Bio.SearchIO. InterprosanIO包

子模块

• Bio.SearchIO.InterproscanIO. interproscanIO.interproscan_html模块
  • InterproscanXmlParser
    • InterproscanXmlParser.__init__()
    • InterproscanXmlParser.__iter__()
    • InterproscanXmlParser.__firstlineno__
    • InterproscanXmlParser.__static_attributes__

模块内容

Bio.SearchIO支持InterProScan输出格式。

此模块添加了对解析InterProScanML输出的支持。InterProScan可作为命令行程序或在EmbL-EBI的网页上提供。Bio.SearchIO. InterprosanIO在以下版本上进行了测试：

• 版本：5.26-65.0（interprosan-model-2.1.xSD）

有关InterProScan的更多信息可通过以下链接获取：-出版物：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3998142/- Web界面：https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence-search-文档：https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki

支持的格式

Bio.SearchIO. InterprosanIO支持以下格式：

• XML - “interprosan-html”-解析

interproscan-xml

interproscan-html解析器遵循此处描述的InterProScanML：https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki/OutputFormats

对象	属性	XML元素
QueryResult	目标	InterPro
	程序	InterProScan
	版本	protein-matches.interproscan-version
击中	加入	signature.name
	ID	signature.ac
	描述	signature.desc
	dbxref	IPR:entry.ac go-xref.id pathway-xref.db:pathway-xref.id
	attributes ['Target'] ['Target version'] ['Hit type']	*-match / *-location signature-library-release.library signature-library-release.version
HSP	位得分	*-location.score
	evalue	*-location.evalue
HSPFragment（也通过HSPs）	query_start	*-location.start
	query_end	*-location.end
	hit_start	*-location.hmm-start
	hit_end	*-location.hmm-end
	查询	sequence

InterProScanML文件可能包含具有多个位置的匹配项或具有单个位置的同一蛋白质的多个匹配项。在这两种情况下，匹配都被唯一存储为UTE对象，位置被唯一存储为SPP对象。

HSP.*start == *start - 1 （由于Biopython中每个开始位置都是以0为基础）

HSP.aln_span ==  query-end - query-start

匹配的类型或地点（例如hmmer 3-match、hmmer 3-location、coils-match、panther-location）存储在hit. attractments中 ['Hit type'] .例如，对于每一场“恐惧匹配”，都会有一个“恐惧位置”。因此，Hit. ype将存储不包括“-match”或“-location”（在本示例中为“phobious”）的字符串。