Bio.KEGG.REST模块

提供访问REST风格KEGG在线API的代码。

该模块旨在使KEGG在线REST风格API更易于使用。请参阅：www.example.com

KEGG REST风格的API提供对一系列KEGG数据库的简单访问。这使用简单的URL（此模块将为您构建）工作，任何错误都通过HTTP错误级别指示。

其功能与Biopython的Bio.TogoWS和Bio. Zeroz模块有些相似。

目前KEGG没有提供任何使用指南（与NCBI不同，其要求相当明确）。为了避免服务超载的风险，Biopython每秒只允许三次呼叫。

参考文献：Kanehisa，M.和Goto，S.; KEGG：Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res.28，29-34（2000）.

Bio.KEGG.REST.kegg_info(database)

KEGG info -显示给定数据库的当前统计数据。

DB -数据库或生物体（字符串）

参数DB可以是KEGG数据库名称（例如“pathway”或其官方缩写“pathway”），或者KEGG生物体代码或T号（例如“hsa”或“T01001”代表人类）。

生物体代码及其T号的有效列表可通过kegg_info（“organism”）或https://rest.kegg.jp/list/organism获取

Bio.KEGG.REST.kegg_list(database, org=None)

KEGG列表-数据库的条目列表或指定的数据库条目。

DB -数据库或有机体（字符串）org -可选有机体（字符串），请参阅下文。

对于路径和模块数据库，可选微生物可用于限制结果。

Bio.KEGG.REST.kegg_find(database, query, option=None)

KEGG查找-数据搜索。

在给定数据库中查找具有匹配查询关键字或其他查询数据的条目。

DB -数据库或生物体（字符串）查询-搜索项（字符串）选项-搜索选项（字符串），请参阅下文。

对于化合物和药物数据库，将选项设置为字符串“formula”、“exact_mass”或“mol_weight”，以仅在该字段上搜索。无论给出的原子顺序如何，化学式搜索都是部分匹配。通过四舍五入到与查询数据相同的小数位来检查确切的质量（或分子量）。也可以用负（-）符号指定值范围。

Bio.KEGG.REST.kegg_get(dbentries, option=None)

KEGG get -数据检索。

dbentries -标识符（单个字符串或字符串列表），请参阅下文。选项-“aaseq”、“ntseq”、“mo”、“kCF”、“image”、“kgml”（字符串）之一

输入最多10个条目。输入仅限于一个具有图像或kgml选项的路径条目。输入仅限于具有图像选项的一个化合物/聚糖/药物条目。

返回手柄。

Bio.KEGG.REST.kegg_conv(target_db, source_db, option=None)

KEGG conv -将KEGG标识符转换为外部标识符/从外部标识符转换为外部标识符。

论点：

  • Target_DB -目标数据库

  • source_DB_or_dbentries -源数据库或数据库条目

  • 选项-可以是“turtle”或“n-triple”（字符串）。

KEGG链接-通过使用数据库交叉引用查找相关条目。

目标_DB -目标数据库source_DB_or_dbentries -源数据库选项-可以是“turtle”或“n-triple”（字符串）。