Bio. DBC.cealign模块

使用组合延伸的蛋白质结构比对。

Joao Rodrigues编写的Python代码。C++代码和Python/C++界面改编自开源Pyol，最初由Jason Vertree编写。原始许可证和通知可在 cealign 文件夹.

参考

辛迪亚洛夫，伊利诺伊州，伯恩体育（1998）。“通过最佳路径的增量组合延伸（CE）进行蛋白质结构对齐”。蛋白质工程。11（9）：739-747。PMID 9796821。

class Bio.PDB.cealign.CEAligner(window_size=8, max_gap=30)

基类：object

通过组合延伸进行蛋白质结构对齐。

__init__(window_size=8, max_gap=30)

使用结构数据将一组原子叠加到另一组原子上。

分别使用蛋白质和核酸分子的引导原子CA和C4 '将结构叠加。

参数:

window_size浮动，可选

CE算法参数。用于在构建CE相似性矩阵时定义路径。默认为8。

max_gap浮动，可选

CE算法参数。最大间隙大小。默认值为30。

get_guide_coord_from_structure(structure)

返回结构中引导原子的坐标。

我们使用引导原子（C-Alpha和C4 '原子），因为它比在计算中使用所有原子快得多，准确性不会显着损失。

set_reference(structure)

定义一个参考结构，所有其他结构都将与其对齐。

align(structure, transform=True, *, final_optimization=True)

将输入结构与参考结构对齐。

参数:

transform: bool, optional

如果为True（默认），则将最小化两个结构之间的RMSD的旋转/平移应用于输入结构。如果为假，则不会修改结构，但仍将计算最佳RMSD。

final_optimization: bool, optional

如果为True（默认），则对统计上显着的比对应用额外优化。

__firstlineno__ = 30

__static_attributes__ = ('_coord', '_rigid_motion', '_superimposer', 'max_gap', 'refcoord', 'rms', 'window_size')