Bio. DBC.PSEA模块

PSEA的包装物,一个二级结构分配程序。

请参阅P-SEA的此引文,PMID:9183534

Labesse G、Colloc ' h N、Pothier J、Mornon J-P:P-SEA:C_Alpha二级结构的新有效分配。Comput Appl Biosci 1997,13:291-295

ftp://ftp.lmcp.jussieu.fr/pub/sincris/software/protein/p-sea/

Bio.PDB.PSEA.run_psea(fname, verbose=False)

运行PSEA并返回输出文件名。

请注意,这假设P-SEA二进制称为“psea”并且它在路径上。

请注意,P-SEA将使用扩展名为“.sea”的输入文件名在当前目录中写入输出文件。

请注意,P-SEA在运行时不会将输出写入终端,除非

详细设置为True。

Bio.PDB.PSEA.psea(pname)

解析PSEA输出文件。

Bio.PDB.PSEA.psea2HEC(pseq)

将PSEA二级结构字符串翻译为AEC。

Bio.PDB.PSEA.annotate(m, ss_seq)

将二级结构信息应用于模型中的残基。

class Bio.PDB.PSEA.PSEA(model, filename)

基类:object

定义PSEA类别。

PSEA对象是PSEA程序的包装器,用于二级结构分配。

__init__(model, filename)

初始化课程。

get_seq()

返回二级结构字符串。

__firstlineno__ = 101
__static_attributes__ = ('ss_seq',)