生物。限制。打印格式模块

打印限制性酶分析结果。

Print格式以3种不同的格式打印限制分析的结果：列表、列或地图。

最简单的使用方法是：

>>> from Bio.Restriction.PrintFormat import PrintFormat
>>> from Bio.Restriction.Restriction import RestrictionBatch
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> pBs_mcs = Seq('GGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTC')
>>> restriction_batch = RestrictionBatch(['EcoRI', 'BamHI', 'ApaI'])
>>> result = restriction_batch.search(pBs_mcs)
>>> my_map = PrintFormat()
>>> my_map.print_that(result, 'My pBluescript mcs analysis:\n',
...               'No site:\n')
My pBluescript mcs analysis:
ApaI       :  12.
EcoRI      :  50.
No site:
BamHI     

>>> my_map.sequence = pBs_mcs
>>> my_map.print_as("map")
>>> my_map.print_that(result)
           12 ApaI
           |                                                
           |                                     50 EcoRI
           |                                     |          
GGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCATGGCCCGGGGGGGAGCTCCAGCTGCCATAGCTATTCGAACTATAGCTTAAG
1                                                   54


   Enzymes which do not cut the sequence.

BamHI     

>>>

Print格式的某些方法旨在由派生类重写。

使用以下参数控制外观：

ConsoleWidth使用的控制台宽度默认为80。
永远不应该低于60。
名称宽度：归因于Print List方法中的名称的空间。
缩进：第二行的凹痕。
MaxSize序列的最大大小（默认=6：
-> 99 999 bp + 1 trailing ',' people are unlikely to ask for restriction map of sequences bigger than 100.000 bp. This is needed to determine the space to be reserved for sites location.
- MaxSize = 5 => 9.999个基点
- 最大大小= 6 => 99.999个碱基
- 最大大小= 7 => 999.999个碱基

示例输出：：

<------------ ConsoleWidth --------------->
<- NameWidth ->
EcoRI         :   1, 45, 50, 300, 400, 650,
                      700, 1200, 2500.
                  <-->
                    Indent

class Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat

基类：object

Print格式允许打印限制分析的结果。

ConsoleWidth = 80

NameWidth = 10

MaxSize = 6

Cmodulo = 0

PrefWidth = 80

Indent = 4

linesize = 70

print_as(what='list')

按指定打印结果。

有效格式为：: “列表” ->字母顺序“数字” ->序列“地图”中的站点数量 ->具有地点的序列的地图表示。

如果您想要更多的灵活性，请优先使用虚拟方法make_form。

format_output(dct, title='', s1='')

将结果总结为格式良好的字符串。

论点：

dct是由RestrictionBatch.search（）返回的字典
title是地图的标题。它必须是格式化字符串，即您必须包括断点。
s1是区分有位点和没有位点的酶列表的标题。
s1也必须是格式化字符串。

print_的格式是列表。

print_that(dct, title='', s1='')

打印form_put方法（ObSOSYS）的输出。

论点：

dct是由RestrictionBatch.search（）返回的字典
title是地图的标题。它必须是格式化字符串，即您必须包括断点。
s1是区分有位点和没有位点的酶列表的标题。
s1也必须是格式化字符串。

此方法打印A. form_select（）的输出，并且这里是为了向后兼容。

make_format(cut=(), title='', nc=(), s1='')

用于格式化结果的虚拟方法。

虚拟方法。这里指的是_make_* 方法之一。您还可以创建一个新方法并将make_form指向它。

__firstlineno__ = 85

__static_attributes__ = ('make_format',)