Bio. DBC.残留物模块
剩余类,由结构对象使用。
- class Bio.PDB.Residue.Residue(id, resname, segid)
基类:
Entity
[Chain
,Atom
]代表残留物。剩余对象存储原子。
- __init__(id, resname, segid)
初始化课程。
- __repr__()
返回剩余的完整id。
- strictly_equals(other: _ResidueT, compare_coordinates: bool = False) bool
使用严格的等式定义将此残基与其他残基进行比较。
如果残基具有相同的名称、标识符,并且它们的组成原子严格相等,则残基相等。
- 参数:
other (Residue) -- 将此残留物与之进行比较的残留物
compare_coordinates (bool) -- 是否比较原子的坐标
- 返回:
残数是否严格相等
- 返回类型:
bool
- add(atom)
添加Atom对象。
检查是否添加了重复的原子,如果添加了重复的原子,则引发PDBConstructionResponse。
- flag_disordered()
设置混乱标志。
- is_disordered()
如果残基包含无序原子,则返回1。
- get_resname()
返回残留物名称。
- get_unpacked_list()
返回所有原子的列表,解压DisorderedAtoms。
- get_segid()
返回段标识符。
- get_atoms()
返回原子。
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 31
- __orig_bases__ = (Bio.PDB.Entity.Entity[ForwardRef('Chain'), ForwardRef('Atom')],)
- __parameters__ = ()
- __static_attributes__ = ('disordered', 'internal_coord', 'level', 'resname', 'segid')
- class Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue(id)
-
DisorderedResidue是两个或多个Residue对象的包装器。
它用于表示点突变(例如,有一个Ser 60和一个Cys 60残基,每个残基的占有率为50%)。
- __init__(id)
初始化课程。
- __repr__()
返回无序残基完整标识符。
- add(atom)
将原子添加到残余物中。
- sort()
对子剩余对象中的原子进行排序。
- disordered_add(residue)
添加一个residue对象并使用其resname作为key。
- 论点:
residue -剩余对象
- disordered_remove(resname)
从DisorderedResidue中去除儿童残留物。
- 论点:
resName -要删除的子残基的名称,以字符串形式出现。
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 119
- __static_attributes__ = ('selected_child',)