Bio. Codonign.Codonseq模块

用于处理编码序列的代码。

CodonSeq类继承自Seq类。这是处理生物Python中CodonAlliance中序列的核心类。

class Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq(data='', gap_char='-', rf_table=None)

基类：Seq

CodonSeq被设计为位于CodonAlignment类的SeqRecords内。

CodonSeq很有用，因为它允许用户在翻译CodonSeq时指定阅读框架

CodonSeq还通过调用get_codon（）方法接受密码子风格切片。

Important: 如果您指定ref_table，则Ungapped CodonSeq可以是任何长度。Gapped CodonSeq应该是三的倍数。

>>> codonseq = CodonSeq("AAATTTGGGCCAAATTT", rf_table=(0,3,6,8,11,14))
>>> print(codonseq.translate())
KFGAKF

测试get_full_ref_table方法

>>> p = CodonSeq('AAATTTCCCGG-TGGGTTTAA', rf_table=(0, 3, 6, 9, 11, 14, 17))
>>> full_rf_table = p.get_full_rf_table()
>>> print(full_rf_table)
[0, 3, 6, 9, 12, 15, 18]
>>> print(p.translate(rf_table=full_rf_table, ungap_seq=False))
KFPPWV*
>>> p = CodonSeq('AAATTTCCCGGGAA-TTTTAA', rf_table=(0, 3, 6, 9, 14, 17))
>>> print(p.get_full_rf_table())
[0, 3, 6, 9, 12.0, 15, 18]
>>> p = CodonSeq('AAA------------TAA', rf_table=(0, 3))
>>> print(p.get_full_rf_table())
[0, 3.0, 6.0, 9.0, 12.0, 15]
__init__(data='', gap_char='-', rf_table=None)

初始化课程。

get_codon(index)

从序列中获取索引密码子。

get_codon_num()

返回CodonSeq中的密码子数。

translate(codon_table=None, stop_symbol='*', rf_table=None, ungap_seq=True)

根据ref_table中的阅读框架翻译CodonSeq。

用户此时可以指定ref_table。如果您想在翻译的序列中包含空白，这是唯一的方法。为此目的，ungap_seq应设置为true。

toSeq()

将DNA转换为seq对象。

get_full_rf_table()

返回CodonSeq记录的完整ref_table。

完整的ref_table与普通的ref_table的不同之处在于，它翻译了CodonSeq中的间隙。构建包含移码的对齐是有帮助的。

full_translate(codon_table=None, stop_symbol='*')

在考虑差距的情况下应用完整翻译。

ungap(gap='-')

返回不含间隔字符的序列副本。

classmethod from_seq(seq, rf_table=None)

从序列数据中获取密码子序列。

__abstractmethods__ = frozenset({})
__annotations__ = {'_data': 'Union[bytes, SequenceDataAbstractBaseClass]'}
__firstlineno__ = 22
__static_attributes__ = ('gap_char', 'rf_table')
Bio.codonalign.codonseq.cal_dn_ds(codon_seq1, codon_seq2, method='NG86', codon_table=None, k=1, cfreq=None)

计算给定两个序列的dN和dS。

可用方法：
论点：

  • Codon_seq 1- CodonSeq或包含CodonSeq的SeqRecord

  • Codon_seq2 - CodonSeq或包含CodonSeq的SeqRecord

  • w -转变/颠倒比

  • cfreq -仅在使用ML方法时才能指定当前密码子频率载体。获取cfreq的可能方法有：F1 x4、F3 x4和F61。