Bio. DBC. AbstractProperty Map模块
映射(chain_id,residue_id)到剩余属性的类。
- class Bio.PDB.AbstractPropertyMap.AbstractPropertyMap(property_dict, property_keys, property_list)
基类:
object
定义基本类、剩余属性的映射持有者。
- __init__(property_dict, property_keys, property_list)
初始化课程。
- __contains__(id)
检查映射是否具有此剩余的属性。
- 参数:
chain_id (char) -- 链id
res_id (char) -- 剩余ID
示例
这是一个不完整但具有说明性的例子::
if (chain_id, res_id) in apmap: res, prop = apmap[(chain_id, res_id)]
- __getitem__(key)
返回剩余物的属性。
- 参数:
chain_id (char) -- 链id
res_id (int or (char, int, char)) -- 剩余ID
- 返回:
一些剩余性质
- 返回类型:
anything (can be a tuple)
- __len__()
返回该属性可用的剩余数。
- 返回:
数量的残基
- 返回类型:
int
- keys()
返回残留物列表。
- 返回:
计算性质的残基列表
- 返回类型:
[(chain_id, res_id), (chain_id, res_id),...]
- __iter__()
迭代(实体、属性)列表。
类似字典的访问的便捷替代方案。
- 返回:
迭代器
示例
>>> entity_property_list = [ ... ('entity_1', 'property_1'), ... ('entity_2', 'property_2') ... ] >>> map = AbstractPropertyMap({}, [], entity_property_list) >>> for (res, property) in iter(map): ... print(res, property) entity_1 property_1 entity_2 property_2
- __firstlineno__ = 11
- __static_attributes__ = ('property_dict', 'property_keys', 'property_list')