Bio.Pathway包
子包
模块内容
BioPython Pathway模块。
Bio.Pathway是一个轻量级类库，旨在支持以下任务：
途径数据库和分析软件之间的数据交换和预处理。
路径分析算法的快速原型
Bio.Pathway模型中的基本对象是相互作用，它代表任意数量的生化物种之间的任意相互作用。
网络对象用于表示路径和反应网络中物种之间的连接性。
对于不需要显式表示网络连接性的应用程序，应使用专门的类Reaction和System来代替Interacton和Network。
Bio.Pathway类，尤其是Interaction，旨在设计得非常灵活。它们的预期用途是作为数据库特定记录（例如BIND对象）的包装器。该模块中的附加值是一个框架，用于以支持图形理论和数值分析的方式表示反应集合。
- 注意：此模块应仅视为原型。API可能会发生变化。
最欢迎评论和功能请求。
- class Bio.Pathway.Reaction(reactants=None, catalysts=(), reversible=0, data=None)
基类：
object生物化学转化的抽象。
此类代表以下类型的（潜在可逆的）生化转化：
a S1 + b S2 + ... --> c P1 + d P2 + ...
- where:
a、b、c、d.是正值的数字统计系数，
S1、S2、.作为底物的情况
P1、P2、.是产品
反应应被视为一个或多个单独反应步骤的净结果，其中每个步骤都可能由不同的催化剂促进。未来的某个时候将添加对“反应代数”的支持。
- 属性：
反应物 --相关物种对其化学计量系数的描述：反应物 [S] = S的化学计量常数
催化剂 --该反应所需的催化剂二元组列表/多元组
可逆--真iff反应是可逆的
数据 --引用任意附加数据
- 不变量：
对于反应物中的所有S：反应物 [S] != 0
对于催化剂中的所有C：催化剂 [C] != 0
- __init__(reactants=None, catalysts=(), reversible=0, data=None)
初始化新的反应对象。
- __eq__(r)
当self等于r时返回真。
- __hash__()
为自己返回哈希码。
- __repr__()
返回self的调试字符串表示。
- __str__()
返回自我的字符串表示。
- reverse()
返回一个与自我相反的新反应。
- species()
返回所有参与自我的物种的列表。
- __firstlineno__ = 41
- __static_attributes__ = ('catalysts', 'data', 'reactants', 'reversible')
- class Bio.Pathway.System(reactions=())
基类：
object反应集合的抽象。
这个类在Bio.Pathway框架中用于表示没有显式定义链接的任意反应集合。
- 属性：
没有一
- __init__(reactions=())
初始化新的系统对象。
- __repr__()
返回self的调试字符串表示。
- __str__()
返回自我的字符串表示。
- add_reaction(reaction)
添加对自我的反应。
- remove_reaction(reaction)
消除自我的反应。
- reactions()
返回此系统中反应的列表。
注意顺序是任意的！
- species()
返回此系统中物种的列表。
- stochiometry()
计算自身的化学计量矩阵。
- 返回（物种，反应，stoch）其中：
物种 =该系统中物种的有序列表
反应=该系统中反应的有序列表
Stoch = 2D阵列，其中stoch [i] [j] 是第i反应中第j物种的系数，如上述物种和反应所定义
- __firstlineno__ = 151
- __static_attributes__ = ('__reactions',)
- class Bio.Pathway.Interaction
基类：
object任何数量的物种之间的任意相互作用。
此类定义仅旨在作为一个最小的包装器接口，应该通过更具体的抽象来实现和扩展。
- 属性：
数据 --参考任意附加数据
- __hash__()
为自己返回哈希码。
- __repr__()
返回self的调试字符串表示。
- __str__()
返回自我的字符串表示。
- __firstlineno__ = 229
- __static_attributes__ = ('data',)
- class Bio.Pathway.Network(species=())
基类：
object一组通过相互作用明确联系的物种。
该网络是一个带有标记边的有向多重图。图中的节点是所涉及的生化物种。边代表两个物种之间的相互作用，边标签是对关联交互对象的引用。
- 属性：
没有一
- __init__(species=())
初始化新的网络对象。
- __repr__()
返回此网络的调试字符串表示形式。
- __str__()
返回此网络的字符串表示形式。
- add_species(species)
将物种添加到这个网络中。
- add_interaction(source, sink, interaction)
向此网络添加交互。
- source(species)
返回物种独特来源列表。
- source_interactions(species)
返回物种的（源，相互作用）对列表。
- sink(species)
返回物种独特汇列表。
- sink_interactions(species)
返回物种的（汇、相互作用）对列表。
- species()
返回此网络中的物种列表。
- __firstlineno__ = 256
- __static_attributes__ = ('__graph',)
- interactions()
返回此网络中唯一交互的列表。