Bio.Phylo.NewickIO模块

Newick文件格式的I/O函数包装器。

请参阅：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newick_doc.html

exception Bio.Phylo.NewickIO.NewickError

基类：Exception

Newick对象构造无法继续时引发异常。

__firstlineno__ = 21

__static_attributes__ = ()

Bio.Phylo.NewickIO.parse(handle, **kwargs)

迭代Newick文件手柄中的树。

返回:

Bio.Phylo.Newick.树对象的生成器。

Bio.Phylo.NewickIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)

以Newick格式将树写入给定的文件手柄。

返回:

写的树的数量。

class Bio.Phylo.NewickIO.Parser(handle)

基类：object

解析给定文件柄的Newick树。

基于中的解析器 Bio.Nexus.Trees .

__init__(handle)

初始化Newick树的文件手柄。

classmethod from_string(treetext)

从给定的字符串实例化Newick Tree类。

parse(values_are_confidence=False, comments_are_confidence=False, rooted=False)

解析初始化此对象时使用的文本流。

new_clade(parent=None)

返回新的Newick.Clade，可以选择临时引用父级。

process_clade(clade)

删除节点的父级并返回它。解析的进化枝的最终处理。

__firstlineno__ = 94

__static_attributes__ = ('comments_are_confidence', 'handle', 'rooted', 'values_are_confidence')

class Bio.Phylo.NewickIO.Writer(trees)

基类：object

基于作者在Bio.Nexus.Trees（str，to_string）.

__init__(trees)

初始化树编写器对象的参数。

write(handle, **kwargs)

将此实例的树写入文件柄。

to_strings(confidence_as_branch_length=False, branch_length_only=False, plain=False, plain_newick=True, ladderize=None, max_confidence=1.0, format_confidence='%1.2f', format_branch_length='%1.5f')

返回PAUP兼容树线的可迭代对象。

__firstlineno__ = 257

__static_attributes__ = ('trees',)