Bio.SCOP.Raf模块

ASTRAL RAF（快速访问格式）序列图。

ASTRAL RAF序列图记录了DBC SEQRES记录（代表实验中使用的分子的序列）与ATOM记录（代表实验观察到的原子）之间的关系。

该数据源自蛋白质数据库的到岸价格文件。到岸价文件中的已知错误会手动更正，原始DBC文件在出现差异时充当最终仲裁者。

残基由残基ID引用。这包括DBC残基序列号（最多4位）和可选的DBC插入代码（一个字母字符，a-z，A-Z）。例如“1”、“10A”、“1010 b”、“-1”

请参阅“ASTRAL RAF序列图”：http://astral.stanford.edu/raf.html

字典 protein_letters_3to1_extended 提供从TSB文件中发现的3个字母的氨基酸代码到1个字母的代码的映射。3个字母的代码包括化学修饰的残基。

Bio.SCOP.Raf.normalize_letters(one_letter_code)

将英国皇家空军单字母氨基酸代码转换为IUPAC标准代码。

信件被升级，并且”。”（“未知”）转换为“X”。

class Bio.SCOP.Raf.SeqMapIndex(filename)

基类：dict

英国皇家空军文件索引。

RAF文件本身约为50 MB。该索引提供对RAF记录的快速、随机访问，而无需将整个文件加载到内存中。

索引密钥是DBC ID和链ID的级联。例如“2drcA”， "155c_" . RAF使用强调线来指示空白链ID。

__init__(filename)

初始化RAF文件索引。

论点：

• 文件名--要索引的文件

__getitem__(key)

从索引文件中返回项。

getSeqMap(residues)

获取残基集合的序列图。

论点：

• resides--Residues实例，或可转换为Residues实例的字符串。

__firstlineno__ = 44

__static_attributes__ = ('filename',)

class Bio.SCOP.Raf.SeqMap(line=None)

基类：object

ASTRAL RAF（快速访问格式）序列图。

这是一个类似于对象的列表;您可以使用index（）找到特定残基的位置，将SeqMap切成片段，然后使用extend（）将片段粘回一起。

属性：

• pdbid --PDB 4字符ID

• ð_datestamp --来自DBC文件

• 版本--英国皇家空军格式版本。例如0.01

• 旗帜--英国皇家空军旗帜。(See更多信息的发行说明。）

• res --Res对象列表，该序列图中的每个残基对应一个对象

__init__(line=None)

初始化课程。

index(resid, chainid='_')

返回给定resid和chainid的SeqMap索引。

__getitem__(index)

从SeqMap中提取单个Res对象。

append(res)

将另一个Res对象添加到剩余映射列表中。

extend(other)

将另一个SeqMap附加到自我的一端。

两个SeqMaps必须具有相同的DBC ID、DBC日期戳和RAF版本。 如果英国皇家空军标志不一致，则会删除它们。当片段从不同的链中取出时，可能会发生这种情况。

__iadd__(other)

代替SeqMap对象的添加。

__add__(other)

添加SeqMap对象。

getAtoms(pdb_handle, out_handle)

从PDB文件中提取所有相关的ATOM和HETATOM记录。

扫描DBC文件以寻找ATOM和HEATTOM记录。如果链ID、残基ID（seqRST和iCode）和残基类型与此序列图中的残基匹配，则该记录将回显到输出手柄。

这通常用于找到域或其他残基子集的坐标。

论点：

• pdb_handle --相关DBC文件的handle。

• out_handle --所有输出都像对象一样写入这个文件。

__firstlineno__ = 129

__static_attributes__ = ('flags', 'pdb_datestamp', 'pdbid', 'res', 'version')

class Bio.SCOP.Raf.Res

基类：object

来自英国皇家空军记录的单个残基映射。

属性：

• chainid --单个字符链ID。

• 渣油 --残留ID。

• 原子 --来自ATOM记录的氨基酸单字母代码。

• seqres --来自SEQRES记录的氨基酸单字母代码。

__init__()

初始化课程。

__firstlineno__ = 292

__static_attributes__ = ('atom', 'chainid', 'resid', 'seqres')

Bio.SCOP.Raf.parse(handle)

迭代RAF文件，为每一行提供SeqMap对象。

论点：

• handle --类似文件的对象。