Bio.PopGen.GenePop包

模块内容

与GenePop一起使用的代码。

请参阅http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/，格式记录在此处：http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/help_input.html。

类别：记录保存GenePop数据。

有读将GenePop记录（文件）解析为Record对象。

部分灵感来自MedLine Code。

Bio.PopGen.GenePop.get_indiv(line): 提取该行个人信息的详细信息。

Bio.PopGen.GenePop.read(handle)

解析包含GenePop文件的手柄。

handle是一个类似文件的对象，包含GenePop记录。

class Bio.PopGen.GenePop.Record

基类：object

保存GenePop唱片中的信息。

成员：

marker_len 标记长度（每个基因2或3位代码）。

评论行评论行。

地点_列表地点名称列表。

流行列表人口姓名列表。

人口人口数据列表。

在大多数genepop文件中，population名称不可信。强烈建议按指数提及人口。

每个种群有一个元素。每个元素本身就是一个个体列表，每个个体都是由个体名称和一系列基因组成的一对（每个标记2个或1个单倍体）：示例：：

[
    [
        ('Ind1', [(1,2),    (3,3), (200,201)],
        ('Ind2', [(2,None), (3,3), (None,None)],
    ],
    [
        ('Other1', [(1,1),  (4,3), (200,200)],
    ]
]

__init__(): 初始化课程。

__str__(): 返回（重建）GenePop文本表示。

split_in_pops(pop_names)

在字典中拆分GP记录，每个条目1次弹出。

给定具有n个流行点和m个座位的记录，返回记录字典（key pop_Name），其中每个项都是具有单个流行点和m个座位的记录。

参数：- pop_names -人口名称

split_in_loci(gp)

在字典中拆分GP记录，每个条目有1个位点。

给定具有n个pop和m个location的记录，返回记录字典（关键基因座名称），其中每个项都是具有单个基因座和n个pop的记录。

remove_population(pos): 删除人口（按职位）。

remove_locus_by_position(pos): 按位置删除位点。

remove_locus_by_name(name): 按名称删除所在地。

__firstlineno__ = 97

__static_attributes__ = ('comment_line', 'loci_list', 'marker_len', 'pop_list', 'populations')

Bio.PopGen.GenePop包

子模块

模块内容