Bio. DBC.NeighborSearch模块
使用KD树（用C实现）快速原子邻居查找。
- class Bio.PDB.NeighborSearch.NeighborSearch(atom_list, bucket_size=10)
基类：
object用于邻居搜索的类。
此类可用于两个相关目的：
查找给定查询位置半径内的所有原子/残基/链/模型/结构。
找到彼此在固定半径内的所有原子/残基/链/模型/结构。
NeighborSearch利用C中实现的KDTree类来提高速度。
- __init__(atom_list, bucket_size=10)
创建对象。
- 论点：
atom_list -原子列表。此列表用于查询。它可以包含来自不同结构的原子。
bucket_size -KD树的bucket大小。如果您愿意的话，您可以尝试一下这个来优化速度。
- search(center, radius, level='A')
邻居搜索。
返回中心半径内至少有一个原子的所有原子/残基/链/模型/结构。返回的实体级别（例如原子或残基）由级别决定（A=原子，R=残基，C=链，M=模型，S=结构）。
- 论点：
center - NumPy数组
半径-浮动
level - char（A，R，C，M，S）
- search_all(radius, level='A')
所有邻居搜索。
搜索半径内有原子对的所有实体。
- 论点：
半径-浮动
level - char（A，R，C，M，S）
- __firstlineno__ = 19
- __static_attributes__ = ('atom_list', 'coords', 'kdt')