Bio. DBC.模型模块

模型类,用于结构对象。

class Bio.PDB.Model.Model(id, serial_num=None)

基类:Entity[Structure, Chain]

表示结构中模型的对象。

在从X射线晶体学实验得到的结构中,只有一个模型存在(有一些例外)。NMR结构通常包含许多不同的模型。

__init__(id, serial_num=None)

初始化。

论点:
  • id - int

  • Serial_num - int

__repr__()

返回型号标识符。

get_chains()

退货链。

get_residues()

返回残留物。

get_atoms()

返回原子。

atom_to_internal_coordinates(verbose: bool = False) None

从Atom X、Y、Z坐标创建/更新内部坐标。

内部坐标是键长、角和二面角。

参数:

bool (verbose) -- 默认为假描述运行时问题

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 18
__orig_bases__ = (Bio.PDB.Entity.Entity[ForwardRef('Structure'), ForwardRef('Chain')],)
__parameters__ = ()
__static_attributes__ = ('level', 'serial_num')
internal_to_atom_coordinates(verbose: bool = False) None

从内部坐标创建/更新原子坐标。

参数:

bool (verbose) -- 默认为假描述运行时问题

抛出:

Exception -- 如果任何链没有.pic属性