生物。文件模块

用于更花哨的文件手柄的代码。

Bio.File定义了Bio.SeqIO和Bio.SearchIO中用于索引文件的私有类。这些不打算直接使用。

Bio.File.as_handle(handleish, mode='r', **kwargs)

上下文管理器，以确保我们正在使用手柄。

上下文管理器，用于可传递给SeqIO和AlignIO读、写和解析方法的参数：文件对象或类似路径的对象（字符串、pathlib.Path实例，或者更一般地说，任何可以由内置的“打开”函数处理的东西）。

当给定一个类似路径的对象时，会以提供的模式返回该路径的打开文件柄，该柄将在管理器退出时关闭。

所有其他输入都将返回， not 关门了

论点：

• 文件句柄或类似路径的对象（任何可以

  传递给内置的“Open”函数，例如url、bytes、pathlib.Path和os.Direntry对象）

• 模式 - 打开Deliverish的模式（仅在Deliverish是字符串时使用）

• kwargs - 进一步的论点要传递给打开（.）

示例

>>> from Bio import File
>>> import os
>>> with File.as_handle('seqs.fasta', 'w') as fp:
...     fp.write('>test\nACGT')
...
10
>>> fp.closed
True

>>> handle = open('seqs.fasta', 'w')
>>> with File.as_handle(handle) as fp:
...     fp.write('>test\nACGT')
...
10
>>> fp.closed
False
>>> fp.close()
>>> os.remove("seqs.fasta")  # tidy up