Bio.AlignIO.MafIO模块
Bio.AlignIO支持“maf”多重对齐格式。
UCSC描述的多重比对格式将一系列多重比对存储在单个文件中。它适合全基因组到全基因组的比对，可以存储源染色体、起始位置、大小和链等元数据。
请参阅http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format5
预计您将通过Bio.AlignIO函数（或者，如果您想直接处理间隔序列，则通过Bio.SeqIO函数）使用此模块。
MAF格式中的坐标是根据从零开始的起始位置（如Python）和对齐区域大小定义的。
长度为一且从源序列中的第一个位置开始的最小对齐区域将具有 start == 0 和 size == 1 .
正如我们在这个例子中看到的那样， start + size 将给出比零基结束位置多一个。因此我们可以操纵 start 和 start + size 作为Python列表切片边界。
对于包容的末端坐标，我们需要使用 end = start + size - 1 . 1柱宽对齐将具有 start == end .
- class Bio.AlignIO.MafIO.MafWriter(handle)
-
接受MultipleSeqAlliance对象，写入一个APM文件。
- write_header()
写入APM标头。
- write_alignment(alignment)
将完整对齐写入到APM块。
将MultipleSeqTerm对象中的每个SeqRecord写入其自己的APM块（以“a”行开始，包含“s”行）。
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 53
- __static_attributes__ = ()
- Bio.AlignIO.MafIO.MafIterator(handle, seq_count=None)
作为MultipleSeqEquality对象迭代UF文件手柄。
迭代类似于APM文件的对象（柄）中的行，产生MultipleSeqEqualition对象。SeqRecord ID通常对应于物种名称。
- class Bio.AlignIO.MafIO.MafIndex(sqlite_file, maf_file, target_seqname)
基类：
objectAPM文件的索引。
该索引是一个平方米数据库，如果需要，它在创建对象时构建，并在方法时进行查询 search 或 get_spliced 被使用。
- __init__(sqlite_file, maf_file, target_seqname)
索引或加载APM文件的索引。
- close()
关闭用于读取数据的文件手柄。
一旦调用，进一步使用该索引就行不通了。此方法的唯一目的是允许显式的手柄关闭-例如，如果您希望删除该文件，则在Windows上，您必须首先关闭该文件的所有打开的手柄。
- search(starts, ends)
搜索索引数据库以寻找所提供的重叠范围的APM记录。
返回 MultipleSeqAlignment 结果按开始、结束、内部补偿字段的顺序进行。
starts 应该是引用中分段从0开始的开始坐标列表。 ends 应该是相应段结束的列表（在半开放的UCSC会议中：http：//genome.ucsc.edu/blog/the-ucsc-genome-browser-coordinate-counting-system/）。
- get_spliced(starts, ends, strand=1)
返回所提供的确切序列范围的多重比对。
接受Target_seqName上的两个开始和结束位置列表，代表要通过计算机拼接的exons。 返回一个 MultipleSeqAlignment 拼接在一起的序列。
starts 应该是引用中分段从0开始的开始坐标列表。 ends 应该是相应段结束的列表（在半开放的UCSC会议中：http：//genome.ucsc.edu/blog/the-ucsc-genome-browser-coordinate-counting-system/）。
要请求与参考序列的前100个核苷酸对应的比对部分，可以使用
search([0], [100])
- __firstlineno__ = 259
- __repr__()
返回索引的字符串表示形式。
- __static_attributes__ = ('_con', '_index_filename', '_maf_file', '_maf_fp', '_mafiter', '_record_count', '_relative_path', '_target_seqname')
- __len__()
返回索引中的记录数。