Bio.Medline包

模块内容

与NCBI的Medline合作的代码。

职业：

• 记录 保存Medline数据的字典。

功能：

• 读 读取一条Medline记录

• 解析 允许您同步查看一堆Medline记录

class Bio.Medline.Record

基类：dict

保存Medline记录中信息的词典。

所有数据都存储在Medline文件中出现的助记符下。这些助记符有以下解释：

助记	描述
AB	摘要
CI	版权信息
AD	隶属关系
IRAD	研究者隶属关系
AID	文章标识符
AU	作者
FAU	全文作者
CN	企业作者
DCOM	完成日期
DA	创建日期
LR	最后修订日期
DEP	电子出版日期
DP	出版日期
EDAT	甘茨日期
GS	基因符号
GN	一般注释
GR	授权号
IR	研究者姓名
FIR	研究者全名
IS	ISSN
IP	问题
TA	期刊标题缩写
JT	期刊标题
LA	语言
LID	位置标识符
MID	手稿标识符
MHDA	MeSH日期
MH	MeSH术语
JID	NLM唯一ID
RF	数量的引用
OAB	其他抽象
OCI	其他版权信息
OID	其他ID
OT	其他术语
OTO	其他期限所有者
OWN	所有者
PG	分页
PS	个人姓名作为主题
FPS	主题的个人全名
PL	出版地
PHST	出版历史状态
PST	发布状态
PT	出版物类型
PUBM	出版模式
PMC	PubMed中心标识符
PMID	PubMed唯一标识符
RN	注册编号/EC编号
NM	物质名称
SI	次要来源ID
SO	源
SFM	航天飞行任务
STAT	地位
SB	子集
TI	标题
TT	翻译标题
VI	体积
CON	评论
CIN	评论
EIN	Eratum in
EFR	的Eratum for
CRI	更正并重新发布于
CRF	更正并重新发布自
PRIN	部分回缩
PROF	部分撤回
RPI	再出版于
RPF	重新发布自
RIN	退缩
ROF	缩回
UIN	中更新
UOF	更新
SPIN	患者总结
ORI	原始报告

__firstlineno__ = 20

__static_attributes__ = ()

Bio.Medline.parse(handle)

从手柄上逐一阅读Medline记录。

该手柄可以是Medline文件、类似文件的对象或描述一个或多个Medline记录的行列表。

典型用途：：

>>> from Bio import Medline
>>> with open("Medline/pubmed_result2.txt") as handle:
...     records = Medline.parse(handle)
...     for record in records:
...         print(record['TI'])
...
A high level interface to SCOP and ASTRAL ...
GenomeDiagram: a python package for the visualization of ...
Open source clustering software.
PDB file parser and structure class implemented in Python.

Bio.Medline.read(handle)

从手柄读取单个Medline记录。

该手柄可以是Medline文件、类似文件的对象或描述Medline记录的行列表。

典型用途：

>>> from Bio import Medline
>>> with open("Medline/pubmed_result1.txt") as handle:
...     record = Medline.read(handle)
...     print(record['TI'])
...
The Bio* toolkits--a brief overview.