Bio. DBC.残留物模块

剩余类,由结构对象使用。

class Bio.PDB.Residue.Residue(id, resname, segid)

基类:Entity[Chain, Atom]

代表残留物。剩余对象存储原子。

__init__(id, resname, segid)

初始化课程。

__repr__()

返回剩余的完整id。

strictly_equals(other: _ResidueT, compare_coordinates: bool = False) bool

使用严格的等式定义将此残基与其他残基进行比较。

如果残基具有相同的名称、标识符,并且它们的组成原子严格相等,则残基相等。

参数:
  • other (Residue) -- 将此残留物与之进行比较的残留物

  • compare_coordinates (bool) -- 是否比较原子的坐标

返回:

残数是否严格相等

返回类型:

bool

add(atom)

添加Atom对象。

检查是否添加了重复的原子,如果添加了重复的原子,则引发PDBConstructionResponse。

flag_disordered()

设置混乱标志。

is_disordered()

如果残基包含无序原子,则返回1。

get_resname()

返回残留物名称。

get_unpacked_list()

返回所有原子的列表,解压DisorderedAtoms。

get_segid()

返回段标识符。

get_atoms()

返回原子。

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 31
__orig_bases__ = (Bio.PDB.Entity.Entity[ForwardRef('Chain'), ForwardRef('Atom')],)
__parameters__ = ()
__static_attributes__ = ('disordered', 'internal_coord', 'level', 'resname', 'segid')
class Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue(id)

基类:DisorderedEntityWrapper

DisorderedResidue是两个或多个Residue对象的包装器。

它用于表示点突变(例如,有一个Ser 60和一个Cys 60残基,每个残基的占有率为50%)。

__init__(id)

初始化课程。

__repr__()

返回无序残基完整标识符。

add(atom)

将原子添加到残余物中。

sort()

对子剩余对象中的原子进行排序。

disordered_add(residue)

添加一个residue对象并使用其resname作为key。

论点:
  • residue -剩余对象

disordered_remove(resname)

从DisorderedResidue中去除儿童残留物。

论点:
  • resName -要删除的子残基的名称,以字符串形式出现。

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 119
__static_attributes__ = ('selected_child',)