Bio.PopGen.GenePop. File Parser模块

用于解析大GenePop文件的代码。

此类与标准Bio.PopGen.GenePop.Record类之间的区别在于，此类不会将整个文件读取到内存中。它提供了一个迭代器接口，速度较慢，但消耗大量内存。应与大文件一起使用（数千个标记和个人）。

请参阅http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/，格式记录在此处：http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/help_input.html。

职业：

  • 文件记录 保存GenePop数据。

功能：

Bio.PopGen.GenePop.FileParser.read(fname)

解析包含GenePop文件的文件。

fName是包含GenePop记录的文件名。

class Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord(fname)

基类：object

保存GenePop唱片中的信息。

属性：- marker_len 标记长度（每个基因2或3位代码）。- 评论行 评论行。- 地点_列表 地点名称列表。

方法：- get_individual 返回当前人口的下一个个体。- skip_Population 跳过当前人口。

skip_appletop跳过当前人口的个体，如果人口更多，则返回True。

get_indival返回当前人口的个体（如果列表结束，则返回无）。

每个个体都是由个体名称和一系列基因组成的一对（每个标记2个或1个用于单倍体数据）。示例：：

('Ind1', [(1,2),    (3,3), (200,201)]
('Ind2', [(2,None), (3,3), (None,None)]
('Other1', [(1,1),  (4,3), (200,200)]
__init__(fname)

初始化课程。

__str__()

返回（重建）GenePop文本表示。

这可能需要大量内存。标记长度为3。

start_read()

开始解析包含GenePop文件的文件。

skip_header()

跳过标题。重新开放后完成。

seek_position(pop, indiv)

寻求文件中的某个位置。

论点：

  • pop - pop位置（0是第一个）

  • indiv -流行音乐中的个人

skip_population()

跳过当前人口。如果存在另一个弹出，则返回true。

get_individual()

获取下一个人。

如果当前人群中有更多人，则返回个人信息。如果当前人口中没有更多个体，但人口更多，则返回True。下一次读取将是以下弹出内容。如果在文件结束，则返回False。

remove_population(pos, fname)

删除人口（按职位）。

论点：

  • 位置

  • fName -要创建并删除人口的文件

remove_locus_by_position(pos, fname)

按位置删除位点。

论点：

  • 位置

  • fName-要创建并删除位置的文件

remove_loci_by_position(positions, fname)

按位置删除一组轨迹。

论点：

  • 职位-职位

  • fName-要创建并删除位置的文件

remove_locus_by_name(name, fname)

按名称删除所在地。

论点：

  • 名字-名字

  • fName-要创建并删除位置的文件

remove_loci_by_name(names, fname)

删除地点列表（按名称）。

论点：

  • 名字-名字

  • fname -要创建的删除了loci的文件

__firstlineno__ = 38
__static_attributes__ = ('_handle', 'comment_line', 'current_ind', 'current_pop', 'fname', 'loci_list')