Bio.UniProt包

子模块

• Bio.UniProt.GOA模块
  • gpi_iterator()
  • gpa_iterator()
  • gafbyproteiniterator()
  • gafiterator()
  • writerec()
  • writebyproteinrec()
  • record_has()

模块内容

用于处理各种UniProt文件格式并与UniProt数据库交互的代码。

这目前包括UniProt-GOA的GAF、GMA和GPI格式的解析器，作为模块Bio. UniProt. GOA。

另请参阅Bio.SwissProt和Bio.SeqIO中的“swiss”支持，以了解UniProt中仍然使用的传统纯文本序列格式。

另请参阅Bio.SeqIO.SwissIO以了解Bio. SeqIO中的“uniprot-html”支持。

Bio.UniProt.search(query: str, fields: list[str] | None = None, batch_size: int = 500) → _UniProtSearchResults

搜索UniProt数据库。

考虑使用 query syntax 和 query fields 以完善您的搜索。

查看API详细信息 here .

>>> from Bio import UniProt
>>> from itertools import islice
>>> # Get the first 10 results
>>> results = UniProt.search("(organism_id:2697049) AND (reviewed:true)")[:10]

参数:

• query (str) -- 用于搜索UniProt的查询字符串

• fields (List[str], optional) -- 结果中要检索的列默认为所有字段

• batch_size (int) -- 每个批次中要检索的结果数，默认为500

返回:

搜索结果的迭代器

返回类型:

_UniProtSearchResults