Bio. DBC. NASYS模块

NASYS程序的接口。

请参阅：http://wolf.bms.umist.ac.uk/naccess/原子溶剂可接触面积计算

二进制文件可能出现错误：默认值通常是由于accall.pars中的低默认设置引起的-例如max cubes错误：accall.pars中的更改并重新编译二进制文件

使用naccess -y、naccess -h或naccess -w包含HETATM记录

Bio.PDB.NACCESS.run_naccess(model, pdb_file, probe_size=None, z_slice=None, naccess='naccess', temp_path='/tmp/')

运行nAccess以获取MDB文件。

Bio.PDB.NACCESS.process_rsa_data(rsa_data)

处理.rsa输出文件：残留水平SASA数据。

Bio.PDB.NACCESS.process_asa_data(rsa_data)

处理.asa输出文件：原子级SASA数据。

class Bio.PDB.NACCESS.NACCESS(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

基类：AbstractResiduePropertyMap

定义剩余属性映射的NASYS类。

__init__(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

初始化课程。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 132

__static_attributes__ = ()

class Bio.PDB.NACCESS.NACCESS_atomic(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

基类：AbstractAtomPropertyMap

为原子属性映射定义NASYS原子类。

__init__(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

初始化课程。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 166

__static_attributes__ = ('naccess_atom_dict',)