Bio.Align.nexus模块
Bio。调整对“nexus”文件格式的支持。
您需要通过Bio.Align功能使用此模块。
另请参阅Bio.Nexus模块（此代码在内部调用该模块），因为它提供的不仅仅是访问作为SeqRecord对象的比对或其序列。
- class Bio.Align.nexus.AlignmentWriter(target, interleave=None)
-
Nexus对齐作家。
请注意，Nexus文件仅期望保存一个对齐矩阵。
您需要通过Bio.Align. writer（）调用此类。
- fmt: str | None = 'Nexus'
- __init__(target, interleave=None)
创建AlignmentWriter对象。
- 论点：
目标 - 输出流或文件名
- 交织-如果无（默认）：如果列> 1000则交织
如果为True：使用交错格式如果为False：不使用交错格式
- write_file(stream, alignments)
写一个文件与路线，并返回路线的数量。
对齐-返回对齐对象的列表或迭代器
- format_alignment(alignment, interleave=None)
以Nexus格式返回具有单一对齐方式的字符串。
创建一个空的Nexus对象，添加序列，然后让Nexus准备输出。
对齐-对齐对象
- 交织-如果无（默认）：如果列> 1000则交织
如果为True：使用交错格式如果为False：不使用交错格式
- write_alignment(alignment, stream, interleave=None)
将单个对齐方式写入输出文件。
对齐-对齐对象
流 - 输出流
- 交织-如果无（默认）：如果列> 1000则交织
如果为True：使用交错格式如果为False：不使用交错格式
- write_alignments(stream, alignments)
将对齐方式写入输出文件，并返回对齐方式的数量。
对齐-返回对齐对象的列表或迭代器
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}
- __firstlineno__ = 28
- __static_attributes__ = ('interleave',)