Bio.phenotype.pm_试衣模块

表型数据的生长曲线拟合和参数提取。

该模块提供函数来执行sigmoid函数拟合表型微阵列数据。此模块依赖于scipy curve_fit函数。如果不可用，则会发出警告。

功能：后勤逻辑增长模型。Gompertz 贡佩茨增长模式。理查兹理查兹增长模型。猜测_高原猜测平台点以改善S形吻合。猜测_滞后猜测滞后点以改善Sigmoid匹配。配合 Sigmoid功能适合。获取_区域计算PM曲线下面积。

Bio.phenotype.pm_fitting.logistic(x, A, u, d, v, y0)

逻辑增长模型。

Zwietering等人提出，1990年（PMID：16348228）

Bio.phenotype.pm_fitting.gompertz(x, A, u, d, v, y0)

贡佩茨增长模式。

Zwietering等人提出，1990年（PMID：16348228）

Bio.phenotype.pm_fitting.richards(x, A, u, d, v, y0)

理查兹增长模型（相当于斯坦纳德）。

Zwietering等人提出，1990年（PMID：16348228）

Bio.phenotype.pm_fitting.guess_lag(x, y)

给定两个轴返回滞后点的猜测。

滞后点定义为x点，其中y与下一点的差高于点之间的平均差加上一个标准差。如果没有找到这样的点或者x和y的长度不同，则函数返回零。

Bio.phenotype.pm_fitting.guess_plateau(x, y)

给定两个轴返回对平台点的猜测。

平台点定义为x点，其中y点接近y点与最大y值之间的差的一个标准差。如果没有找到这样的点或者x和y的长度不同，则函数返回零。

Bio.phenotype.pm_fitting.fit(function, x, y)

将提供的函数与x和y值匹配。

函数参数和参数协方差。