Bio.SCOP. Class模块

处理描述SCOP域的SCOP CLAsification文件。

该文件格式在scop的发行说明中进行了描述。“:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/release-notes.html最新的CLA文件可以在SCOP的其他地方找到”。”:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/

“版本1.73”:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.73(2008年7月)

class Bio.SCOP.Cla.Record(line=None)

基类:object

保存一个SCOP域的信息。

属性:
  • sid - SCOP标识符。例如d1 danl 2

  • residues -作为Residues对象的域定义

  • sccs - SCOP简洁的分类字符串。 例如b.1.2.1

  • unid-此域的SCOP唯一标识符

  • 层次结构-一个字典,键是nodetype,值是sunt,描述此域在SCOP层次结构中的位置。有关节点类型的描述,请参阅Scop模块。这曾经是Biopython旧版本中的(键、值)二元组列表(请参阅Bug 3109)。

__init__(line=None)

初始化课程。

__str__()

将SCOP分类记录表示为制表符分隔的字符串。

__firstlineno__ = 23
__static_attributes__ = ('hierarchy', 'residues', 'sccs', 'sid', 'sunid')
Bio.SCOP.Cla.parse(handle)

迭代CLA文件,因为Cla记录每一行。

论点:
  • handle -类似文件的对象。

class Bio.SCOP.Cla.Index(filename)

基类:dict

由SCOP标识符索引的CLA文件,用于快速随机访问。

__init__(filename)

创建CLA指数。

论点:
  • 文件名-要索引的文件

__getitem__(key)

从索引文件中返回项。

__firstlineno__ = 94
__static_attributes__ = ('filename',)