Bio.PopGen.GenePop. LargeFile Parser模块

Genepop文件的大文件解析。

标准解析器将整个文件加载到内存中。该解析器提供了数据迭代器。

类别：- LargeRecord -保存GenePop数据。

功能：- read -将GenePop记录（文件）解析为Record对象。

Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser.get_indiv(line)

从线路获取个人数据。

Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser.read(handle)

解析包含GenePop文件的手柄。

参数：- handle是一个类似文件的对象，包含GenePop记录。

class Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser.Record(handle)

基类：object

保存GenePop唱片中的信息。

成员：marker_len 标记长度（每个基因2或3位代码）。

评论行 评论行。

地点_列表 地点名称列表。

数据生成器 迭代人口数据。

发电机只能工作一次。如果您想阅读手柄两次，则必须重新打开它！

data_generator可以是（）-一个空数组-标记新群体或个人。一个人就像（“Ind 1”， [(1,1), (3,None), (200,201)] 在上述情况下，该个体被称为Ind1，具有三个双倍体基因座。对于第二个基因座，其中一个基因座未知。

__init__(handle)

初始化课程。

data_generator()

提取人口数据。

__firstlineno__ = 69

__static_attributes__ = ('comment_line', 'handle', 'loci_list', 'marker_len', 'populations', 'stack')