Bio. DBC.PSEA模块
PSEA的包装物,一个二级结构分配程序。
请参阅P-SEA的此引文,PMID:9183534
Labesse G、Colloc ' h N、Pothier J、Mornon J-P:P-SEA:C_Alpha二级结构的新有效分配。Comput Appl Biosci 1997,13:291-295
ftp://ftp.lmcp.jussieu.fr/pub/sincris/software/protein/p-sea/
- Bio.PDB.PSEA.run_psea(fname, verbose=False)
运行PSEA并返回输出文件名。
请注意,这假设P-SEA二进制称为“psea”并且它在路径上。
请注意,P-SEA将使用扩展名为“.sea”的输入文件名在当前目录中写入输出文件。
- 请注意,P-SEA在运行时不会将输出写入终端,除非
详细设置为True。
- Bio.PDB.PSEA.psea(pname)
解析PSEA输出文件。
- Bio.PDB.PSEA.psea2HEC(pseq)
将PSEA二级结构字符串翻译为AEC。
- Bio.PDB.PSEA.annotate(m, ss_seq)
将二级结构信息应用于模型中的残基。