Bio.Codonalign. Codonalign模块

处理密码子对齐的代码。

CodonAlignment类继承自MultipleSeqAlignment类。这是biopython中处理密码子对齐的核心类。

class Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment(records='', name=None)

基类：MultipleSeqAlignment

继承自MultipleSeqAlliance的Codon Alliance类。

>>> from Bio.SeqRecord import SeqRecord
>>> a = SeqRecord(CodonSeq("AAAACGTCG"), id="Alpha")
>>> b = SeqRecord(CodonSeq("AAA---TCG"), id="Beta")
>>> c = SeqRecord(CodonSeq("AAAAGGTGG"), id="Gamma")
>>> print(CodonAlignment([a, b, c]))
CodonAlignment with 3 rows and 9 columns (3 codons)
AAAACGTCG Alpha
AAA---TCG Beta
AAAAGGTGG Gamma
__init__(records='', name=None)

初始化课程。

__str__()

返回对齐的多行字符串摘要。

此输出被指示为可读，但大对齐显示被截断。最多显示20行（序列）和60列（20个密码子）以及记录标识符。这应该很适合在单个屏幕上。例如

__getitem__(index)

返回单个索引的CodonAlliance对象。

__add__(other)

通过添加将两个具有相同行数的密码对齐组合起来。

该方法还允许将CodonEquality对象与MultipleSeqEquality对象结合起来。以下规则适用：

  • Codonign + Codonign-> Codonign

  • Codonign + MultipleSeqign-> MultipleSeqign

get_aln_length()

获取对齐长度。

toMultipleSeqAlignment()

将CodonAlliance转换为MultipleSeqAlliance。

使用Seq存储序列返回包含Codonign中所有SeqRecord的MultipleSeqAlt

get_dn_ds_matrix(method='NG86', codon_table=None)

可用方法包括NG 86、LWL85、YN 00和ML。

论点：

  • 方法 - 可用方法包括NG 86、LWL85、YN 00和ML。

  • 密码子表-用于前向翻译的密码子表。

get_dn_ds_tree(dn_ds_method='NG86', tree_method='UPGMA', codon_table=None)

构造dn树和ds树。

论点：

  • dn_ds_system-可用方法包括NG 86、LWL 85、YN 00和ML。

  • tree_method -可用的方法包括UPGMA和NJ。

classmethod from_msa(align)

将MultipleSeqAlliance转换为CodonAlliance。

函数将MultipleSeqAlignment转换为CodonAlignment。用户有责任确保满足CodonAlignment所需的所有要求。

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 26
__static_attributes__ = ()
Bio.codonalign.codonalignment.mktest(codon_alns, codon_table=None, alpha=0.05)

麦克唐纳-克赖特曼中立性测试。

实施McDonald-Kreitman中立性测试（PMID：1904993）该方法计算更改而不是网站（http：//mkt.uab.es/mkt/help_mkt.aspp）。

论点：

  • 密码子_alns -要比较的CodonAlliance列表（每个CodonAlliance对象对应于从物种采样的基因）

返回测试结果的p值。