Bio.SeqIO.InsdcIO模块

SeqIO支持“genbank”和“embl”文件格式。

您需要通过Bio.SeqIO功能使用此模块。请注意，该模块在内部调用Bio. Gen来对ESB、EmbL和IMGT文件进行实际解析。

另请参阅：国际核苷酸序列数据库合作组织http://www.insdc.org/

基因银行http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/

EmbL核苷酸序列数据库http://www.ebi.ac.uk/embl/

DDBJ（日本DNA数据库）http://www.ddbj.nig.ac.jp/

IMGT（使用具有更长特征凹痕的MBE格式变体）http://imgt.cines.fr/download/LIGM-DB/userman_doc.html http://imgt.cines.fr/download/LIGM-DB/ftable_doc.html http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/docs/manual.html

class Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankIterator(source)

基类：SequenceIterator

基因库文件的解析器。

modes = 't'

__init__(source)

将Genbank文件分解为SeqRecord对象。

参数源是以文本模式打开的类似文件的对象或文件的路径。从LOCUS行到终止//的每个部分都成为一个具有相关注释和功能的SeqRecord。

请注意，对于基因组或染色体，通常只有一条记录。

这由Bio.SeqIO在内部调用，以获取ESB文件格式：

>>> from Bio import SeqIO
>>> for record in SeqIO.parse("GenBank/cor6_6.gb", "gb"):
...     print(record.id)
...
X55053.1
X62281.1
M81224.1
AJ237582.1
L31939.1
AF297471.1

同等地，

>>> with open("GenBank/cor6_6.gb") as handle:
...     for record in GenBankIterator(handle):
...         print(record.id)
...
X55053.1
X62281.1
M81224.1
AJ237582.1
L31939.1
AF297471.1

__next__()

返回下一个SeqRecord。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 62

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ('records',)

class Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblIterator(source)

基类：SequenceIterator

EmbL文件的解析器。

modes = 't'

__init__(source)

将EmbL文件分解为SeqRecord对象。

参数源是以文本模式打开的类似文件的对象或文件的路径。从LOCUS行到终止//的每个部分都成为一个具有相关注释和功能的SeqRecord。

请注意，对于基因组或染色体，通常只有一条记录。

对于EMBL文件格式，Bio.SeqIO在内部调用该函数：

>>> from Bio import SeqIO
>>> for record in SeqIO.parse("EMBL/epo_prt_selection.embl", "embl"):
...     print(record.id)
...
A00022.1
A00028.1
A00031.1
A00034.1
A00060.1
A00071.1
A00072.1
A00078.1
CQ797900.1

同等地，

>>> with open("EMBL/epo_prt_selection.embl") as handle:
...     for record in EmblIterator(handle):
...         print(record.id)
...
A00022.1
A00028.1
A00031.1
A00034.1
A00060.1
A00071.1
A00072.1
A00078.1
CQ797900.1

__next__()

返回下一个SeqRecord。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 112

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ('records',)

class Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtIterator(source)

基类：SequenceIterator

IMGT文件的解析器。

modes = 't'

__init__(source)

将IMGT文件分解为SeqRecord对象。

参数源是以文本模式打开的类似文件的对象或文件的路径。从LOCUS行到终止//的每个部分都成为一个具有相关注释和功能的SeqRecord。

请注意，对于基因组或染色体，通常只有一条记录。

__next__()

返回下一个SeqRecord。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 168

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ('records',)

class Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankCdsFeatureIterator(source)

基类：SequenceIterator

针对ESB文件进行解析，为每个CDS功能创建SeqRecord。

modes = 't'

__init__(source)

将Genbank文件分解为每个CDS功能的SeqRecord对象。

参数源是以文本模式打开的类似文件的对象或文件的路径。

从LOCUS行到终止//的每个部分都可以包含许多CDS功能。 这些与指定的氨基酸翻译序列（如果给出）一样返回。

__next__()

返回下一个SeqRecord。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 191

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ('records',)

class Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblCdsFeatureIterator(source)

基类：SequenceIterator

EmbL文件解析器，为每个CDS功能创建SeqRecord。

modes = 't'

__init__(source)

针对每个CDS功能将EmbL文件分解为SeqRecord对象。

参数源是以文本模式打开的类似文件的对象或文件的路径。

从LOCUS行到终止//的每个部分都可以包含许多CDS功能。 这些与指定的氨基酸翻译序列（如果给出）一样返回。

__next__()

返回下一个SeqRecord。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 213

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ('records',)

class Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter(target: IO | PathLike | str | bytes)

基类：_InsdcWriter

基因库作家。

HEADER_WIDTH = 12

QUALIFIER_INDENT = 21

STRUCTURED_COMMENT_START = '-START##'

STRUCTURED_COMMENT_END = '-END##'

STRUCTURED_COMMENT_DELIM = ' :: '

LETTERS_PER_LINE = 60

SEQUENCE_INDENT = 9

write_record(record)

将单个记录写入输出文件。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 576

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ()

class Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter(target: IO | PathLike | str | bytes)

基类：_InsdcWriter

EmbL作家。

HEADER_WIDTH = 5

QUALIFIER_INDENT = 21

QUALIFIER_INDENT_STR = 'FT                   '

QUALIFIER_INDENT_TMP = 'FT   %s                '

FEATURE_HEADER = 'FH   Key             Location/Qualifiers\nFH\n'

LETTERS_PER_BLOCK = 10

BLOCKS_PER_LINE = 6

LETTERS_PER_LINE = 60

POSITION_PADDING = 10

write_record(record)

将单个记录写入输出文件。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 1166

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ()

class Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter(target: IO | PathLike | str | bytes)

基类：EmblWriter

IMGT编写器（MBE格式变体）。

HEADER_WIDTH = 5

QUALIFIER_INDENT = 25

QUALIFIER_INDENT_STR = 'FT                       '

QUALIFIER_INDENT_TMP = 'FT   %s                    '

FEATURE_HEADER = 'FH   Key                 Location/Qualifiers\nFH\n'

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 1521

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ()