Bio. DBC.PICIO模块

PICIO：读写蛋白质内部协调（.pic）数据文件。

Bio.PDB.PICIO.read_PIC(file: TextIO, verbose: bool = False, quick: bool = False, defaults: bool = False) → Structure

从文件加载蛋白质内部坐标（.pic）数据。

PIC文件格式：

评论行以#开头
（可选）ZB HEADER记录
- idcode和沉积日期建议，但可选
- 沉积日期以TSB格式或Biopython更改
（可选）DBC标题记录
重复：
- Biopython残留完整ID -设置返回结构的残留ID
- （可选）连锁启动的DBC N、CA、C ATOM记录
- （可选）PIC Hedra残留物记录
- （可选）PIC Dihedera残留物记录
- （可选）列出AtomKeys和b因子的BFAC记录

改进将定义HOH（水）条目的相对位置。

如果默认值=True，将为任何值提供收件箱。默认值在ic_data.py中提供，但结构会随着与真实坐标的任何偏差而迅速退化。尝试 Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue.pic_flags 选项来 write_PIC() 来验证这一点。

N.B.如果O存在，则在装配中忽略二面体（i-1）C-N-CA-CB。

默认情况下，C-Beta使用O-C-CA-CB放置，但某些DBC文件残基中缺少O，这意味着无法放置侧链。提供替代CB路径（i-1）C-N-CA-CB是为了规避这一点，但如果需要，则必须结合PHI（i-1）C-N-CA-C）进行调整，因为它们重叠（参见 bond_set() 和 bond_rotate() 自动处理）。

参数:

file (Bio.File) -- as_handle() 文件名或处理
verbose (bool) -- 线路不符合预期时投诉
quick (bool) -- 不检查所有二面体的残基（没有默认值）
defaults (bool) -- 根据需要从参考数据库创建二/面体。如果IC_Residue.accept_atoms中存在“H”，则生成酰胺质子

返回:

Biopython结构对象，具有.internal_coord属性但没有坐标的残基，除非提供链起始N、CA、C原子， OR 解析时无失败（除非verbose=True，否则保持沉默）

Bio.PDB.PICIO.read_PIC_seq(seqRec: SeqRecord, pdbid: str = None, title: str = None, chain: str = None) → Structure: 读 SeqRecord 使用默认的内部坐标转换为结构。

Bio.PDB.PICIO.enumerate_atoms(entity): 确保实体中的所有原子都设置了序列号。

Bio.PDB.PICIO.pdb_date(datestr: str) → str: 将yyyy-mm-dd日期转换为dd-month-yy。

Bio.PDB.PICIO.write_PIC(entity, file, pdbid=None, chainid=None, picFlags: int = IC_Residue.picFlagsDefault, hCut: float | None = None, pCut: float | None = None)

将蛋白质内部坐标（PIC）写入文件。

看到 read_PIC() 用于文件格式。看到 IC_Residue.pic_accuracy 以改变数字准确性。回归到较低的实体级别（M、C、R）。

参数:

entity (Entity) -- Biopython DBC实体对象：S、M、C或R
file (Bio.File) -- as_handle() 文件名或处理
pdbid (str) -- DBC id代码，如果未提供，则从实体读取
chainid (char) -- DBC链ID，根据需要从C级别entity.id设置
picFlags (int) --
控制输出的布尔标志，在中定义 Bio.PDB.internal_coords.IC_Residue.pic_flags
- “磅/平方英寸”，
- “天哪”，
- “phy”，
- “tau”，# tau面体（N-Ca-C）
- “chi1”，
- “chi 2”，
- “chi 3”，
- “chi 4”，
- “chi 5”，
- “pomg”，#Pro Omega
- “气”， #chi 1至chi 5
- “classic_b”，#si| Phi| tau|波格
- “经典”， #经典_b|迟
- “hedra”， #所有面体，包括键长
- “初级”， #所有主二面体
- “副”，#所有副二面体（与主二面体的固定角度）
- “所有”， #地狱|初级|二次
- “initAtoms”，# XYZ初始Tau（N-Ca-C）的坐标
- “b因素”
默认为一切：：
```
picFlagsDefault = (
    pic_flags.all | pic_flags.initAtoms | pic_flags.bFactors
)
```
代码中的用途：：
```
# just primary dihedra and all hedra
picFlags = (
    IC_Residue.pic_flags.primary | IC_Residue.pic_flags.hedra
)

# no B-factors:
picFlags = IC_Residue.picFlagsDefault
picFlags &= ~IC_Residue.pic_flags.bFactors
```
read_PIC() 与 (defaults=True) 将对遗漏的任何内容使用默认值
hCut (float) -- 默认无仅写入ref dbangle std dev大于此值的hedra
pCut (float) -- 默认无仅写入ref dbangle std dev大于此值的主二面体

Default values :

2019年9月Dunbrack cullpdb_pc20_res2.2_R1.0的平均数据。

请参阅

PISCES: A Protein Sequence Culling Server <https://dunbrack.fccc.edu/pisces/> _

'G. Wang and R. L. Dunbrack, Jr. PISCES: a protein sequence culling server. Bioinformatics, 19:1589-1591, 2003.'

“主要”和“次要”二面体在ic_data.py中定义。具体来说，二级二面体可以确定为从另一个已知角度的固定旋转，例如N-Ca-C-O可以从N-Ca-C-N（si）估计。

默认值的标准偏差列在<biopython distribution>/Bio/PDB/ic_data.py中，可用于限制默认的面体和两面体与结构的输出精确测量值（参见上文的hCut和pCut）。主两面体的默认值（psi、phi、omega、chi 1等）被选为最常见的整数值，而不是平均值。

抛出:

PDBException -- 如果实体级别为A（Atom）
Exception -- 如果实体没有.level属性