Bio. DBC.qcprot模块

使用四元数特征多项式（QCP）进行结构比对。

QCPSuperimposer找到最佳旋转和平移来将两个点集放在彼此之上（最小化RMSD）。这是eg。有助于镶嵌晶体结构。QCP代表四元数特征Polynomial，用于算法中。

算法和原始代码描述于：

西奥博尔德·DL。使用基于四元数的特征方程快速计算RMSG。Acta Crystallogr A. 2005年7月;61（第4页）：478-80。doi：10.1107/S0108767305015266。Epub 2005 6月23日。PMID：15973002。

Bio.PDB.qcprot.qcp(coords1, coords2, natoms)

用Python实现QCP代码。

输入坐标数组必须以原点为中心，并且形状为NX 3。

变量名尽可能与C实现匹配。

class Bio.PDB.qcprot.QCPSuperimposer

基类：object

四元数特征多项（QCP）叠加器。

QCPSuperimposer找到最佳旋转和平移来将两个点集放在彼此之上（最小化RMSD）。这是eg。用于叠加蛋白质的3D结构。

QCP代表四元数特征Polynomial，用于算法中。

参考：

Douglas L Theobald（2005），“使用基于四元数的特征方程快速计算RMSG。”，Acta Crystallogr A 61（4）：478-480

__init__()

初始化课程。

set_atoms(fixed, moving)

准备两个原子列表之间的对齐。

将原子固定放置（平移/旋转）在移动的原子上，以使RMSD最小化。

参数:

• fixed -- （固定）原子列表

• moving -- （移动）原子列表

apply(atom_list)

将QCP旋转矩阵/平移载体应用于一组原子。

set(reference_coords, coords)

设置要叠加的坐标。

coords将放在reference_coords的顶部。

• reference_coords：NxDIM数组

• 坐标：NxDIM阵列

DIM是点的维度，N是要叠加的点的数量。

run()

叠加坐标集。

get_transformed()

获取转换后的坐标集。

get_rotran()

返回右乘旋转矩阵和平移载体。

get_init_rms()

返回未转换坐标的均方偏差。

get_rms()

叠加坐标的平方根偏差。

__firstlineno__ = 224

__static_attributes__ = ('_natoms', 'coords', 'init_rms', 'reference_coords', 'rms', 'rot', 'rotran', 'tran', 'transformed_coords')