生物.PDB.多肽模块
与肽相关的类别（结构和表示）。
具有多个链的简单示例，
>>> from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
>>> from Bio.PDB.Polypeptide import PPBuilder
>>> structure = PDBParser().get_structure('2BEG', 'PDB/2BEG.pdb')
>>> ppb=PPBuilder()
>>> for pp in ppb.build_peptides(structure):
... print(pp.get_sequence())
LVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA
LVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA
LVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA
LVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA
LVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA
非标准氨基酸的示例，使用DBC文件中的HEATM线，在这种情况下是次甲基硫醚（SSE）：
>>> from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
>>> from Bio.PDB.Polypeptide import PPBuilder
>>> structure = PDBParser().get_structure('1A8O', 'PDB/1A8O.pdb')
>>> ppb=PPBuilder()
>>> for pp in ppb.build_peptides(structure):
... print(pp.get_sequence())
DIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNW
TETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEE
TACQG
如果您愿意，可以在肽中加入非标准氨基酸：
>>> for pp in ppb.build_peptides(structure, aa_only=False):
... print(pp.get_sequence())
... print("%s %s" % (pp.get_sequence()[0], pp[0].get_resname()))
... print("%s %s" % (pp.get_sequence()[-7], pp[-7].get_resname()))
... print("%s %s" % (pp.get_sequence()[-6], pp[-6].get_resname()))
MDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQG
M MSE
M MSE
M MSE
在这种情况下，通过get_order方法，Se甲硫醚（第一个以及倒数第七个和第六个残基）显示为M（甲硫醚）。
- Bio.PDB.Polypeptide.index_to_one(index)
对应的单字母氨基酸名称的索引。
>>> index_to_one(0) 'A' >>> index_to_one(19) 'Y'
- Bio.PDB.Polypeptide.one_to_index(s)
要索引的一个字母代码。
>>> one_to_index('A') 0 >>> one_to_index('Y') 19
- Bio.PDB.Polypeptide.index_to_three(i)
对应的三字母氨基酸名称的索引。
>>> index_to_three(0) 'ALA' >>> index_to_three(19) 'TYR'
- Bio.PDB.Polypeptide.three_to_index(s)
要索引的三个字母代码。
>>> three_to_index('ALA') 0 >>> three_to_index('TYR') 19
- Bio.PDB.Polypeptide.is_aa(residue, standard=False)
如果残基对象/字符串是氨基酸，则返回True。
- 参数:
residue (L{Residue} or string) -- L{Residue}对象或三个字母的氨基酸代码
standard (boolean) -- 检查20 AA的标志（默认为假）
>>> is_aa('ALA') True
支持已知的修饰氨基酸的三字母代码，
>>> is_aa('FME') True >>> is_aa('FME', standard=True) False
- Bio.PDB.Polypeptide.is_nucleic(residue, standard=False)
如果residue对象/字符串是核酸，则返回True。
- 参数:
residue (L{Residue} or string) -- L{Residue}对象或三个字母代码
standard (boolean) -- 标记以检查8个（DNA + RNA）典型碱基。默认为假。
>>> is_nucleic('DA ') True
>>> is_nucleic('A ') True
支持已知的修饰核苷的三个字母代码，
>>> is_nucleic('A2L') True >>> is_nucleic('A2L', standard=True) False
- class Bio.PDB.Polypeptide.Polypeptide(iterable=(), /)
基类：
list一个肽只是L{残留}对象的列表。
- get_ca_list()
获取多肽中C-α原子的列表。
- 返回:
C-阿尔法原子列表
- 返回类型:
[L{Atom}, L{Atom}, ...]
- get_phi_psi_list()
返回ph/si二面角列表。
- get_tau_list()
所有4个连续的Calpha原子的τ扭转角列表。
- get_theta_list()
所有3个连续Calpa原子的theta角列表。
- get_sequence()
将AA序列作为Seq对象返回。
- 返回:
多肽序列
- 返回类型:
L{Seq}
- __repr__()
返回该肽的字符串表示。
返回<Polypeptide start=START end=END>，其中START和End是外部残基的序列标识符。
- __firstlineno__ = 187
- __static_attributes__ = ()