Bio. DBC.SASA模块

Bio. DBC实体的溶剂可及表面积的计算。

使用Shrake & Rupley算法开发的“滚球”算法，该算法使用球体（与溶剂分子半径相等）来探测分子表面。

参考：

Shrake，A; Rupley，JA.（1973）。J Mol Biol“蛋白质原子的环境和溶剂暴露。溶菌酶和胰岛素”。

class Bio.PDB.SASA.ShrakeRupley(probe_radius=1.40, n_points=100, radii_dict=None)

基类：object

使用Shrake-Rupley算法计算SASA。

__init__(probe_radius=1.40, n_points=100, radii_dict=None)

初始化课程。

参数:

• probe_radius (float) -- 探头半径A。默认值为1.40，大约是水分子的半径。

• n_points (int) -- 每个原子表面的分辨率。默认为100。更多的点会导致更精确的测量，但会减慢计算速度。

• radii_dict (dict) -- 用户提供的原子半径字典用于计算。值将替换/补充默认ATOMIC_RALDI字典中的值。

>>> sr = ShrakeRupley()
>>> sr = ShrakeRupley(n_points=960)
>>> sr = ShrakeRupley(radii_dict={"O": 3.1415})

compute(entity, level='A')

计算实体的表面可达性表面积。

生成的原子表面可访问性值附加到每个实体（或原子）的.sasa属性，具体取决于级别。例如，如果level=“R”，则所有残基都将具有.sasa属性。Atoms将始终被分配具有其个人值的.sasa属性。

参数:

• entity (Bio.PDB.Entity) -- 输入实体。

• level -- 分配ASA值的级别，可以是“A”（Atom）、“R”（剩余）、“C”（链）、“M”（模型）或“S”（结构）之一。实体的ASA值是其子实体所有ASA值的总和。别名为“A”。

>>> from Bio.PDB import PDBParser
>>> from Bio.PDB.SASA import ShrakeRupley
>>> p = PDBParser(QUIET=1)
>>> # This assumes you have a local copy of 1LCD.pdb in a directory called "PDB"
>>> struct = p.get_structure("1LCD", "PDB/1LCD.pdb")
>>> sr = ShrakeRupley()
>>> sr.compute(struct, level="S")
>>> print(round(struct.sasa, 2))
7053.43
>>> print(round(struct[0]["A"][11]["OE1"].sasa, 2))
9.64

__firstlineno__ = 73

__static_attributes__ = ('_sphere', 'n_points', 'probe_radius', 'radii_dict')