Bio.Align.fasta模块

Bio。对对齐的FASTA文件的对齐支持。

对齐的FASTA文件是其中序列中的对齐间隙由虚线表示的FASTA文件。对齐的FASTA中的每个序列线应该具有相同的长度。

class Bio.Align.fasta.AlignmentWriter(target)

基类：AlignmentWriter

用于对齐的FASTA文件格式的对齐文件写入器。

fmt: str | None = 'FASTA'

format_alignment(alignment)

返回具有对齐FASTA格式的对齐方式的字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 20

__static_attributes__ = ()

class Bio.Align.fasta.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

用于对齐的FASTA文件的对齐迭代器。

对齐的FASTA文件包含一个多重对齐。对齐间隙由序列线中的虚线表示。标题行以“>”开头，后面是序列的名称，还可以选择描述。

fmt: str | None = 'FASTA'

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 44

__static_attributes__ = ()