生物。图案。桅杆模块

支持Motif对齐和搜索工具(MAST)的模块。

class Bio.motifs.mast.Record

基类:list

用于保存MAST运行结果的类。

桅杆。记录保存有关图案和序列之间匹配的数据。Record持有的主题是类meme.Motiff的对象。

master.Record类继承自列表,因此您可以通过索引访问记录中的各个主题。或者,您可以通过其名称找到主题:

>>> from Bio import motifs
>>> with open("motifs/mast.crp0.de.oops.txt.xml") as f:
...     record = motifs.parse(f, 'MAST')
>>> motif = record[0]
>>> print(motif.name)
1
>>> motif = record['1']
>>> print(motif.name)
1
__init__()

初始化课程。

__getitem__(key)

返回索引键的主题。

__firstlineno__ = 13
__static_attributes__ = ('alphabet', 'database', 'diagrams', 'sequences', 'strand_handling', 'version')
Bio.motifs.mast.read(handle)

将MAST HTML格式的处理解析为Record对象。