Bio. PDB.ResidueDepth模块
使用命令行工具MSMS计算残留物深度。
该模块使用Michel Sanner的MSMS程序进行表面计算。请参阅：http://mgltools.scripps.edu/packages/MSMS
残留物深度是残留物原子与溶剂可及表面的平均距离。
残留深度：：
from Bio.PDB.ResidueDepth import ResidueDepth
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure("1a8o", "Tests/PDB/1A8O.pdb")
model = structure[0]
rd = ResidueDepth(model)
print(rd['A',(' ', 152, ' ')])
直接MSMS接口，典型用途：：
from Bio.PDB.ResidueDepth import get_surface
surface = get_surface(model)
该表面是一个包含所有表面点的NumPy数组。
到表面的距离：：
from Bio.PDB.ResidueDepth import min_dist
coord = (1.113, 35.393, 9.268)
dist = min_dist(coord, surface)
其中coord是表面束缚的体积内原子的coord（即原子深度）。
要计算残基深度（残基中原子的平均原子深度）：：
from Bio.PDB.ResidueDepth import residue_depth
chain = model['A']
res152 = chain[152]
rd = residue_depth(res152, surface)
- Bio.PDB.ResidueDepth.get_surface(model, MSMS='msms')
将分子表面表示为点列表数组。
返回代表分子表面的顶点列表的NumPy数组。
- 论点：
模型- BioPython DBC模型对象（用于获取输入模型的原子）
MSMS - msms可执行文件（用作subprocess.call的参数）
- Bio.PDB.ResidueDepth.min_dist(coord, surface)
返回坐标和表面之间的最小距离。
- Bio.PDB.ResidueDepth.residue_depth(residue, surface)
残余深度是其所有原子的平均深度。
返回残基中所有原子到表面的平均距离，即。残留深度。
- Bio.PDB.ResidueDepth.ca_depth(residue, surface)
返回CA深度。