Bio.SCOP包

子模块

模块内容

SCOP：蛋白质的结构分类。

SCOP数据库旨在将所有已知的蛋白质结构手动构建分类为层次结构，其主要水平是家族、超家族和折叠。

此模块中的Scop对象代表整个SCop分类。它可以从三个SCOP可解析文件构建，根据需要进行修改，然后转换回相同的文件格式。可以使用域的SCOP标识符（sid）从Scop获取单个SCOP域（由域类表示）。

  • nodeCodeDict --已知的2个字母节点代码和更长的节点代码之间的映射

    说明.已知的节点类型是“cl”（类）、“CF”（折叠）、“sf”（超家族）、“fa”（家族）、“dm”（域）、“spp”（物种）、“px”（域）。将来可能会添加其他节点类型。

该模块还提供通过万维网访问SCOP的代码。

功能：

  • 搜索 --访问主CGI脚本（已废弃，不再可用）..

  • _打开 --内部使用功能。

Bio.SCOP.cmp_sccs(sccs1, sccs2)

订购SCOP简洁分类字符串（sccs）。

a.4.5.1 <a.4.5.11 < b.1.1.1

sccs（例如a.4.5.11）紧凑型代表域的分类。字母代表类别，数字分别代表折叠、超级家族和家族。

Bio.SCOP.parse_domain(term)

将ASTRAL标头字符串转换为Scop域。

ASTRAL（http：//astral.stanford.edu/）标头包含SCOP域的简洁描述。当域对象转换为字符串时，使用非常相似的格式。 此方法返回的域包含大部分SCOP信息，但它不会位于SCOP层次结构中（即父节点将为无）。描述由SCOP蛋白和物种描述组成。

典型的ASTRA标题看起来像-- > d1ttt_1 a.46.2.1（1-70）胸苷磷酸化酶{大肠杆菌}

class Bio.SCOP.Scop(cla_handle=None, des_handle=None, hie_handle=None, dir_path=None, db_handle=None, version=None)

基类：object

整个SCOP层级。

根--层次结构的根节点

__init__(cla_handle=None, des_handle=None, hie_handle=None, dir_path=None, db_handle=None, version=None)

从SCOP可解析文件或SQL后台构建SCOP层次结构。

如果没有给出文件柄，则返回具有单个空根节点的Scop对象。

如果给出了目录和版本（带有dis_PATH=..，版本=.）或每个文件的文件柄，整个范围树将构建在内存中。

如果给出了MySQLDb数据库手柄，则将根据需要构建树，从而最大限度地减少构建时间。 要构建SQL数据库，请使用方法add_xxx_SQL来创建表。

getRoot()

获取根节点。

getDomainBySid(sid)

从其sid返回域。

getNodeBySunid(sunid)

从节点的sunid返回一个节点。

getDomains()

返回所有SCOP域的有序多元组。

write_hie(handle)

从此对象构建一个HIPSCOP可解析文件。

write_des(handle)

从此对象构建DES SCop可解析文件。

write_cla(handle)

从此对象构建一个CLA SCOP可解析文件。

getDomainFromSQL(sunid=None, sid=None)

使用sunid或sid从SQL后台加载节点。

getAscendentFromSQL(node, type)

使用SQL后台获取晋升者。

getDescendentsFromSQL(node, type)

使用数据库后台获取节点的后代。

这避免了SQL调用的重复迭代，因此比重复调用note.getChildren（）快得多。

write_hie_sql(handle)

将IE数据写入SQL数据库。

write_cla_sql(handle)

将CLA数据写入SQL数据库。

write_des_sql(handle)

将DES数据写入SQL数据库。

__firstlineno__ = 166
__static_attributes__ = ('_domains', '_sidDict', '_sunidDict', 'db_handle', 'root')
class Bio.SCOP.Node(scop=None)

基类：object

Scop层次结构中的一个节点。

属性：

  • sunid -- SCOP唯一标识符。例如“14986”

  • 父--父节点

  • 孩子--子节点列表

  • SCCs -- SCOP简洁分类字符串。例如“a.1.1.2”

  • 类型 --2个字母的节点类型代码。例如，“px”代表域

  • 描述--描述文本。

__init__(scop=None)

初始化scop层次结构中的一个节点。

如果向构造函数提供Scop实例，则将使用该实例来使用SQL方法查找相关引用。 如果没有提供实例，则假设整个树存在并且已连接。

__str__()

将节点表示为字符串。

toHieRecord()

返回Hie.Record。

toDesRecord()

返回Des.Record。

getChildren()

返回此节点的子级列表。

getParent()

返回此节点的父节点。

getDescendents(node_type)

返回给定类型的所有后代节点的列表。

节点类型可以是两个字母的代码或更长的描述，例如“fa”或“family”。

getAscendent(node_type)

返回给定类型的ancentor节点，或无。

节点类型可以是两个字母的代码或更长的描述，例如“fa”或“family”。

__firstlineno__ = 552
__static_attributes__ = ('children', 'description', 'parent', 'sccs', 'scop', 'sunid', 'type')
class Bio.SCOP.Domain(scop=None)

基类：Node

SCOP域名。Scop层次结构中的叶节点。

属性：

  • sid -SCOP域标识符。例如 "d5hbib_"

  • residues -一个Residue对象。它定义了构成此域的DBC原子的集合。

__init__(scop=None)

初始化SCOP域对象。

__str__()

将SCOP域表示为字符串。

toDesRecord()

返回Des.Record。

toClaRecord()

返回Cla.Record。

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 672
__static_attributes__ = ('residues', 'sid')
class Bio.SCOP.Astral(dir_path=None, version=None, scop=None, astral_file=None, db_handle=None)

基类：object

ASTRAL数据库的表示。

ASTRAL数据库的抽象，其中包含所有SCOP域的序列，以及按百分比id或evalue进行的集群。

__init__(dir_path=None, version=None, scop=None, astral_file=None, db_handle=None)

初始化恒星数据库。

您必须提供SCOP文件的目录：
  • dis_路径-字符串，scopseq-x.xx目录位置的路径

    (not目录本身），以及

  • 版本 - 版本号。

或者，FASTA文件：

  • astral_file -字符串，fasta文件的路径（将加载到内存中）

或者，MYSQL数据库：

  • DB_handle -MYSQL数据库的数据库handle，该数据库包含一个表“astral”，其中包含astral数据。可以使用writeToSQL创建。

domainsClusteredByEv(id)

通过评估获得域名聚集。

domainsClusteredById(id)

按百分比身份获取域聚集。

getAstralDomainsFromFile(filename=None, file_handle=None)

从包含sids列表的文件中获取scop域。

getAstralDomainsFromSQL(column)

从SQL数据库加载ASTRAL域。

从MYSQL数据库（可以使用writeToSQL（.）创建）的恒星表中的列加载一组恒星域。

getSeqBySid(domain)

从给定域的sid获取其seq记录。

getSeq(domain)

返回与域关联的seq。

hashedDomainsById(id)

通过指令中的序列身份对域进行聚集。

hashedDomainsByEv(id)

通过在命令中评估来聚集域。

isDomainInId(dom, id)

如果域在百分比ID的星光集群中，则返回true。

isDomainInEv(dom, id)

如果域位于评估的ASTRAL集群中，则返回true。

writeToSQL(db_handle)

将ASTRAL数据库写入MYSQL数据库。

__firstlineno__ = 731
__static_attributes__ = ('EvDatahash', 'EvDatasets', 'IdDatahash', 'IdDatasets', 'astral_file', 'db_handle', 'fasta_dict', 'path', 'scop', 'version')
Bio.SCOP.search(pdb=None, key=None, sid=None, disp=None, dir=None, loc=None, cgi='http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/legacy/search.cgi', **keywds)

访问SCOP搜索并返回结果的处理（DEPreCATED）。

访问search.cgi并返回结果的处理。 有关参数的解释，请参阅在线帮助文件：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/legacy/help.html

如果出现网络错误，则引发IOMessage。

该功能现已被禁止，并将在Biopython的未来版本中删除，因为该search.cgi API不再适用于现在托管在EBI上的SCOP。