Bio.Phylo. NeXLIO模块
NeML文件格式的I/O函数包装器。
- Bio.Phylo.NeXMLIO.qUri(s)
给定有一个带后缀的URL，返回完整的URL。
- Bio.Phylo.NeXMLIO.cdao_to_obo(s)
（可选）将CDAO为开头的URI转换为OBO为开头的URI。
- Bio.Phylo.NeXMLIO.matches(s)
检查CDAO和OBO名称空间中是否匹配。
- exception Bio.Phylo.NeXMLIO.NeXMLError
基类：
ExceptionNeML对象构造无法继续时引发异常。
- __firstlineno__ = 61
- __static_attributes__ = ()
- Bio.Phylo.NeXMLIO.parse(handle, **kwargs)
迭代NeXML文件句柄中的树。
- 返回:
Bio.Phylo. NeXL.Tree对象的生成器。
- Bio.Phylo.NeXMLIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)
将NeML格式的树写入给定的文件柄。
- 返回:
写的树的数量。
- class Bio.Phylo.NeXMLIO.Parser(handle)
基类：
object解析一个给定文件柄的NeML树。
基于中的解析器
Bio.Nexus.Trees.- __init__(handle)
初始化NeXML文件解析器的参数。
- classmethod from_string(treetext)
将文件手柄转换为StringIO对象。
- add_annotation(node_dict, meta_node)
为NeML解析器添加注释。
- parse(values_are_confidence=False, rooted=False)
解析初始化此对象时使用的文本流。
- __firstlineno__ = 91
- __static_attributes__ = ('handle',)
- class Bio.Phylo.NeXMLIO.Writer(trees)
基类：
object基于作者在Bio.Nexus.Trees（str，to_string）.
- __init__(trees)
初始化NeML编写器的参数。
- new_label(obj_type)
为NeML编写者创建新标签。
- write(handle, cdao_to_obo=True, **kwargs)
将此实例的树写入文件柄。
- __firstlineno__ = 210
- __static_attributes__ = ('cdao_to_obo', 'edge_counter', 'node_counter', 'tree_counter', 'trees')