Bio. DBC.FragmentMapper模块
使用Kolodny等人的片段库对蛋白质骨架结构进行分类。
它可以视为客观二级结构分类的一种形式。仅支持长度为5或7的片段（即有一个“中心”残留物）。
完整参考：
Kolodny R、Koehl P、Guibas L、Levitt M.蛋白质片段的小型库准确地模拟天然蛋白质结构。J Mol Biol.2002 323（2）：297-307。
碎片的定义文件可以从：
http://github.com/csblab/fragments/
您需要这些文件才能使用此模块。
下面的示例使用具有10个长度为5的片段的库。库文件可以在目录“fragment_data”中找到。
>>> from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
>>> from Bio.PDB.FragmentMapper import FragmentMapper
>>> parser = PDBParser()
>>> structure = parser.get_structure("1a8o", "PDB/1A8O.pdb")
>>> model = structure[0]
>>> fm = FragmentMapper(model, lsize=10, flength=5, fdir="PDB")
>>> chain = model['A']
>>> res152 = chain[152]
>>> res157 = chain[157]
>>> res152 in fm # is res152 mapped? (fragment of a C-alpha polypeptide)
False
>>> res157 in fm # is res157 mapped? (fragment of a C-alpha polypeptide)
True
- class Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment(length, fid)
基类：
object代表肽C-阿尔法片段。
- __init__(length, fid)
初始化片段对象。
- 参数:
length (int) -- 片段长度
fid (int) -- 片段的ID
- get_resname_list()
去拿残留物清单。
- 返回:
残留物名称
- 返回类型:
[string, string,...]
- get_id()
获取片段的标识符。
- 返回:
片段的ID
- 返回类型:
int
- get_coords()
获取片段中的CA坐标。
- 返回:
片段中的CA坐标
- 返回类型:
NumPy (Nx3) array
- add_residue(resname, ca_coord)
加一点残渣。
- 参数:
resname (string) -- 残留物名称（例如GLY）。
ca_coord (NumPy array with length 3) -- 残基的c-阿尔法坐标
- __len__()
返回片段的长度。
- __sub__(other)
返回两个片段之间的rmsd。
- 返回:
片段之间的rmsd
- 返回类型:
float
示例
这是一个不完整但具有说明性的例子：：
rmsd = fragment1 - fragment2
- __repr__()
将片段对象表示为字符串。
返回<Fragment length=L id=ID>其中L=片段长度，ID标识符（库中的排名）。
- __firstlineno__ = 97
- __static_attributes__ = ('coords_ca', 'counter', 'fid', 'length', 'resname_list')
- class Bio.PDB.FragmentMapper.FragmentMapper(model, lsize=20, flength=5, fdir='.')
基类：
object将模型中的肽映射到代表性片段列表。
- __init__(model, lsize=20, flength=5, fdir='.')
创建FragmentMapper的实例。
- 参数:
model (L{Model}) -- 将绘制的模型
lsize (int) -- 库中的片段数量
flength (int) -- 库中片段的长度
fdir (string) -- 找到定义文件的目录（默认=”。")
- __contains__(res)
检查给定的残基是否在任何映射的片段中。
- __firstlineno__ = 241
- __getitem__(res)
获取条目。
- 返回:
碎片分类
- 返回类型:
L{Fragment}
- __static_attributes__ = ('edge', 'fd', 'flength', 'lsize', 'model', 'reflist')