Bio. DBC. HS Exposure模块

半球暴露和协调数计算。

class Bio.PDB.HSExposure.HSExposureCA(model, radius=12, offset=0)

基类：_AbstractHSExposure

基于大约的CA-CB载体计算HSE的类。

使用三个连续的CA职位。

__init__(model, radius=12, offset=0)

初始化类。

参数:

• model (L{Model}) -- 包含残基的模型

• radius (float) -- 球半径（以CA原子为中心）

• offset (int) -- 在计算邻居数量时被忽略的侧翼残基的数量

pcb_vectors_pymol(filename='hs_exp.py')

编写PyMol脚本以进行可视化。

编写PyMol脚本，以可视化CA坐标处的伪CB-CA方向。

参数:

filename (string) -- pymol脚本文件的名称

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 136

__static_attributes__ = ()

class Bio.PDB.HSExposure.HSExposureCB(model, radius=12, offset=0)

基类：_AbstractHSExposure

基于真实的CA-CB载体计算HSE的类。

__init__(model, radius=12, offset=0)

初始化类。

参数:

• model (L{Model}) -- 包含残基的模型

• radius (float) -- 球半径（以CA原子为中心）

• offset (int) -- 在计算邻居数量时被忽略的侧翼残基的数量

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 238

__static_attributes__ = ()

class Bio.PDB.HSExposure.ExposureCN(model, radius=12.0, offset=0)

基类：AbstractPropertyMap

残留物暴露量为CA原子周围的CA原子数量。

__init__(model, radius=12.0, offset=0)

初始化类。

残基的暴露被定义为该残基的CA原子周围的CA原子的数量。返回一个字典，它使用L{Residue}对象作为键，并使用剩余曝光作为相应的值。

参数:

• model (L{Model}) -- 包含残基的模型

• radius (float) -- 球半径（以CA原子为中心）

• offset (int) -- 在计算邻居数量时被忽略的侧翼残基的数量

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 274

__static_attributes__ = ()