.PDB.qcprot 中的类） qend_mark（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer 属性） qresult_end（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextIndexer 属性） qresult_end（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text.Hmmer3TextIndexer 属性） qresult_start（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextIndexer 属性）

qresult_start（Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_text.Hmmer3TextIndexer 属性） qstart_mark（Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer 属性） QUALIFIER_INDENT_STR（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 属性） QUALIFIER_INDENT_STR（Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter 属性） QUALIFIER_INDENT_TMP（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 属性） QUALIFIER_INDENT_TMP（Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter 属性） QUALIFIER_INDENT（Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 属性） QUALIFIER_INDENT（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 属性） QUALIFIER_INDENT（Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter 属性） Qualifier（Bio.GenBank.Record 中的类） QualPhredIterator（Bio.SeqIO.QualityIO 中的类） QualPhredWriter（Bio.SeqIO.QualityIO 中的类） query_coverage() （Bio.Compass.Record 方法） QUERY_GAP（Bio.Align.tabular.State 属性） query（Bio.Align.Alignment 属性） quotestrip()（在 Bio.Nexus.Nexus 模块中） qUri()（在 Bio.Phylo.NeXMLIO 模块中）

R

rak() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） randomize() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） randomized()（Bio.Phylo.BaseTree.Tree 类方法） rank() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） raw() （Bio.Nexus.StandardData.StandardData 方法） rd（Bio.Sequencing.Ace 中的类） re_code（Bio.Phylo.PhyloXML.Taxonomy 属性） re_doi（Bio.Phylo.PhyloXML.Reference 属性） re_ref（Bio.Phylo.PhyloXML.Annotation 属性） re_ref（Bio.Phylo.PhyloXML.Property 属性） re_symbol（Bio.Phylo.PhyloXML.Sequence 属性） re_value（Bio.Phylo.PhyloXML.MolSeq 属性） reactant_ids（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 属性） reaction_entries（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 属性） reactions() （Bio.Pathway.System 方法） reactions（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 属性） Reaction（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的类） reaction（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 属性） Reaction（Bio.Pathway 中的类） read() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） read() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） read() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） read() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） read()（在 Bio.Affy.CelFile 模块中） read()（在 Bio.Align 模块中） read()（在 Bio.Align.substitution_matrices 模块中） read()（在 Bio.AlignIO 模块中） read()（在 Bio.Blast 模块中） read()（在 Bio.Blast.NCBIXML 模块中） read()（在 Bio.Cluster 模块中） read()（在 Bio.Compass 模块中） read()（在 Bio.Emboss.Primer3 模块中） read()（在 Bio.Emboss.PrimerSearch 模块中） read()（在 Bio.Entrez 模块中） read()（在 Bio.ExPASy.cellosaurus 模块中） read()（在 Bio.ExPASy.Enzyme 模块中） read()（在 Bio.ExPASy.Prodoc 模块中） read()（在 Bio.ExPASy.Prosite 模块中） read()（在 Bio.ExPASy.ScanProsite 模块中） read()（在 Bio.GenBank 模块中） read()（在 Bio.KEGG.Enzyme 模块中） read()（在 Bio.KEGG.KGML.KGML_parser 模块中） read()（在 Bio.Medline 模块中） read()（在 Bio.motifs 模块中） read()（在 Bio.motifs.alignace 模块中） read()（在 Bio.motifs.clusterbuster 模块中） read()（在 Bio.motifs.jaspar 模块中） read()（在 Bio.motifs.mast 模块中） read()（在 Bio.motifs.meme 模块中） read()（在 Bio.motifs.minimal 模块中） read()（在 Bio.motifs.pfm 模块中） read()（在 Bio.motifs.transfac 模块中） read()（在 Bio.motifs.xms 模块中） read()（在 Bio.phenotype 模块中） read()（在 Bio.Phylo.PAML.baseml 模块中） read()（在 Bio.Phylo.PAML.codeml 模块中） read()（在 Bio.Phylo.PAML.yn00 模块中） read()（在 Bio.Phylo.PhyloXMLIO 模块中） read()（在 Bio.PopGen.GenePop 模块中） read()（在 Bio.PopGen.GenePop.FileParser 模块中） read()（在 Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser 模块中） read()（在 Bio.SearchIO 模块中） read()（在 Bio.SeqIO 模块中） read()（在 Bio.Sequencing.Ace 模块中） read()（在 Bio.Sequencing.Phd 模块中） read()（在 Bio.SwissProt 模块中） read()（在 Bio.UniGene 模块中） read_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.baseml.Baseml 方法） read_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml 方法） read_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00 方法） read_header_fmt（Bio.SeqIO.SffIO.SffIterator 属性） read_header_size（Bio.SeqIO.SffIO.SffIterator 属性） read_next() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser 方法） read_PIC()（在 Bio.PDB.PICIO 模块中） read_PIC_seq()（在 Bio.PDB.PICIO 模块中） readline() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） ReadRocheXmlManifest()（在 Bio.SeqIO.SffIO 模块中） Reads（Bio.Sequencing.Ace 中的类） record_has()（在 Bio.UniProt.GOA 模块中） RECORD_START（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 属性） RECORD_START（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） RECORD_START（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 属性） RecordParser（Bio.GenBank 中的类） Records（Bio.Blast 中的类） Record（Bio.Affy.CelFile 中的类） Record（Bio.Blast 中的类） Record（Bio.Cluster 中的类） Record（Bio.Compass 中的类） Record（Bio.Emboss.Primer3 中的类） Record（Bio.ExPASy.cellosaurus 中的类） Record（Bio.ExPASy.Enzyme 中的类） Record（Bio.ExPASy.Prodoc 中的类） Record（Bio.ExPASy.Prosite 中的类） Record（Bio.ExPASy.ScanProsite 中的类） Record（Bio.GenBank.Record 中的类） Record（Bio.Geo.Record 中的类） Record（Bio.KEGG.Compound 中的类） Record（Bio.KEGG.Enzyme 中的类） Record（Bio.KEGG.Gene 中的类） Record（Bio.Medline 中的类） Record（Bio.motifs.alignace 中的类） Record（Bio.motifs.clusterbuster 中的类） Record（Bio.motifs.jaspar 中的类） Record（Bio.motifs.mast 中的类） Record（Bio.motifs.meme 中的类） Record（Bio.motifs.minimal 中的类） Record（Bio.motifs.pfm 中的类）

Record（Bio.motifs.transfac 中的类） Record（Bio.motifs.xms 中的类） Record（Bio.PopGen.GenePop 中的类） Record（Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser 中的类） Record（Bio.SCOP.Cla 中的类） Record（Bio.SCOP.Des 中的类） Record（Bio.SCOP.Dom 中的类） Record（Bio.SCOP.Hie 中的类） Record（Bio.Sequencing.Phd 中的类） Record（Bio.SwissProt 中的类） Record（Bio.SwissProt.KeyWList 中的类） Record（Bio.UniGene 中的类） red() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） ref_db（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 属性） ref_db（Bio.SeqFeature.SeqFeature 属性） reference() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） reference() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） reference_keys（Bio.motifs.transfac.Motif 属性） Reference（Bio.ExPASy.Prodoc 中的类） Reference（Bio.GenBank.Record 中的类） Reference（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） Reference（Bio.SeqFeature 中的类） Reference（Bio.SwissProt 中的类） refmat()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） ref（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 属性） ref（Bio.SeqFeature.SeqFeature 属性） register_ncbi_table()（在 Bio.Data.CodonTable 模块中） relations（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 属性） Relation（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway 中的类） relative_entropy（Bio.motifs.Motif 属性） RelaxedPhylipIterator（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的类） RelaxedPhylipWriter（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的类） remove() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） remove() （BioSQL.Loader.DatabaseRemover 方法） remove_component() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 方法） remove_edge() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） remove_edge() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） remove_entry() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） remove_graphics() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry 方法） remove_loci_by_name() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） remove_loci_by_position() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） remove_locus_by_name() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） remove_locus_by_name() （Bio.PopGen.GenePop.Record 方法） remove_locus_by_position() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） remove_locus_by_position() （Bio.PopGen.GenePop.Record 方法） remove_node() （Bio.Pathway.Rep.Graph.Graph 方法） remove_node() （Bio.Pathway.Rep.MultiGraph.MultiGraph 方法） remove_population() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） remove_population() （Bio.PopGen.GenePop.Record 方法） remove_reaction() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） remove_reaction() （Bio.Pathway.System 方法） remove_relation() （Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway 方法） remove_succ() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） removeprefix() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） removesuffix() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） replace() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） replace_entry()（在 Bio.NMR.xpktools 模块中） replacement_dictionary() （Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo 方法） report_IC()（在 Bio.PDB.ic_rebuild 模块中） reset() （Bio.Blast.NCBIXML.BlastParser 方法） residue_depth()（在 Bio.PDB.ResidueDepth 模块中） residue_dict() （Bio.NMR.xpktools.Peaklist 方法） ResidueDepth（Bio.PDB.ResidueDepth 中的类） Residues（Bio.SCOP.Residues 中的类） Residue（Bio.PDB.Residue 中的类） rest() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） Res（Bio.SCOP.Raf 中的类） retrieve_assembly_file() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） retrieve_pdb_file() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） reverse() （Bio.Pathway.Reaction 方法） reverse() （Bio.Seq.MutableSeq 方法） reverse_complement() （Bio.Align.Alignment 方法） reverse_complement() （Bio.motifs.Instances 方法） reverse_complement() （Bio.motifs.matrix.GenericPositionMatrix 方法） reverse_complement() （Bio.motifs.Motif 方法） reverse_complement() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） reverse_complement()（在 Bio.Seq 模块中） reverse_complement_rna()（在 Bio.Seq 模块中） rewind() （Bio.Align.Alignments 方法） rewind() （Bio.Align.AlignmentsAbstractBaseClass 方法） rewind() （Bio.Align.interfaces.AlignmentIterator 方法） rewind() （Bio.Align.PairwiseAlignments 方法） rfind() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） richards()（在 Bio.phenotype.pm_fitting 模块中） right_multiply() （Bio.PDB.vectors.Vector 方法） rindex() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） rollback() （BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 方法） rollback() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法） root_at_midpoint() （Bio.Phylo.BaseTree.Tree 方法） root_with_outgroup() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） root_with_outgroup() （Bio.Phylo.BaseTree.Tree 方法） root（Bio.Phylo.BaseTree.Clade 属性） rotaxis()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） rotaxis2m()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） rotmat()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） Round（Bio.Blast.NCBIXML 中的类） rsplit() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） rstrip() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） rt（Bio.Sequencing.Ace 中的类） run() （Bio.PDB.qcprot.QCPSuperimposer 方法） run() （Bio.Phylo.PAML.baseml.Baseml 方法） run() （Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml 方法） run() （Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00 方法） run() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） run_naccess()（在 Bio.PDB.NACCESS 模块中） run_psea()（在 Bio.PDB.PSEA 模块中） r（Bio.SeqIO.QualityIO.InvalidCharError 属性）

S

safename()（在 Bio.Nexus.Nexus 模块中） salt_correction()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模块中） sanitize_name()（在 Bio.AlignIO.PhylipIO 模块中） save() （Bio.Cluster.Record 方法） save() （Bio.PDB.mmcifio.MMCIFIO 方法） save() （Bio.PDB.PDBIO.PDBIO 方法） save_dtd_file() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） save_xsd_file() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） ScaledDPAlgorithms（Bio.HMM.DynamicProgramming 中的类） scan()（在 Bio.ExPASy.ScanProsite 模块中） schemaHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） scientific_name() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Scop（Bio.SCOP 中的类） score() （Bio.Align.CodonAligner 方法） score() （Bio.Align.PairwiseAligner 方法） ScoreDistribution（Bio.motifs.thresholds 中的类） Scorer（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的类） score（Bio.pairwise2.Alignment 属性） search() （Bio.Align.bigbed.AlignmentIterator 方法） search() （Bio.AlignIO.MafIO.MafIndex 方法） search() （Bio.motifs.Instances 方法） search() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） search() （Bio.PDB.NeighborSearch.NeighborSearch 方法） search() （Bio.Phylo.TreeConstruction.NNITreeSearcher 方法） search() （Bio.Phylo.TreeConstruction.TreeSearcher 方法） search()（在 Bio.SCOP 模块中） search()（在 Bio.TogoWS 模块中） search()（在 Bio.UniProt 模块中） search_all() （Bio.PDB.NeighborSearch.NeighborSearch 方法） search_count()（在 Bio.TogoWS 模块中） search_iter()（在 Bio.TogoWS 模块中） search_taxon() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） secondary_structure_fraction() （Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis 方法） seek() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） seek_position() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） seekable() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） seekable() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） seguid()（在 Bio.SeqUtils.CheckSum 模块中） select() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） Select（Bio.PDB.PDBIO 中的类） seq1()（在 Bio.SeqUtils 模块中） seq3()（在 Bio.SeqUtils 模块中） seqA（Bio.pairwise2.Alignment 属性） seqB（Bio.pairwise2.Alignment 属性） SeqFeature（Bio.SeqFeature 中的类） SeqMapIndex（Bio.SCOP.Raf 中的类） SeqMap（Bio.SCOP.Raf 中的类） SeqRecord（Bio.SeqRecord 中的类） sequence() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） SEQUENCE_FORMAT（Bio.GenBank.Record.Record 属性） SEQUENCE_HEADERS（Bio.GenBank.Scanner.EmblScanner 属性） SEQUENCE_HEADERS（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） SEQUENCE_HEADERS（Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 属性） SEQUENCE_INDENT（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 属性） sequence_relation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） sequence_relation() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） SequenceDataAbstractBaseClass（Bio.Seq 中的类） SequenceIterator（Bio.SeqIO.Interfaces 中的类） SequenceLine（Bio.UniGene 中的类） SequenceRelation（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） SequenceWriter（Bio.SeqIO.Interfaces 中的类） Sequence（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） SequentialAlignmentWriter（Bio.AlignIO.Interfaces 中的类） SequentialPhylipIterator（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的类） SequentialPhylipWriter（Bio.AlignIO.PhylipIO 中的类） SeqXmlIterator（Bio.SeqIO.SeqXmlIO 中的类） SeqXmlWriter（Bio.SeqIO.SeqXmlIO 中的类） Seq（Bio.Seq 中的类） seq（Bio.SeqRecord.SeqRecord 属性） seq（BioSQL.BioSeq.DBSeqRecord 属性） set() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） set() （Bio.PDB.qcprot.QCPSuperimposer 方法） set() （Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer 方法） set_accuracy_95()（在 Bio.PDB.internal_coords 模块中） set_altloc() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_angle() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） set_anisou() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_anisou() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） set_atoms() （Bio.PDB.qcprot.QCPSuperimposer 方法） set_atoms() （Bio.PDB.Superimposer.Superimposer 方法） set_bfactor() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_charge() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_coord() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_data() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） set_dict() （Bio.PDB.mmcifio.MMCIFIO 方法） set_emission_pseudocount() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_emission_score() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_equal_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_flexible() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） set_handle() （Bio.GenBank.Scanner.InsdcScanner 方法） set_hbond() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） set_header() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） set_hit_accession() （Bio.Blast.NCBIXML.BlastParser 方法） set_hit_def() （Bio.Blast.NCBIXML.BlastParser 方法） set_hit_id() （Bio.Blast.NCBIXML.BlastParser 方法） set_hit_len() （Bio.Blast.NCBIXML.BlastParser 方法） set_homog_trans_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） set_id() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） set_initial_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_length() （Bio.PDB.internal_coords.Hedron 方法） set_length() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） set_line_counter() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） set_occupancy() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_parent() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_parent() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） set_parent() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） set_prev() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） set_radius() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_random_emission_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_random_initial_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_random_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_random_transition_probabilities() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_reference() （Bio.PDB.cealign.CEAligner 方法） set_serial_number() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_sigatm() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_sigatm() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） set_siguij() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） set_siguij() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法）

set_structure() （Bio.PDB.PDBIO.StructureIO 方法） set_subtree() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） set_succ() （Bio.Nexus.Nodes.Node 方法） set_symmetry() （Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder 方法） set_transition_pseudocount() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_transition_score() （Bio.HMM.MarkovModel.MarkovModelBuilder 方法） set_X_homog_rot_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） set_Y_homog_rot_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） set_Z_homog_rot_mtx()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） SffIterator（Bio.SeqIO.SffIO 中的类） SffWriter（Bio.SeqIO.SffIO 中的类） shape（Bio.Align.Alignment 属性） ShrakeRupley（Bio.PDB.SASA 中的类） SimpleFastaParser()（在 Bio.SeqIO.FastaIO 模块中） SimpleLocation（Bio.SeqFeature 中的类） sink() （Bio.Pathway.Network 方法） sink_interactions() （Bio.Pathway.Network 方法） six_frame_translations()（在 Bio.SeqUtils 模块中） skip_header() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） skip_population() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） skip_whitespace() （Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer 方法） skipCharacterDataHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） smprint() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） SnapGeneIterator（Bio.SeqIO.SnapGeneIO 中的类） solexa_quality_from_phred()（在 Bio.SeqIO.QualityIO 模块中） somcluster() （Bio.Cluster.Record 方法） somcluster()（在 Bio.Cluster 模块中） sort() （Bio.Align.Alignment 方法） sort() （Bio.Align.MultipleSeqAlignment 方法） sort() （Bio.Cluster.Tree 方法） sort() （Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue 方法） sort() （Bio.Sequencing.Ace.ACEFileRecord 方法） source() （Bio.Pathway.Network 方法） source_interactions() （Bio.Pathway.Network 方法） speciations() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） species() （Bio.Pathway.Network 方法） species() （Bio.Pathway.Reaction 方法） species() （Bio.Pathway.System 方法） split() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） split() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） split() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） split_akl() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue 方法） split_in_loci() （Bio.PopGen.GenePop.Record 方法） split_in_pops() （Bio.PopGen.GenePop.Record 方法） split_jaspar_id()（在 Bio.motifs.jaspar 模块中） split_virtual_offset()（在 Bio.bgzf 模块中） Sqlite_dbutils（BioSQL.DBUtils 中的类） ss_to_index()（在 Bio.PDB.DSSP 模块中） StandardData（Bio.Nexus.StandardData 中的类） start_codons（Bio.Data.CodonTable.CodonTable 属性） start_read() （Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord 方法） startDBRefElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startDescriptionElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startDocument() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startElement() （Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler 方法） startElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） startEntryElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startEntryFieldElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startEntryFieldElementVersion01() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startNamespaceDeclHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） startPropertyElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startRawElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） startSequenceElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startSeqXMLElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startSkipElementHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） startSpeciesElement() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.ContentHandler 方法） startswith() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） start（Bio.pairwise2.Alignment 属性） start（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 属性） start（Bio.SeqFeature.SimpleLocation 属性） State（Bio.Align.tabular 中的类） status_characters（Bio.Align.maf.AlignmentIterator 属性） std() （Bio.motifs.matrix.PositionSpecificScoringMatrix 方法） StepMatrix（Bio.Nexus.Nexus 中的类） stochiometry() （Bio.Pathway.System 方法） StockholmIterator（Bio.AlignIO.StockholmIO 中的类） StockholmWriter（Bio.AlignIO.StockholmIO 中的类） stop_codons（Bio.Data.CodonTable.CodonTable 属性） store() （Bio.Entrez.Parser.DictionaryElement 方法） store() （Bio.Entrez.Parser.ListElement 方法） store() （Bio.Entrez.Parser.OrderedListElement 方法） strand（Bio.SeqFeature.CompoundLocation 属性） strand（Bio.SeqFeature.SeqFeature 属性） strand（Bio.SeqFeature.SimpleLocation 属性） StreamModeError strict_consensus()（在 Bio.Phylo.Consensus 模块中） strictly_equals() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） strictly_equals() （Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper 方法） strictly_equals() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） strictly_equals() （Bio.PDB.Residue.Residue 方法） StringElement（Bio.Entrez.Parser 中的类） strings（Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler 属性） strip() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） structure_rebuild_test()（在 Bio.PDB.ic_rebuild 模块中） StructureAlignment（Bio.PDB.StructureAlignment 中的类） StructureBuilder（Bio.PDB.StructureBuilder 中的类） STRUCTURED_COMMENT_DELIM（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） STRUCTURED_COMMENT_DELIM（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 属性） STRUCTURED_COMMENT_END（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） STRUCTURED_COMMENT_END（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 属性） STRUCTURED_COMMENT_START（Bio.GenBank.Scanner.GenBankScanner 属性） STRUCTURED_COMMENT_START（Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 属性） StructureIO（Bio.PDB.PDBIO 中的类） Structure（Bio.PDB.Structure 中的类） STSLine（Bio.UniGene 中的类） substitutions（Bio.Align.Alignment 属性） substitutions（Bio.Align.MultipleSeqAlignment 属性） substrates（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction 属性） subtract_control() （Bio.phenotype.phen_micro.PlateRecord 方法） sum() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） sum_branchlength() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） SummaryInfo（Bio.Align.AlignInfo 中的类） Superimposer（Bio.PDB.Superimposer 中的类） SVDSuperimposer（Bio.SVDSuperimposer 中的类） SwissIterator（Bio.SeqIO.SwissIO 中的类） SwissProtParserError symbol() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） synonym() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） System（Bio.Pathway 中的类）

T

TabIterator（Bio.SeqIO.TabIO 中的类） TabWriter（Bio.SeqIO.TabIO 中的类） TARGET_GAP（Bio.Align.tabular.State 属性） target（Bio.Align.Alignment 属性） taxonomy() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Taxonomy（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类） taxonomy（Bio.Phylo.PhyloXML.Clade 属性） tell() （Bio.bgzf.BgzfReader 方法） tell() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） terminal_gap_to_missing() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） three_to_index()（在 Bio.PDB.Polypeptide 模块中） threshold_balanced() （Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution 方法） threshold_fnr() （Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution 方法） threshold_fpr() （Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution 方法） threshold_patser() （Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution 方法） Tm_GC()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模块中） Tm_NN()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模块中） Tm_Wallace()（在 Bio.SeqUtils.MeltingTemp 模块中） tname() （BioSQL.DBUtils.Generic_dbutils 方法） to_alignment() （Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 方法） to_dict() （Bio.motifs.jaspar.Record 方法） to_dict()（在 Bio.SearchIO 模块中） to_dict()（在 Bio.SeqIO 模块中） to_generic() （Bio.Blast.NCBIXML.MultipleAlignment 方法） to_hex() （Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor 方法） to_phylogeny() （Bio.Phylo.PhyloXML.Clade 方法） to_phyloxml_container() （Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 方法） to_rgb() （Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor 方法） to_seqfeature() （Bio.Phylo.PhyloXML.ProteinDomain 方法） to_seqrecord() （Bio.Phylo.PhyloXML.Sequence 方法） to_string() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） to_strings() （Bio.Phylo.NewickIO.Writer 方法） toClaRecord() （Bio.SCOP.Domain 方法） toDesRecord() （Bio.SCOP.Domain 方法） toDesRecord() （Bio.SCOP.Node 方法） toHieRecord() （Bio.SCOP.Node 方法） toMultipleSeqAlignment() （Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment 方法）

toSeq() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） total_branch_length() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） trace() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） trace() （Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin 方法） train() （Bio.HMM.Trainer.BaumWelchTrainer 方法） train() （Bio.HMM.Trainer.KnownStateTrainer 方法） TrainingSequence（Bio.HMM.Trainer 中的类） transcribe()（在 Bio.Seq 模块中） transform() （Bio.PDB.Atom.Atom 方法） transform() （Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom 方法） transform() （Bio.PDB.Entity.Entity 方法） transformation() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） transitions_from() （Bio.HMM.MarkovModel.HiddenMarkovModel 方法） transitions_to() （Bio.HMM.MarkovModel.HiddenMarkovModel 方法） translate() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） translate() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） translate() （Bio.SeqFeature.SeqFeature 方法） translate() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） translate()（在 Bio.Seq 模块中） TranslationError transpose() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） treecluster() （Bio.Cluster.Record 方法） treecluster()（在 Bio.Cluster 模块中） TreeConstructor（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的类） TreeElement（Bio.Phylo.BaseTree 中的类） TreeError TreeMixin（Bio.Phylo.BaseTree 中的类） TreeSearcher（Bio.Phylo.TreeConstruction 中的类） Tree（Bio.Cluster 中的类） Tree（Bio.Nexus.Trees 中的类） Tree（Bio.Phylo.BaseTree 中的类） Tree（Bio.Phylo.CDAO 中的类） Tree（Bio.Phylo.Newick 中的类） Tree（Bio.Phylo.NeXML 中的类） TwoBitIterator（Bio.SeqIO.TwoBitIO 中的类） type() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） types（Bio.Phylo.PhyloXML.Sequence 属性）

U

UncertainPosition（Bio.SeqFeature 中的类） UndefinedSequenceError unfold_entities()（在 Bio.PDB.Selection 模块中） ungap() （Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq 方法） UniprotIterator（Bio.SeqIO.UniprotIO 中的类） uniqueify()（在 Bio.PDB.Selection 模块中） UnknownPosition（Bio.SeqFeature 中的类） unlink() （Bio.Nexus.Nodes.Chain 方法） unroot() （Bio.Nexus.Trees.Tree 方法） update() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法）

update_dCoordSpace() （Bio.PDB.internal_coords.IC_Chain 方法） update_emissions() （Bio.HMM.Trainer.BaumWelchTrainer 方法） update_pdb() （Bio.PDB.PDBList.PDBList 方法） update_transitions() （Bio.HMM.Trainer.BaumWelchTrainer 方法） upgma() （Bio.Phylo.TreeConstruction.DistanceTreeConstructor 方法） upper() （Bio.Seq.SequenceDataAbstractBaseClass 方法） upper() （Bio.SeqRecord.SeqRecord 方法） uri() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser 方法） uri() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） Uri（Bio.Phylo.PhyloXML 中的类）

V

ValidationError value() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） values() （Bio.Align.substitution_matrices.Array 方法） values() （Bio.Phylo.PhyloXML.Events 方法） values() （BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase 方法） values() （BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer 方法）

value（Bio.Align.stockholm.AlignmentIterator 属性） value（Bio.Phylo.PhyloXML.Confidence 属性） vector_to_axis()（在 Bio.PDB.vectors 模块中） Vector（Bio.PDB.vectors 中的类） version()（在 Bio.PDB.DSSP 模块中） version（Bio.motifs.jaspar.Motif 属性） viterbi() （Bio.HMM.MarkovModel.HiddenMarkovModel 方法）

W

wa（Bio.Sequencing.Ace 中的类） weblogo() （Bio.motifs.Motif 方法） weighted_stepmatrix() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） weighting() （Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix 方法） WellRecord（Bio.phenotype.phen_micro 中的类） width() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） width（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 属性） WithinPosition（Bio.SeqFeature 中的类） write() （Bio.Align.interfaces.AlignmentWriter 方法） write() （Bio.bgzf.BgzfWriter 方法） write() （Bio.phenotype.phen_micro.JsonWriter 方法） write() （Bio.Phylo.NewickIO.Writer 方法） write() （Bio.Phylo.NeXMLIO.Writer 方法） write() （Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer 方法） write()（在 Bio.Align 模块中） write()（在 Bio.AlignIO 模块中） write()（在 Bio.Blast 模块中） write()（在 Bio.motifs 模块中） write()（在 Bio.motifs.clusterbuster 模块中） write()（在 Bio.motifs.jaspar 模块中） write()（在 Bio.motifs.pfm 模块中） write()（在 Bio.motifs.transfac 模块中） write()（在 Bio.phenotype 模块中） write()（在 Bio.Phylo.NewickIO 模块中） write()（在 Bio.Phylo.NeXMLIO 模块中） write()（在 Bio.Phylo.NexusIO 模块中） write()（在 Bio.Phylo.PhyloXMLIO 模块中） write()（在 Bio.SearchIO 模块中） write()（在 Bio.SeqIO 模块中） write_alignment() （Bio.Align.nexus.AlignmentWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.ClustalIO.ClustalWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.MafIO.MafWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.MauveIO.MauveWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.NexusIO.NexusWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.PhylipIO.RelaxedPhylipWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.PhylipIO.SequentialPhylipWriter 方法） write_alignment() （Bio.AlignIO.StockholmIO.StockholmWriter 方法） write_alignments() （Bio.Align.a2m.AlignmentWriter 方法） write_alignments() （Bio.Align.bigbed.AlignmentWriter 方法） write_alignments() （Bio.Align.interfaces.AlignmentWriter 方法） write_alignments() （Bio.Align.nexus.AlignmentWriter 方法） write_cla() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_cla_sql() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.baseml.Baseml 方法） write_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml 方法） write_ctl_file() （Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00 方法） write_des() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_des_sql() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_file() （Bio.Align.bigbed.AlignmentWriter 方法） write_file() （Bio.Align.bigmaf.AlignmentWriter 方法） write_file() （Bio.Align.bigpsl.AlignmentWriter 方法） write_file() （Bio.Align.interfaces.AlignmentWriter 方法） write_file() （Bio.Align.mauve.AlignmentWriter 方法） write_file() （Bio.Align.nexus.AlignmentWriter 方法） write_file() （Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentWriter 方法） write_file() （Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter 方法）

write_file() （Bio.AlignIO.NexusIO.NexusWriter 方法） write_file() （Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabWriter 方法） write_file() （Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlWriter 方法） write_file() （Bio.SearchIO.BlatIO.BlatPslWriter 方法） write_file() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitWriter 方法） write_file() （Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabWriter 方法） write_file() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter 方法） write_footer() （Bio.Align.exonerate.AlignmentWriter 方法） write_footer() （Bio.Align.interfaces.AlignmentWriter 方法） write_footer() （Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter 方法） write_footer() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlWriter 方法） write_header() （Bio.Align.clustal.AlignmentWriter 方法） write_header() （Bio.Align.exonerate.AlignmentWriter 方法） write_header() （Bio.Align.interfaces.AlignmentWriter 方法） write_header() （Bio.Align.maf.AlignmentWriter 方法） write_header() （Bio.Align.mauve.AlignmentWriter 方法） write_header() （Bio.Align.psl.AlignmentWriter 方法） write_header() （Bio.Align.sam.AlignmentWriter 方法） write_header() （Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter 方法） write_header() （Bio.AlignIO.MafIO.MafWriter 方法） write_header() （Bio.NMR.xpktools.Peaklist 方法） write_header() （Bio.SeqIO.NibIO.NibWriter 方法） write_header() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlWriter 方法） write_header() （Bio.SeqIO.SffIO.SffWriter 方法） write_hie() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_hie_sql() （Bio.SCOP.Scop 方法） write_multiple_alignments() （Bio.Align.interfaces.AlignmentWriter 方法） write_nexus_data() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） write_nexus_data_partitions() （Bio.Nexus.Nexus.Nexus 方法） write_PDB()（在 Bio.PDB.ic_rebuild 模块中） write_PIC()（在 Bio.PDB.PICIO 模块中） write_record() （Bio.SeqIO.FastaIO.FastaWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.NibIO.NibWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.PhdIO.PhdWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.PirIO.PirWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.QualityIO.FastqIlluminaWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.QualityIO.FastqPhredWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.QualityIO.FastqSolexaWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.QualityIO.QualPhredWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.SffIO.SffWriter 方法） write_record() （Bio.SeqIO.TabIO.TabWriter 方法） write_records() （Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter 方法） write_records() （Bio.SeqIO.NibIO.NibWriter 方法） write_records() （Bio.SeqIO.SeqXmlIO.SeqXmlWriter 方法） write_records() （Bio.SeqIO.SffIO.SffWriter 方法） write_records() （Bio.SeqIO.XdnaIO.XdnaWriter 方法） write_SCAD()（在 Bio.PDB.SCADIO 模块中） write_single_alignment() （Bio.Align.interfaces.AlignmentWriter 方法） writebyproteinrec()（在 Bio.UniProt.GOA 模块中） writerec()（在 Bio.UniProt.GOA 模块中） Writer（Bio.Phylo.NewickIO 中的类） Writer（Bio.Phylo.NeXMLIO 中的类） Writer（Bio.Phylo.PhyloXMLIO 中的类） writeToSQL() （Bio.SCOP.Astral 方法） wr（Bio.Sequencing.Ace 中的类）

X

XdnaIterator（Bio.SeqIO.XdnaIO 中的类） XdnaWriter（Bio.SeqIO.XdnaIO 中的类） xGC_skew()（在 Bio.SeqUtils 模块中）

xmlDeclHandler() （Bio.Entrez.Parser.DataHandler 方法） XMSScanner（Bio.motifs.xms 中的类） XpkEntry（Bio.NMR.xpktools 中的类） x（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 属性）

Y

Yn00Error

Yn00（Bio.Phylo.PAML.yn00 中的类） y（Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics 属性）