Bio.SeqIO.接口模块

Bio.SeqIO支持模块（不用于一般用途）。

除非您正在为Bio.SeqIO编写新的解析器或编写器，否则您不应该使用此模块。 它提供了Base Class来尝试简化事情。

class Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceIterator(source: IO | PathLike | str | bytes, alphabet: None = None, fmt: str | None = None)

基类：ABC, Generic

用于构建SeqRecord迭代器的Base Class。

你应该写一 __next__ 返回下一个SeqRecord的方法。 您可能希望重新定义 __init__ 方法也是。您还必须创建类属性 modes 指定允许的文件流模式。

abstract property modes

解析器可以处理的文件模式（二进制或文本）。

此属性必须是“t”（仅适用于文本模式）、“b”（仅适用于二进制模式）、“tb”（如果文本和二进制模式都接受，但首选文本模式）或“bt”（如果文本和二进制模式都接受，但首选二进制模式）。

__init__(source: IO | PathLike | str | bytes, alphabet: None = None, fmt: str | None = None) → None

创建SequenceIterator对象。

论点：- source -输入文件流，或输入文件的路径-字母表-不再使用，应该是无-fdt-字符串，错误消息中的混合大小写格式名称

此方法可以被任何子集重写。

注意当子类化时：-应该有一个非可选的参数，即源。- 您不必需要字母表。- 您可以添加其他可选参数。

abstractmethod __next__()

返回下一个SeqRecord。

此方法必须由子类实现。

__iter__()

将条目作为SeqRecord对象进行迭代。

Fasta文件的示例使用：：

with open("example.fasta","r") as myFile:
    myFastaReader = FastaIterator(myFile)
    for record in myFastaReader:
        print(record.id)
        print(record.seq)

此方法不应被任何子集重写。

__enter__()

__exit__(exc_type, exc_value, exc_traceback)

__abstractmethods__ = frozenset({'__next__', 'modes'})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 34

__orig_bases__ = (<class 'abc.ABC'>, typing.Generic[~AnyStr])

__parameters__ = (~AnyStr,)

__static_attributes__ = ('mode', 'source', 'stream')

class Bio.SeqIO.Interfaces.SequenceWriter(target: IO | PathLike | str | bytes)

基类：ABC, Generic

序列编写器的Base Class。这个类应该被细分。

用户可以调用add_file（）方法来编写包含序列的完整文件。

大多数子类只需要实现write_record方法。子类必须实现write_records方法，以包含文件头或文件尾，用于只允许一个记录的文件格式，或用于不能按顺序写入的文件格式。

abstract property modes

作者可以处理的文件模式（二进制或文本）。

此属性必须是“t”（仅适用于文本模式）、“b”（仅适用于二进制模式）、“tb”（如果文本和二进制模式都接受，但首选文本模式）或“bt”（如果文本和二进制模式都接受，但首选二进制模式）。

__init__(target: IO | PathLike | str | bytes) → None

创建writer对象。

clean(text: str) → str

使用此选项可以避免在输出中出现新元素。

write_record(record)

将单个记录写入输出文件。

记录-SeqRecord对象

write_records(records)

将记录写入输出文件，并返回记录数。

records -返回SeqRecord对象的列表或迭代器

__abstractmethods__ = frozenset({'modes'})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 154

__orig_bases__ = (<class 'abc.ABC'>, typing.Generic[~AnyStr])

__parameters__ = (~AnyStr,)

__static_attributes__ = ('handle', 'target')

write_file(records)

用记录编写一个完整的文件，并返回记录数。

records -返回SeqRecord对象的列表或迭代器