Bio.AlignIO.接口模块

AlignIO支持模块（不用于一般用途）。

除非您正在为Bio.AlignIO编写新的解析器或编写器，否则您不应该使用此模块。 它提供了Base Class来尝试简化事情。

class Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentIterator(handle, seq_count=None)

基类：object

用于构建MultipleSeqAlliance迭代器的Base。

您应该编写一个Next（）方法来返回对齐对象。 您可能希望重新定义 __init__ 方法也是。

__init__(handle, seq_count=None)

创建AlignmentIterator对象。

论点：

  • 手柄 - 输入文件

  • 计数 - 可选，每个对齐的预期记录数推荐fasta文件格式。

进行子分类时请注意：

  • 按照该顺序应该有一个非可选参数、手柄和可选计数。

  • 您可以添加其他可选参数。

__next__()

返回文件中的下一个对齐方式。

该方法应该被任何派生类替换以执行有用的操作。

__iter__()

将条目作为MultipleSeqAlignment对象进行迭代。

（级联）PHYLIP文件的示例使用：：

with open("many.phy","r") as myFile:
    for alignment in PhylipIterator(myFile):
        print("New alignment:")
        for record in alignment:
            print(record.id)
            print(record.seq)
__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 14
__static_attributes__ = ('handle', 'records_per_alignment')
class Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentWriter(handle)

基类：object

用于构建MultipleSeqAlliance写入器的基本类。

你应该写一个write_alignment（）方法。您可能希望重新定义 __init__ 方法也是。

__init__(handle)

初始化课程。

write_file(alignments)

使用它来编写包含给定路线的整个文件。

论点：

  • 对齐-返回MultipleSeqAlliance对象的列表或迭代器

一般来说，每个文件只能调用该方法一次。

该方法应该被任何派生类替换以执行有用的操作。 它应该返回对齐数量。

clean(text)

使用此选项可以避免在输出中出现新元素。

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 73
__static_attributes__ = ('handle',)
class Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter(handle)

基类：AlignmentWriter

用于构建MultipleSeqAlliance写入器的基本类。

这假设每个对齐可以简单地附加到文件中。你应该写一个write_alignment（）方法。您可能希望重新定义 __init__ 方法也是。

__init__(handle)

初始化课程。

write_file(alignments)

使用它来编写包含给定路线的整个文件。

论点：

  • 对齐-返回MultipleSeqAlliance对象的列表或迭代器

一般来说，每个文件只能调用该方法一次。

write_header()

使用它来写任何标题。

该方法应该被任何派生类替换以执行有用的操作。

使用此来编写任何页脚。

该方法应该被任何派生类替换以执行有用的操作。

write_alignment(alignment)

使用此来编写单个对齐。

该方法应该被任何派生类替换以执行有用的操作。

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 106
__static_attributes__ = ('handle',)