生物PDB链模块

链类，用于结构对象。

class Bio.PDB.Chain.Chain(id)

基类：Entity[Model, Residue]

定义Chain类。

Chain是Entity类型的对象，存储残基并包含从残基访问原子的方法。

__init__(id)

初始化课程。

__gt__(other)

如果id大于other. id，则返回。

__ge__(other)

如果id大于或等于other. id，则返回。

__lt__(other)

如果id小于other. id，则返回。

__le__(other)

如果id小于或等于其他id，则会出现错误。

__getitem__(id)

使用给定id返回残留物。

残基的id是（异源标志、序列标识符、插入代码）。如果id是int，则通过_translate_id方法将其翻译为（“”，id，”）。

论点：

• id -（字符串，int，字符串）或int

__contains__(id)

检查此链中是否存在具有给定id的残基。

论点：

• id -（字符串，int，字符串）或int

__delitem__(id)

删除项目。

论点：

• id -（字符串，int，字符串）或int

__repr__()

返回链标识符。

get_unpacked_list()

返回未无序残基列表。

一些剩余对象隐藏了几个无序的剩余对象（DisorderedResidue对象）。这种方法解开它们，即。它返回简单的剩余对象列表。

has_id(id)

如果存在具有给定id的残基，则返回1。

残基的id是（异源标志、序列标识符、插入代码）。

如果id是int，则通过_translate_id方法将其翻译为（“”，id，”）。

论点：

• id -（字符串，int，字符串）或int

get_residues()

返回残留物。

get_atoms()

从残基中返回原子。

atom_to_internal_coordinates(verbose: bool = False) → None

从Atom X、Y、Z坐标创建/更新内部坐标。

内部坐标是键长、角和二面角。

参数:

bool (verbose) -- 默认为假描述运行时问题

internal_to_atom_coordinates(verbose: bool = False, start: int | None = None, fin: int | None = None)

从内部坐标创建/更新原子坐标。

参数:

bool (verbose) -- 默认为假描述运行时问题

Param:

开始、结束，要处理的子区域的开始、结束的可选序列位置。N.B.这激活了连续残基组装，<start>残基CA将位于起点

抛出:

Exception -- 如果任何链没有.internal_coord属性

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 21

__orig_bases__ = (Bio.PDB.Entity.Entity[ForwardRef('Model'), ForwardRef('Residue')],)

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ('internal_coord', 'level')