Bio. DBC. vector模块

Vector类，包括与旋转相关的功能。

Bio.PDB.vectors.m2rotaxis(m)

返回角，对应于旋转矩阵m的轴对。

的情况 m 单位矩阵对应于任何旋转轴都有效的奇异性。在这种情况下， Vector([1, 0, 0]) ，已返回。

Bio.PDB.vectors.vector_to_axis(line, point)

向轴法。

返回一点和直线上最近的点之间的载体（即线上点的垂直投影）。

参数:

line (L{Vector}) -- 定义直线的载体
point (L{Vector}) -- 定义点的载体

Bio.PDB.vectors.rotaxis2m(theta, vector)

计算左乘旋转矩阵。

计算围绕载体旋转theta rad的左乘旋转矩阵。

参数:

theta (float) -- 旋转角
vector (L{Vector}) -- 旋转轴线

返回:

旋转矩阵，一个3x 3 NumPy数组。

示例

>>> from numpy import pi
>>> from Bio.PDB.vectors import rotaxis2m
>>> from Bio.PDB.vectors import Vector
>>> m = rotaxis2m(pi, Vector(1, 0, 0))
>>> Vector(1, 2, 3).left_multiply(m)
<Vector 1.00, -2.00, -3.00>

Bio.PDB.vectors.rotaxis(theta, vector)

计算左乘旋转矩阵。

计算围绕载体旋转theta rad的左乘旋转矩阵。

参数:

theta (float) -- 旋转角
vector (L{Vector}) -- 旋转轴线

返回:

旋转矩阵，一个3x 3 NumPy数组。

示例

>>> from numpy import pi
>>> from Bio.PDB.vectors import rotaxis2m
>>> from Bio.PDB.vectors import Vector
>>> m = rotaxis2m(pi, Vector(1, 0, 0))
>>> Vector(1, 2, 3).left_multiply(m)
<Vector 1.00, -2.00, -3.00>

Bio.PDB.vectors.refmat(p, q)

返回将p映射到q的（左乘）矩阵。

返回:: 镜像操作，3x 3 NumPy数组。

示例

>>> from Bio.PDB.vectors import refmat
>>> p, q = Vector(1, 2, 3), Vector(2, 3, 5)
>>> mirror = refmat(p, q)
>>> qq = p.left_multiply(mirror)
>>> print(q)
<Vector 2.00, 3.00, 5.00>
>>> print(qq)
<Vector 1.21, 1.82, 3.03>

Bio.PDB.vectors.rotmat(p, q)

返回将p旋转到q上的（左乘）矩阵。

参数:

p (L{Vector}) -- 移动矢量
q (L{Vector}) -- 固定载体

返回:

将p旋转到q上的旋转矩阵

返回类型:

3x3 NumPy array

示例

>>> from Bio.PDB.vectors import rotmat
>>> p, q = Vector(1, 2, 3), Vector(2, 3, 5)
>>> r = rotmat(p, q)
>>> print(q)
<Vector 2.00, 3.00, 5.00>
>>> print(p)
<Vector 1.00, 2.00, 3.00>
>>> p.left_multiply(r)
<Vector 1.21, 1.82, 3.03>

Bio.PDB.vectors.calc_angle(v1, v2, v3)

计算角度方法。

计算代表3个连接点的3个载体之间的角度。

参数:: v3 (v1, v2,) -- 定义角度的树点
返回:: 角度
返回类型:: float

Bio.PDB.vectors.calc_dihedral(v1, v2, v3, v4)

计算二面角法。

计算代表4个连接点的4个载体之间的二面角。角度为]-pi，pi]。

参数:: v4 (v1, v2, v3,) -- 定义二面角的四个点

class Bio.PDB.vectors.Vector(x, y=None, z=None)

基类：object

3D载体。

__init__(x, y=None, z=None): 初始化课程。

__repr__(): 返回3D坐标。

__neg__(): 返回载体（-x，-y，-z）。

__add__(other): 返回Vector+其他Vector或Scalable。

__sub__(other): 返回Vector-其他Vector或Scalable。

__mul__(other): 返回Vector。Vector（点积）。

__truediv__(x): 返回载体（坐标/a）。

__pow__(other): 返回VectorxVector（叉积）或Vectorxscalar。

__getitem__(i): 返回数组索引i的值。

__setitem__(i, value): 为数组索引i分配值。

__contains__(i): 如果i在数组中，则验证。

norm(): 返回载体规范。

normsq(): 返回向范的平方。

normalize()

规范化Vector对象。

更改的状态 self 并且不返回值。如果需要链接函数调用或创建新对象，请使用 normalized 法

normalized()

返回Vector的规范化副本。

要避免分配新对象，请使用 normalize 法

angle(other): 两个方向之间的返回角。

get_array(): 返回坐标数组（的副本）。

left_multiply(matrix): 返回方向=矩阵x方向。

right_multiply(matrix): 返回方向=方向x矩阵。

copy(): 返回Vector的深度副本。

__firstlineno__ = 253

__static_attributes__ = ('_ar',)

Bio.PDB.vectors.homog_rot_mtx(angle_rads: float, axis: str) → ndarray

生成4x 4单轴NumPy旋转矩阵。

参数:

angle_rads (float) -- 所需的旋转角度（以弧度为单位）
axis (char) -- 指定旋转轴的字符

Bio.PDB.vectors.set_Z_homog_rot_mtx(angle_rads: float, mtx: ndarray): 将现有的Z旋转矩阵更新为新角度。

Bio.PDB.vectors.set_Y_homog_rot_mtx(angle_rads: float, mtx: ndarray): 将现有的Y旋转矩阵更新为新角度。

Bio.PDB.vectors.set_X_homog_rot_mtx(angle_rads: float, mtx: ndarray): 将现有的X旋转矩阵更新为新角度。

Bio.PDB.vectors.homog_trans_mtx(x: float, y: float, z: float) → ndarray

生成4x 4 NumPy翻译矩阵。

参数:: z (x, y,) -- 各轴平移

Bio.PDB.vectors.set_homog_trans_mtx(x: float, y: float, z: float, mtx: ndarray): 将现有翻译矩阵更新为新值。

Bio.PDB.vectors.homog_scale_mtx(scale: float) → ndarray

生成4x 4 NumPy缩放矩阵。

参数:: scale (float) -- 缩放倍增器

Bio.PDB.vectors.get_spherical_coordinates(xyz: ndarray) → tuple[float, float, float]

计算X、Y、Z点的球坐标（r、方位角、极角）。

参数:: xyz (array) -- 列载体（3行x 1列NumPy数组）
返回:: 输入坐标的r、方位角、极角的多元组

Bio.PDB.vectors.coord_space(a0: ndarray, a1: ndarray, a2: ndarray, rev: bool = False) → tuple[ndarray, ndarray | None]

生成变换矩阵以协调由3个点定义的空间。

新的坐标空间将具有：: ACS [0] 在XZ飞机acs上 [1] 起源acs [2] 在+Z轴上

参数:

acs (NumPy column array x3) -- X、Y、Z列输入坐标x3
rev (bool) -- 如果为True，也返回逆变换矩阵（从coord_Space返回）

返回:

4x 4 NumPy数组，如果rev=True，则为x2

Bio.PDB.vectors.multi_rot_Z(angle_rads: ndarray) → ndarray

创建 [entries] NumPy Z旋转矩阵 [entries] 的角度

参数:

entries -- int生成的矩阵数量。
angle_rads -- NumPy角度阵列

返回:

条目x 4 x 4齐次旋转矩阵

Bio.PDB.vectors.multi_rot_Y(angle_rads: ndarray) → ndarray

创建 [entries] NumPy Y旋转矩阵 [entries] 的角度

参数:

entries -- int生成的矩阵数量。
angle_rads -- NumPy角度阵列

返回:

条目x 4 x 4齐次旋转矩阵

Bio.PDB.vectors.multi_coord_space(a3: ndarray, dLen: int, rev: bool = False) → ndarray

生成 [dLen] 将矩阵变换到由3个点定义的坐标空间。

新的坐标空间将具有：: ACS [0] 在XZ飞机acs上 [1] 起源acs [2] 在+Z轴上

：param NumPy数组 [entries] x3x3 [entries] 3个原子的XYZ坐标：param bool rev：如果为True，也返回反向变换矩阵（从coord_Space返回）：返回： [entries] 4x 4 NumPy数组，如果rev=True，则为x2