Bio.motifs.xms模块

解析XMS主题文件。

class Bio.motifs.xms.XMSScanner(doc)

基类：object

用于扫描XMS ML文件的类。

__init__(doc)

从xms文档（一个类似于ML的主题pfm文件）生成主题记录。

handle_motif(node)

从节点读取主题的名称和列并添加主题记录。

get_property_value(node, key_name)

从node中提取motif名为key_name的属性值。

get_acgt(node)

获取并返回主题的权重A、C、G、T。

get_text(nodelist)

返回节点列表上列出的主题属性的字符串表示。

__firstlineno__ = 16

__static_attributes__ = ('record',)

class Bio.motifs.xms.Record(iterable=(), /)

基类：list

类将信息存储在XMS矩阵表中。

该记录继承自包含各个主题的列表。

__str__()

返回Record对象中图案的字符串表示形式。

__firstlineno__ = 86

__static_attributes__ = ()

Bio.motifs.xms.read(handle)

从文件手柄中读取XMS矩阵格式的主题。

XMS是一种用于描述监管主题和PSSM的可扩展扩展格式。此格式由Thomas Down定义，并用于NestedMICA和MotifExplorer程序。