Bio.SeqIO.GfaIO模块

Bio.SeqIO支持图形片段组装格式。

这种格式由许多汇编器输出，并包括不同序列如何组合在一起的链接信息，然而，我们只关心片段（序列）信息。

文档：-版本1.x：https://gfa-spec.github.io/GFA-spec/GFA1.html-版本2.0：https://gfa-spec.github.io/GFA-spec/GFA2.html

class Bio.SeqIO.GfaIO.Gfa1Iterator(source: IO[str] | PathLike | str | bytes)

基类：SequenceIterator

GFA 1.x文件的解析器。

文档：https://gfa-spec.github.io/GFA-spec/GFA1.html

modes = 't'

__init__(source: IO[str] | PathLike | str | bytes) → None

作为SeqRecord对象迭代GFA文件。

论点：

• 源-以文本模式打开的输入流，或文件的路径

__next__()

返回下一个SeqRecord。

此方法必须由子类实现。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 116

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ()

class Bio.SeqIO.GfaIO.Gfa2Iterator(source: IO[str] | PathLike | str | bytes)

基类：SequenceIterator

GFA 2.0文件的解析器。

版本2的文档：https://gfa-spec.github.io/GFA-spec/GFA2.html

modes = 't'

__init__(source: IO[str] | PathLike | str | bytes) → None

作为SeqRecord对象迭代GFA文件。

论点：

• 源-以文本模式打开的输入流，或文件的路径

__next__()

返回下一个SeqRecord。

此方法必须由子类实现。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 163

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ()