Bio. DBC.MMCIFParser模块

mmCIP解析器。

class Bio.PDB.MMCIFParser.MMCIFParser(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

基类：object

解析mminf文件并返回结构对象。

__init__(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

创建一个PDBParser对象。

mminf解析器在聚合的StructureBuilder对象中调用许多标准方法。通常，该对象由MMCIParser对象本身实例化，但如果用户提供他/她自己的StructureBuilder对象，则会使用后者。

论点：

structure_builder -可选的用户实现的StructureBuilder类。
auth_chains -默认情况下为真。如果为真，请使用作者链ID。如果为假，请使用重新分配的mminf链ID。
auth_resides-默认情况下为真。如果为真，请使用作者剩余编号。如果为假，请使用mminf“标签”残基编号，该编号没有插入代码，并严格增加残基编号。注：水等非聚合物没有“标签”残留物编号，将被跳过。
QUIET -评估为布尔值。如果为真，则在构建SMURA数据时发出的警告将被抑制。如果为假（默认），则将显示它们。这些警告可能表明mminf文件中存在问题！

get_structure(structure_id, filename)

返回结构。

论点：

__static_attributes__ = ('QUIET', '_mmcif_dict', '_structure_builder', 'auth_chains', 'auth_residues', 'build_structure', 'header', 'line_counter')

class Bio.PDB.MMCIFParser.FastMMCIFParser(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

基类：object

解析MMCIF文件并返回结构对象。

__init__(structure_builder=None, auth_chains=True, auth_residues=True, QUIET=False)

创建FastMMCIFParser对象。

mminf解析器在聚合的StructureBuilder对象中调用许多标准方法。通常，该对象由解析器对象本身实例化，但如果用户提供他/她自己的StructureBuilder对象，则会使用后者。

此类与常规MMCIFParser之间的主要区别在于，这里仅解析“ATOM”和“HETATM”行。如果您只对坐标信息感兴趣，请使用。

论点：

structure_builder -可选的用户实现的StructureBuilder类。
auth_chains -默认情况下为真。如果为真，请使用作者链ID。如果为假，请使用重新分配的mminf链ID。
auth_resides-默认情况下为真。如果为真，请使用作者剩余编号。如果为假，请使用mminf“标签”残基编号，该编号没有插入代码，并严格增加残基编号。注：水等非聚合物没有“标签”残留物编号，将被跳过。
QUIET -评估为布尔值。如果为真，则在构建SMURA数据时发出的警告将被抑制。如果为假（默认），则将显示它们。这些警告可能表明mminf文件中存在问题！

__static_attributes__ = ('QUIET', '_structure_builder', 'auth_chains', 'auth_residues', 'build_structure', 'line_counter')

get_structure(structure_id, filename)

返回结构。

论点：