Bio. DBC.PDBParser模块

DBC文件的解析器。

class Bio.PDB.PDBParser.PDBParser(PERMISSIVE=True, get_header=False, structure_builder=None, QUIET=False, is_pqr=False)

基类：object

解析DBC文件并返回结构对象。

__init__(PERMISSIVE=True, get_header=False, structure_builder=None, QUIET=False, is_pqr=False)

创建一个PDBParser对象。

DBC解析器在聚合的StructureBuilder对象中调用许多标准方法。通常，该对象由PDBParser对象本身实例化，但如果用户提供他/她自己的StructureBuilder对象，则会使用后者。

论点：

• 许可-评估为布尔值。如果为假，构建SMURA数据结构时的异常将是致命的。如果为真（默认），则会捕获异常，但会丢失一些残基或原子。这些例外情况是由于DBC文件中的问题造成的！。

• get_header -保留未使用的参数以保持历史兼容性。

• structure_builder -可选的用户实现的StructureBuilder类。

• QUIET -评估为布尔值。如果为真，则在构建SMURA数据时发出的警告将被抑制。如果为假（默认），则将显示它们。这些警告可能表明DBC文件中存在问题！

• is_pqr -作为布尔值计算。指定要分析的文件类型。如果为false（DEFAULT），则假定为.pdb文件格式。如果您想解析.pqr文件，请将其设置为true。

get_structure(id, file)

返回结构。

论点：

• id -字符串，将用于结构的id

• file -PDB文件或打开的文件句柄的名称

get_header()

返回标题。

get_trailer()

归还拖车。

__firstlineno__ = 21

__static_attributes__ = ('PERMISSIVE', 'QUIET', 'header', 'is_pqr', 'line_counter', 'structure_builder', 'trailer')