Bio.SCOP. Class模块
处理描述SCOP域的SCOP CLAsification文件。
该文件格式在scop的发行说明中进行了描述。“:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/release-notes.html最新的CLA文件可以在SCOP的其他地方找到”。”:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/
“版本1.73”:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.73(2008年7月)
- class Bio.SCOP.Cla.Record(line=None)
基类:
object
保存一个SCOP域的信息。
- 属性:
sid - SCOP标识符。例如d1 danl 2
residues -作为Residues对象的域定义
sccs - SCOP简洁的分类字符串。 例如b.1.2.1
unid-此域的SCOP唯一标识符
层次结构-一个字典,键是nodetype,值是sunt,描述此域在SCOP层次结构中的位置。有关节点类型的描述,请参阅Scop模块。这曾经是Biopython旧版本中的(键、值)二元组列表(请参阅Bug 3109)。
- __init__(line=None)
初始化课程。
- __str__()
将SCOP分类记录表示为制表符分隔的字符串。
- __firstlineno__ = 23
- __static_attributes__ = ('hierarchy', 'residues', 'sccs', 'sid', 'sunid')
- Bio.SCOP.Cla.parse(handle)
迭代CLA文件,因为Cla记录每一行。
- 论点:
handle -类似文件的对象。