Bio. DBC.Atom模块

Atom类，用于结构对象。

class Bio.PDB.Atom.Atom(name: str, coord: ndarray, bfactor: float | None, occupancy: float | None, altloc: str, fullname: str, serial_number, element: str | None = None, pqr_charge: float | None = None, radius: float | None = None)

基类：object

定义Atom类。

Atom对象存储原子名称（有和不有空间）、坐标、B因子、占用率、替代位置说明符和（可选）各向异性B因子以及B因子和位置的标准差。

对于PQR文件，B因子和占有率被原子荷和半径取代。

__init__(name: str, coord: ndarray, bfactor: float | None, occupancy: float | None, altloc: str, fullname: str, serial_number, element: str | None = None, pqr_charge: float | None = None, radius: float | None = None)

初始化Atom对象。

参数:

  • name (string) -- 原子名称（例如。“CA”）。请注意，空间通常会被删除。

  • coord (NumPy array (Float0, length 3)) -- 原子坐标（x，y，z）

  • bfactor (number) -- 各向同性B因子

  • occupancy (number) -- 入住率（0.0-1.0）

  • altloc (string) -- 无序原子的替代位置说明符

  • fullname (string) -- 完整的原子名称，包括空白，例如“CA”。通常这些空间会从原子名称中删除。

  • element (uppercase string (or None if unknown)) -- 原子元素，例如“C”代表碳，“HG”代表汞，

  • pqr_charge (number) -- 原子荷

  • radius (number) -- 原子半径

__eq__(other)

测试平等性。

__ne__(other)

测试不平等性。

__gt__(other)

测试大于。

__ge__(other)

测试更大或等于。

__lt__(other)

测试少于。

__le__(other)

测试更少或等于。

__hash__()

返回atom完整标识符。

__repr__()

将Atom对象打印为<Atom atom_name>。

__sub__(other)

计算两个原子之间的距离。

参数:

other (L{Atom}) -- 其他原子

示例

这是一个不完整但具有说明性的例子：：

distance = atom1 - atom2
strictly_equals(other: _AtomT, compare_coordinates: bool = False) → bool

使用严格的等式定义将这个原子与另一个原子进行比较。

指示原子是否具有相同的名称、B因子、占用率、替代位置指示符（altloc）、全名、元素、电荷和半径。如果 compare_coordinates 是真的，那么也会比较坐标。

参数:

  • other (Atom) -- 与此原子进行比较的原子

  • compare_coordinates (bool) -- 是否比较原子的坐标

返回:

原子是否严格相等

返回类型:

bool

set_serial_number(n)

设置序列号。

set_bfactor(bfactor: float | None)

设置各向同性B因子。

set_coord(coord: ndarray)

设置坐标。

set_altloc(altloc: str)

设置替代位置说明符。

set_occupancy(occupancy: float | None)

设置占用率。

set_sigatm(sigatm_array: ndarray | None)

设置原子参数的标准差。

原子参数的标准差由3个位置、1个B因子和1个占用标准差组成。

参数:

sigatm_array (NumPy array (length 5)) -- 原子参数的标准差。

set_siguij(siguij_array: ndarray | None)

设置各向异性温度因子的标准差。

参数:

siguij_array (NumPy array (length 6)) -- 各向异性温度因子的标准差。

set_anisou(anisou_array: ndarray | None)

设置各向异性B因子。

参数:

anisou_array (NumPy array (length 6)) -- 各向异性B因子

set_charge(pqr_charge: float | None)

设置充电。

set_radius(radius: float | None)

设置半径。

flag_disorder()

将无序标志设置为1。

无序标志指示原子是否无序。

is_disordered() → int

返回无序标志（如果无序，返回1，否则返回0）。

set_parent(parent)

设置母体残留物。

论点：

  • 父级-剩余对象

detach_parent()

删除对父级的引用。

get_sigatm() → ndarray | None

返回原子参数的标准差。

get_siguij() → ndarray | None

返回各向异性温度因子的标准差。

get_anisou() → ndarray | None

返回各向异性B因子。

get_parent() → Residue | None

返回父残留物。

get_serial_number()

返回序列号。

get_name() → str

返回原子名称。

get_id() → str

返回原子的id（即其原子名称）。

get_full_id()

返回原子的完整id。

原子的完整id是用于唯一识别原子的数组，由以下元素组成：（结构id、模型id、链id、残基id、原子名称、altloc）

get_coord() → ndarray

返回原子坐标。

get_bfactor() → float | None

返回B因子。

get_occupancy() → float | None

返回入住率。

get_fullname() → str

返回原子名称，包括开头和结尾的空白。

get_altloc() → str

返回替代位置说明符。

get_level() → str

返回级别。

get_charge() → float | None

退货费。

get_radius() → float | None

返回半径。

transform(rot: ndarray, tran: ndarray)

将旋转和平移应用于原子坐标。

参数:

  • rot (3x3 NumPy array) -- 右乘旋转矩阵

  • tran (size 3 NumPy array) -- 平移向量

示例

这是一个不完整但具有说明性的例子：：

from numpy import pi, array
from Bio.PDB.vectors import Vector, rotmat
rotation = rotmat(pi, Vector(1, 0, 0))
translation = array((0, 0, 1), 'f')
atom.transform(rotation, translation)
get_vector() → Vector

返回坐标为Vector。

返回:

作为3D载体的坐标

返回类型:

Bio.PDB.Vector class

copy()

创建Atom的副本。

家长信息丢失。

__firstlineno__ = 27
__static_attributes__ = ('_sorting_keys', 'altloc', 'anisou_array', 'bfactor', 'coord', 'disordered_flag', 'element', 'full_id', 'fullname', 'id', 'level', 'mass', 'name', 'occupancy', 'parent', 'pqr_charge', 'radius', 'serial_number', 'sigatm_array', 'siguij_array', 'xtra')
class Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom(id: str)

基类：DisorderedEntityWrapper

包含代表同一无序原子的所有Atom对象。

其中一个原子被“选择”，所有未被DisorderedAtom捕获的方法调用都将转发到所选Atom对象。这样，DisorderedAtom的行为就像普通Atom一样。默认情况下，选择的Atom对象代表占用率最高的Atom对象，但可以使用disorderable_select（altloc）方法选择不同的Atom对象。

__init__(id: str)

创建DisorderedAtom。

论点：

  • id -字符串，原子名称

__iter__()

遍历无序原子。

__repr__()

返回无序原子标识符。

center_of_mass()

将DisorderedAtom的质量中心返回为numpy数组。

假设所有子原子具有相同的质量（相同的元素）。

disordered_get_list() → list[Atom]

返回原子实例列表。

按altloc（空，然后按字母顺序）对孩子进行排序。

disordered_add(atom)

添加一个无序原子。

disordered_remove(altloc: str)

从DisorderedAtom中删除子原子altloc。

论点：

  • altloc -要删除的altloc的名称，以字符串形式。

transform(rot: ndarray, tran: ndarray)

对所有孩子应用旋转和平移。

详情请参阅Atom.transform的文档。

__firstlineno__ = 502
__static_attributes__ = ('last_occupancy', 'selected_child')