Bio.Align.phylip模块

Bio.Align支持PHYLIP工具输入文件的对齐格式。

您需要通过Bio.Align功能使用此模块。

class Bio.Align.phylip.AlignmentWriter(target)

基类：AlignmentWriter

克拉斯特洛结盟作家。

fmt: str | None = 'PHYLIP'

format_alignment(alignment)

以Phylip格式返回具有单一对齐方式的字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 20

__static_attributes__ = ()

class Bio.Align.phylip.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

读取Phylip对齐文件并返回对齐迭代器。

记录名称最多限制为10个字符。

解析器根据文件内容确定文件格式是顺序的还是交错的，并相应地解析文件。

有关文件格式的更多信息，请访问：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles

fmt: str | None = 'PHYLIP'

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 63

__static_attributes__ = ('_length_of_seqs', '_number_of_seqs')