Bio.SeqIO.IgIO模块

Bio.SeqIO支持“ig”（Intelligence Genetics或MASE）文件格式。

该模块用于读写Intelligence Genetics格式文件作为SeqRecord对象。 该文件格式似乎与MASE多序列比对格式相同。

您需要通过Bio.SeqIO功能使用此模块。

class Bio.SeqIO.IgIO.IgIterator(source)

基类：SequenceIterator

Intelligence Genetics文件的解析器。

modes = 't'

__init__(source)

迭代Intelligence Genetics记录（作为SeqRecord对象）。

源-以文本模式打开的类似文件的对象，或文件的路径

可选的自由格式文件标题行（以两个半圆形开头）被忽略。

每条记录开头的自由格式注释行（以半圆形开头）被记录为SeqRecord注释词典中“comment”键下嵌入新行字符的单个字符串。

示例

>>> with open("IntelliGenetics/TAT_mase_nuc.txt") as stream:
...     for record in IgIterator(stream):
...         print(f"{record.id} length {len(record)}")
...
A_U455 length 303
B_HXB2R length 306
C_UG268A length 267
D_ELI length 309
F_BZ163A length 309
O_ANT70 length 342
O_MVP5180 length 348
CPZGAB length 309
CPZANT length 309
A_ROD length 390
B_EHOA length 420
D_MM251 length 390
STM_STM length 387
VER_AGM3 length 354
GRI_AGM677 length 264
SAB_SAB1C length 219
SYK_SYK length 330

__next__()

迭代IntelliGenetics文件中的记录。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 22

__parameters__ = ()

__static_attributes__ = ('_line',)