生物表型包

子模块

• Bio.表型.phen_微模块
  • PlateRecord
    • PlateRecord.__init__()
    • PlateRecord.__getitem__()
    • PlateRecord.__setitem__()
    • PlateRecord.__delitem__()
    • PlateRecord.__iter__()
    • PlateRecord.__contains__()
    • PlateRecord.__len__()
    • PlateRecord.__eq__()
    • PlateRecord.__add__()
    • PlateRecord.__sub__()
    • PlateRecord.get_row()
    • PlateRecord.get_column()
    • PlateRecord.subtract_control()
    • PlateRecord.__repr__()
    • PlateRecord.__str__()
    • PlateRecord.__firstlineno__
    • PlateRecord.__hash__
    • PlateRecord.__static_attributes__
  • WellRecord
    • WellRecord.__init__()
    • WellRecord.__setitem__()
    • WellRecord.__getitem__()
    • WellRecord.__iter__()
    • WellRecord.__eq__()
    • WellRecord.__add__()
    • WellRecord.__sub__()
    • WellRecord.__len__()
    • WellRecord.__repr__()
    • WellRecord.__str__()
    • WellRecord.get_raw()
    • WellRecord.get_times()
    • WellRecord.get_signals()
    • WellRecord.fit()
    • WellRecord.__firstlineno__
    • WellRecord.__hash__
    • WellRecord.__static_attributes__
  • JsonIterator()
  • CsvIterator()
  • JsonWriter
    • JsonWriter.__init__()
    • JsonWriter.__firstlineno__
    • JsonWriter.__static_attributes__
    • JsonWriter.write()
• Bio.phenotype.pm_试衣模块
  • logistic()
  • gompertz()
  • richards()
  • guess_lag()
  • guess_plateau()
  • fit()
  • get_area()

模块内容

表型数据输入/输出。

输入

主要功能是Bio.表型.parse（.）它接受输入文件并格式化字符串。 这返回一个迭代器，给出PlateRecord对象：

>>> from Bio import phenotype
>>> for record in phenotype.parse("phenotype/Plates.csv", "pm-csv"):
...     print("%s %i" % (record.id, len(record)))
...
PM01 96
PM09 96

请注意，parse（）函数将通过默认设置调用格式的相关解析器。 您可能想要更多控制，在这种情况下，您需要直接创建特定于格式的序列迭代器。

输入-单一记录

如果您希望您的文件包含一条且只有一条记录，那么我们提供以下“helper”函数，该函数将返回单个PlateRecord，或者如果没有记录或有多个记录，则引发异常：

>>> from Bio import phenotype
>>> record = phenotype.read("phenotype/Plate.json", "pm-json")
>>> print("%s %i" % (record.id, len(record)))
PM01 96

当您只期望单个记录（并且会将多个记录视为错误）时，这种风格很有用。 例如，处理opm库保存的PM杨森文件时。

然而，如果您只是想要包含多个记录的文件中的第一个记录，请在迭代器上使用Next（）函数：

>>> from Bio import phenotype
>>> record = next(phenotype.parse("phenotype/Plates.csv", "pm-csv"))
>>> print("%s %i" % (record.id, len(record)))
PM01 96

只要文件至少包含一条记录，上述代码就可以工作。请注意，如果有多个记录，其余记录将被悄然忽略。

输出

使用函数Bio.表型. writing（.），它采用一组完整的PlateRecord对象（作为列表或迭代器）、输出文件柄（或者在Biopython的最新版本中，输出文件名作为字符串），当然还有文件格式：：

from Bio import phenotype
records = ...
phenotype.write(records, "example.json", "pm-json")

或者，使用句柄：

from Bio import phenotype
records = ...
with open("example.json", "w") as handle:
   phenotype.write(records, handle, "pm-json")

您需要调用此函数一次（包含您的所有记录），如果使用手柄，请确保关闭它以将数据刷新到硬盘。

文件格式

指定文件格式时，请使用MIDI字符串。

• pm-json -Jackson格式的表现型微阵列板。

• pm-CSV -CSV格式的表型微阵列板，这是

  机器供应商格式

请注意，虽然Bio. externative可以读取上述文件格式，但它只能以杨森格式写入。

Bio.phenotype.write(plates, handle, format)

将完整的PlateRecords集写入文件。

• 板 - PlateRecord对象的列表（或迭代器）。

• 手柄 - 要写入的文件处理对象，或字符串形式的文件名

  (note Biopython的旧版本只采用了手柄）。

• 格式 - 描述要写入的文件格式的大写字符串。

调用此函数后您应该关闭手柄。

返回写入的记录数（作为一个整数）。

Bio.phenotype.parse(handle, format)

将表型文件转换为返回PlateRecords的迭代器。

• 手柄 - 文件的句柄，或字符串形式的文件名

  (note Biopython的旧版本只采用了手柄）。

• 格式 - 描述文件格式的大写字符串。

典型用法，打开一个要读入的文件，并循环遍历记录：

>>> from Bio import phenotype
>>> filename = "phenotype/Plates.csv"
>>> for record in phenotype.parse(filename, "pm-csv"):
...    print("ID %s" % record.id)
...    print("Number of wells %i" % len(record))
...
ID PM01
Number of wells 96
ID PM09
Number of wells 96

使用Bio.phenotype.read（.）当您只需要单个记录时，函数。

Bio.phenotype.read(handle, format)

将表型文件转换为单个PlateRecord。

• 手柄 - 文件的句柄，或字符串形式的文件名

  (note Biopython的旧版本只采用了手柄）。

• 格式 - 描述文件格式的字符串。

此函数用于解析只包含一条记录的表型文件。 例如，读取PM JSON文件：

>>> from Bio import phenotype
>>> record = phenotype.read("phenotype/Plate.json", "pm-json")
>>> print("ID %s" % record.id)
ID PM01
>>> print("Number of wells %i" % len(record))
Number of wells 96

如果手柄不包含记录或包含多个记录，则会引发异常。 例如：：

from Bio import phenotype
record = phenotype.read("plates.csv", "pm-csv")
Traceback (most recent call last):
...
ValueError: More than one record found in handle

然而，如果你想要一个包含多条记录的文件中的第一条记录，这个函数将引发一个异常（如上面的例子所示）。 相反用途：

>>> from Bio import phenotype
>>> record = next(phenotype.parse("phenotype/Plates.csv", "pm-csv"))
>>> print("First record's ID %s" % record.id)
First record's ID PM01

如果您想从该手柄读取多个记录，请使用Bio. photype.parse（handle，form）函数。